Репрессированы были многие учёные: Н. М. Тулайков, Г. А. Левитский, Л. И. Говоров, С. Г. Левит, Г. Д. Карпеченко, И. И. Агол, М. Л. Левин, Г. К. Мейстер, С. С. Четвериков, В. В. Таланов, С. А. Бондаренко, Н. К. Беляев и многие другие. Репрессии коснулись и простых работников ВАСХНИЛ, селекционных и агрономических станций. Административными методами была пресечена деятельность, да и жизнь Н. К. Кольцова. Возглавляемый им Институт экспериментальной биологии был реорганизован, после чего Н. К. Кольцов скоропостижно скончался (1940 г.).
Фактически уже в конце 30-х гг. Лысенко монополизировал значительные области биологии. К 40-м гг. ему не противостоял ни один крупный противник с таким международным научным авторитетом, какой имели Н. И. Вавилов или Н. К. Кольцов. Он уже мог не опасаться разоблачений со стороны агрономии и агрохимии (Т. Д. Лысенко получил поддержку В. Р. Вильямса), экономики сельского хозяйства (она понесла невосполнимые утраты после уничтожения А. В. Чаянова, Н. Д. Кондратьева и их последователей). Сторонники использования математических методов в экологии были рассеяны в результате гонений на одного из основоположников современной экологии — В. В. Станчинского. Директор Института микробиологии АН СССР Г. А. Надсон, открывший радиационный мутагенез, был расстрелян в 1940 г.
Важнейшим ущербом, который был нанесён Т. Д. Лысенко и его сторонниками в эти годы советской науке и практике, следует признать разгром советских школ в генетике и ликвидацию перспективных научных направлений и исследовательских центров. В стране прекратились работы по ряду направлений теоретической и прикладной биологии, которые в 50-х гг. привели к формированию в мировой биологической науке наиболее её плодотворных и перспективных направлений: молекулярной биологии и генетики. Самым существенным (и не исправленным в полном объёме до сих пор) [ущербом] было уничтожение классической генетики в нашей стране. Большой урон был нанесён прекращением работ по антропогенетике и медицинской генетике: ещё в 1937 г. был закрыт Медико-генетический институт, а его директор С. Г. Левит расстрелян.
Серьёзнейший урон был нанесён преподаванию биологии. Лысенко требовал изъятия из курсов биологии «менделизма-морганизма». Начались гонения на преподавателей — противников воззрений Лысенко. Эти преследования проводились под лозунгами превращения вузов в «оплоты учения Мичурина — Лысенко». Метод идеологической травли был опробован И. И. Презентом против Ю. А. Филипченко ещё в 20-х гг. В конце 30-х гг. Презент начал кампанию против Г. Д. Карпеченко — самого молодого профессора Ленинградского университета, возглавившего кафедру генетики растений. Кафедра в 1940 г. была фактически разгромлена и прекратила существование.
Огромный урон был нанесён сельскому хозяйству и сельскохозяйственной науке. Из-под сельскохозяйственной практики была выбита научная основа. Были разрушены сеть селекционных станций и система сортоиспытания, созданные Н. И. Вавиловым. Были затрачены время, научные силы и средства на заведомо бессмысленные исследования. Директивным введением убыточных и антинаучных мероприятий сельскому хозяйству страны был нанесён прямой материальный ущерб, выражающийся в миллиардах рублей: Лысенко и его сторонники несут значительную долю вины за закупки зерна, продолжающиеся до сих пор.
«Урок из нашего прошлого, — сказал президент ВАСХНИЛ А. А. Никонов, — который, я думаю, послужит настоящему, да и будущему, — не допускать ни в какой форме монополизма. Если в экономике монополия ведёт к застою и загниванию — что убедительно доказано В. И. Лениным ещё в начале века, причём, как мы видим сегодня, это относится и к капитализму, и к социализму, — то в науке это во много раз опаснее» (Коммунист. 1988. № 1. С. 58).
К полной монополизации советской биологии Т. Д. Лысенко и его сторонниками привело развитие лысенковщины на последующих этапах — от сессии ВАСХНИЛ 1948 г. до 1964 г.
Послевоенные этапы истории лысенковщины
После победоносного окончания Великой Отечественной войны началась титаническая работа по восстановлению разрушенного хозяйства страны. Надо было не только построить жильё для миллионов людей, лишившихся крова, пустить новые фабрики и заводы, но и фактически заново наладить сельскохозяйственное производство на огромных территориях. Однако, хотя в ряде стран мира к концу 40-х гг. биология и сельскохозяйственная наука значительно продвинулись вперёд, прежде всего, на основе реализации фундаментальных достижений генетики, в Советском Союзе такой прогресс был практически невозможен, так как именно генетика наиболее пострадала от лысенковщины.