Оценка программы «Аполлон» Пентагоном принципиально не отличалась от занятой конгрессом позиции. Тем не менее среди его представителей наблюдалось и известное различие в понимании военного значения посылки человека на Луну. Сторонники непосредственной военной оккупации Луны, создания там баз, оснащённых ядерным оружием, приветствовали проект «Аполлон» как значительный практический шаг на пути к достижению цели. Высадка человека на Луне, указывал журнал «Бизнес уик», уже сейчас имеет большее значение, чем покупка Луизианы или Аляски в своё время, и не будут слишком фантастичными утверждения, что к 1981 году Луна превзойдёт по своей ценности такие потенциальные плацдармы, как Рур и Корея, Лаос и Берлин. «Вполне возможно, — цитировал журнал высказывание бывшего министра военно-воздушных сил Гарднера, — что через два или три десятилетия Луна по своему экономическому, техническому и военному значению будет иметь в наших глазах не меньшую ценность, чем те или иные ключевые районы на Земле, ради обладания которыми происходили основные военные столкновения». Короче говоря, приверженцы такой точки зрения считали, что Луну, по выражению генерала Фергюссона, следовало рассматривать столь же ценной в военном отношении «высотой», как и любой ключевой военный плацдарм на Земле.
Утверждения, что военная база на Луне — это ключ к установлению своего контроля над Землёй, подкреплялись «научными» соображениями. Указывалось, например, что Луна является почти идеальной стартовой площадкой для запуска боевых ракет. Значительно меньшая сила тяжести на Луне позволит производить их запуск с затратой всего одной пятой или даже одной шестой части энергии, обычно необходимой для вывода ракеты в космос. Отсутствие атмосферы даст возможность не считаться с капризами погоды, обеспечит исключительную точность полёта ракеты, которую к тому же можно будет направлять вплоть до момента выхода боеголовки на цель. В то же время сама ракетная база, особенно если её расположить на удалённой стороне Луны, окажется практически неуязвимой для ответного удара земных ракет. Наблюдатели на Луне смогут засечь их запуск по крайней мере за 48 часов до их приближения к базе и принять соответствующие меры. Если всё же какой-нибудь ракете и удастся прорваться в район расположения базы, то опасность может представлять только прямое попадание, так как при отсутствии передающей среды взрыв, пусть даже ядерный, не сможет вызвать формирование мощной взрывной волны.
В свою очередь приверженцы более «просвещённого» понимания военного значения космических исследований видели в программе «Аполлон» средство к получению в будущем высоких военных «дивидендов». Как бы правительство ни подчёркивало, что посылка человека на Луну является самостоятельной целью проекта «Аполлон», писала газета «Уолл-стрит джорнэл», «это, конечно, ни в коей мере не соответствует его истинному назначению». «Естественно, — указывал, расшифровывая подобные высказывания прессы обозреватель Р. Дрюмонд, — что мы стремимся выиграть гонку в посылке человека на Луну. Но это — не самоцель. Главное здесь — добиться позиции превосходства для Соединённых Штатов в космосе. В своё время именно превосходство на морях дало Англии возможность руководить миром в течение столетия. Превосходство в воздухе гарантировало союзникам достижение победы во время второй мировой войны. «Таким образом, если мы добьёмся превосходства над Советским Союзом на пути к достижению других планет, мы утвердим наше превосходство по отношению к нему и на этой планете».
Апологеты проникновения в космос с открыто выраженными агрессивными военными целями вслед за ДЖ.Ф. Даллесом, который не видел практической ценности в организации экспедиции на Луну, и Эйзенхауэром, утверждавшим теперь, что «сумасшедшая попытка добыть горсточку лунной пыли» является напрасной тратой денежных средств, ресурсов и человеческой энергии, объявляли «Аполлона» «ублюдком, столь же не способным к превращению в военный космический корабль, как грузовик — в танк». Отвергая программу «Аполлон», они, со своей стороны, делали основной упор на военное освоение околоземного космического пространства, или, по изобретённой ими терминологии, «аэрокосмического» пространства, подразумевая под этим понятием единый комплекс воздушного и космического пространства на сравнительно незначительном удалении от Земли.