На новом внеочередном собрании академии 20 февраля 1918 года был обсужден вопрос «О предложении Комиссариата по народному просвещению относительно мобилизации русской науки». В ходе прений академики подчеркнули, что деятельность академии тесно связана с благом России, что они почитают своим долгом изучать материальные и духовные богатства страны. В резолюции, принятой собранием, говорилось: «Академия всегда готова по требованию жизни и государства приняться за посильную научную и теоретическую разработку отдельных задач, выдвигаемых нуждами государственного строительства, являясь при этом организующим и привлекающим ученые силы страны центром».
Луначарский счел, что простое сохранение уже достигнутого в науке недостаточно даже при трудных обстоятельствах современной жизни. Однако все же высоко оценил готовность академии участвовать в разработке государственно-важных задач и в организации научных сил страны.
Так было положено начало сотрудничеству Российской академии наук и революционного правительства. Луначарский решил углубить и расширить контакты и командировал в Московское общество сельского хозяйства своего представителя. Последний посетил председателя этого общества Ивана Александровича Стебута и сказал ему:
— Академия наук дала свое принципиальное согласие работать в контакте с Наркомпросом. Хотелось бы надеяться, что общество сельского хозяйства также согласится на сотрудничество с советской властью и на выполнение работ, связанных с народно-хозяйственными задачами.
— Если работа будет вестись под руководством Академии наук, то наше общество не замедлит согласиться, — ответил Иван Александрович.
Как только представитель Наркомпроса ушел, Стебут сел писать письмо Ольденбургу. В письме он откровенно перепроверял информацию, полученную от представителя Наркомпроса, о контактах этого нового государственного учреждения с Академией наук.
Вскоре Стебут получил от Ольденбурга подтверждение, однако с тем существенным уточнением, отражающим позицию академии, которая «каждый раз сама будет решать, входить ли ей в рассмотрение данного дела, и сама будет определять формы и способы своего участия в работе».
Луначарский после первого успеха не оставил без внимания проблему углубления контактов с академией и уже 5 марта 1918 года написал письмо Карпинскому. В этом письме отмечалось, что для всякого значительного научного начинания вопрос об организационном центре является наиболее существенным, имея в виду прежние и вновь созданные комиссии академии. Стараясь соблюдать почти дипломатический такт, нарком пишет: «Академия в ходе своих работ уже сама близко подошла к границам народно-хозяйственной области, причем не всегда оставляла эти границы неперейденными». Луначарский никак не посягает на суверенность академии в постановке и решении научных задач и отдает должное этому «высшему в России представителю чистой теоретической науки». Однако он тут же подчеркивает, что академия сама взяла на себя почин и попыталась «установить живую связь между наукой, техникой и промышленностью». Поэтому сегодня особенно остро встает вопрос о необходимости разработки существенных для промышленности и экономики проблем. Все это свидетельствует о том, что «отдаленность области настоящих работ академии от задач экономического изучения России на деле меньше, чем это может показаться с первого взгляда». Заканчивает письмо Луначарский словами: «В тяжелой обстановке наших дней, быть может, только высокому авторитету Академии наук с ее традицией чистой независимости научности удалось бы, преодолев все трудности, сгруппировать вокруг этого большого научного дела ученые силы страны».
Карпинский в ответном письме Луначарскому подчеркнул роль академии в объединении научных сил и рассмотрел формы их возможного сотрудничества с новым государством. Учитывая дух времени и противопоставляя свой взгляд вульгаризаторам науки и революционным экстремистам, президент утверждает и отстаивает высокий статус интеллигенции и общенародную значимость ее труда, подчеркивает ложность понимания «труда квалифицированного как труда привилегированного, антидемократического», считает, что подобные представления вредны и ложатся «тяжелой гранью между массами и работниками мысли и науки».