В этих условиях развернулась критика Н. И. Вавилова, сначала в стенах ВИРа, где после создания аспирантуры ВАСХНИЛ сформировалась группа мало подготовленной молодёжи, прикрывающей свои незнание и неумение крикливой критикой в адрес руководства института. В 1934 г. при реорганизации ВАСХНИЛ Наркоматом земледелия была предпринята попытка возложить ответственность за провал многих практических мероприятий на науку, что вызвало резкие возражения Н. И. Вавилова. Но преследования его уже начались — был отменён юбилей ВИРа и празднование 25-летия творческой деятельности Н. И. Вавилова.
Именно в это время в дискуссию между ламаркистами и генетиками включился Лысенко. Главным его помощником в этом деле стал И. И. Презент. Свою позицию Лысенко укреплял, однако, отнюдь не экспериментами, доступными проверке, а выдвижением всё новых и новых практических рекомендаций и формированием (с участием Презента) собственного «учения». Так, в первом номере журнала «Яровизация» в 1935 г. Лысенко и Презент предлагали следующий набор «рекомендаций»:
«Сокращение сроков вегетации в поле злаковых растений как средство борьбы с суховеями; яровизация картофеля и высадка глазков яровизированных клубней как средство уменьшения посадочного материала, одновременно ведущее к повышению урожая; открытие различия зимостойкости растений на различных стадиях развития и вытекающие отсюда мероприятия борьбы с гибелью озимых; способ выведения сортов озимых путем отбора из популяций при помощи посева недояровизированными семенами; открытие причин вырождения картофеля на юге и летние посадки картофеля как средство борьбы с вырождением посадочного материала в засушливых районах степи; теоретические основы сознательного подбора родительских пар для скрещивания при выведении сортов различных культур; открытие и формулирование закономерностей выщепления по срокам вегетационного периода как теоретическая основа новых приемов браковки в селекционном процессе; совершенно новая постановка вопросов семеноводства».
«Новые приёмы браковки в селекционном процессе», так же, как и «совершенно новая постановка вопросов семеноводства» были уже вторжением из селекции в проблемы наследственности, причём очень опасным, так как грозили разрушить всю систему семеноводства. Особенно это касалось внутрисортового скрещивания — именно оно составляло «новинку семеноводства» по Лысенко.
Эти вопросы можно было бы обсуждать и решать на основе опытной проверки, но Лысенко и его сторонники стремились совсем к другому. И. И. Презент прямо говорил, что они не будут дискутировать со своими противниками, а будут их «разоблачать». Цель лысенковцев была ясна — административное утверждение главенства в биологической и сельскохозяйственной науке.
В феврале 1935 г. Т. Д. Лысенко выступил на II Съезде колхозников-ударников. Когда он говорил о «вредителях и кулаках» в науке, о «классовой борьбе на фронте яровизации», присутствовавший на заседании Сталин воскликнул: «Браво, товарищ Лысенко, браво!»
Это был переломный момент: получив поддержку Сталина, Лысенко уже не заботился о научной стороне дискуссий, она стала играть второстепенную роль, а иногда вообще использовалась для маскировки расправ с противниками лысенковщины. По существу, все так называемые дискуссии в биологии, начиная с IV сессии ВАСХНИЛ 1936 г. и кончая августовской сессией ВАСХНИЛ 1948 г., научными дискуссиями не являлись. Лысенковцы противопоставляли научным аргументам идеологические лозунги или прямое наклеивание политических ярлыков. Н. И. Вавилов и его сторонники относились к дискуссиям весьма серьёзно, их научные аргументы представляли несомненную научную ценность и правильно ориентировали в научной оценке ситуации. Генетики верили в то, что им удастся убедить общественность и руководство страны в гибельности призывов Лысенко.
Однако условия, в которых происходила борьба, и арена, на которой она происходила, не благоприятствовали проведению научных дискуссий. Они происходили на различных конференциях, съездах, совещаниях, посвященных практическим задачам сельского хозяйства. Даже термин «генетика» на этих собраниях употреблялся в одном ряду или контексте со словами «селекция», «семеноводство», «племенная работа». Учёные боролись за создание научных основ сельского хозяйства, Лысенко трубил о своих якобы «победах» и давал всё новые ничем не подкрепленные обещания.