Теперь Лысенко вел борьбу уже не только с генетиками, но и цитологами, гистологами, микробиологами, эмбриологами. Присуждение Лепешинской Сталинской премии вне очереди и сообщение ею в печати о внимании Сталина к её работе превратило учение Лепешинской (как ранее «мичуринскую биологию») в политическую платформу, критика которой рассматривалась как «антисоветская акция» со всеми вытекающими последствиями.
Однако «реорганизация» биологии на этом не закончилась. В июне 1950 г. под руководством академика К. М. Быкова была проведена Научная сессия, посвящённая проблемам физиологического учения академика И. П. Павлова. Образцом для её проведения служила всё та же сессия ВАСХНИЛ 1948 г. Объектами критики были избраны академики Л. А. Орбели, П. К. Анохин и И. С. Бериташвили. Особенно резкими были обвинения в невнимании к изучению второй сигнальной системы. Это было обусловлено тем, что перед самой сессией вышел очередной «гениальный труд» Сталина «Марксизм и вопросы языкознания», а проблема языкознания непосредственно связана с речью — второй сигнальной системой.
Созданный Научный совет по проблемам физиологического учения академика И. П. Павлова стал пресекать все так называемые извращения павловского учения (хотя идеи И. П. Павлова имели к этому ещё меньшее отношение, чем идеи Мичурина к лысенковщине), начались гонения на крупных физиологов (начиная с Л. А. Орбели и его учеников).
В результате возникла та псевдонаучная конструкция, которой Т. Д. Лысенко и его приспешники стали заменять основы биологии в научно-исследовательской работе, сельскохозяйственной практике и преподавании биологических, сельскохозяйственных и медицинских дисциплин. Прежде всего Лысенко отрицал существование генов как материальных носителей биологической информации, с которыми связана наследственность организмов. Он утверждал, что наследственностью обладает весь организм. Эта абсурдная идея была, однако, положена (без всяких экспериментальных подтверждений!) в основу множества разработанных лысенковцами практических рекомендаций, связанных с использованием в научной, селекционной работе и сельскохозяйственной практике методов вегетативной гибридизации как одного из кратчайших путей, утверждал Лысенко, получения новых форм растений «с изменённой наследственностью». Это был принципиально неверный путь, который вел к разрушению основ селекционной работы и принципов семеноводства.
Важнейшим положением, которое активно проповедовал Лысенко, было ламаркистское представление о наследовании благоприобретённых признаков. Это положение также широко использовалось Лысенко при разработке практических рекомендаций. Утверждалось, в частности, что создание хороших условий при содержании скота не просто повышает привесы, надои, жирность молока, но и позволяет рассчитывать на закрепление этих свойств в потомстве. Результаты, конечно, были ужасными для сельского хозяйства, тем более, что внедрение рекомендаций лысенковцев сопровождалось забоем животных-производителей, уничтожением чистопородных стад и т. п.
Итогом вышеназванных сессий и конференций было создание совершенно специфической структуры советской биологии. Она загонялась в русло трёх официально разрешённых направлений: мичуринской агробиологии, учения о живом веществе и павловской физиологии (последнее направление лишь условно можно было назвать павловским).
Такая структура биологии не имела ничего общего со структурой нормально развивающейся биологии того времени. Советская биология оказалась оторванной от мировой науки как раз в тот период, когда пошло ускоренное развитие науки и производства, стал всё более усиливающуюся роль в развитии человеческого общества играть научно-технический прогресс; в науке начался период революционных изменений и усиливающихся междисциплинарных взаимодействий.
Отрыв советских учёных от мирового научного сообщества прямо вёл к крупному стратегическому отставанию нашей биологии, что и подтвердили события в мировой науке в последующие годы. Фактически был разрушен механизм использования достижений фундаментальной биологии в практике, что привело к нарастающему отставанию нашего сельского хозяйства и медицины в области внедрения наиболее передовых технологий и методов — это прямая вина Лысенко и его сторонников.