Реакция на письмо последовала в июле 1948 г., когда с санкции Сталина были отменены выборы академиков ВАСХНИЛ, и вакантные места были заполнены путём назначения 35 академиков по списку, составленному Лысенко и подписанному Сталиным. А 31 июля — 7 августа 1948 г. состоялась сессия ВАСХНИЛ, на которой с докладом «О положении в биологической науке» выступил Т. Д. Лысенко. Характерно заявление Лысенко в заключительном слове на сессии: «Меня в одной из записок спрашивают, каково отношение ЦК партии к моему докладу. Я отвечаю, что ЦК партии рассмотрел мой доклад и одобрил его». Вся сессия прошла в стиле, уже отработанном в так называемых дискуссиях 30-х гг. По существу, никаких научных споров не было — было жёсткое административное подавление противников, замешанное на идеологических обвинениях. Несмотря на это, нашлись люди, которые до конца отстаивали истину в науке. О достижениях и перспективах генетики говорил И. А. Рапопорт. Ректор МСХА им. К. А. Тимирязева В. С. Немчинов в заключительном слове на сессии смело сказал:
«Я считаю, что хромосомная теория наследственности вошла в золотой фонд науки человечества, и продолжаю держаться такой точки зрения».
Но это уже ничего изменить не могло. 7 августа было помещено в «Правде» письмо Ю. А. Жданова Сталину, где он каялся за критику в адрес Лысенко. «Мичуринская биология» стала партийной платформой, и отрицание лысенковских догм угрожало исключением из членов партии.
Последовали массовые «признания правильности» лысенковских положений. Министром высшего образования СССР С. В. Кафтановым и министром сельского хозяйства СССР И. А. Бенедиктовым были изданы приказы об увольнении многочисленных учёных и преподавателей — противников Лысенко. В приказе Бенедиктова утверждалось, что в научных учреждениях министерства «до последнего времени имели распространение работы, основанные на реакционных воззрениях менделизма-морганизма». Предполагалось «искоренить из практики работы научно-исследовательских учреждений антимичуринские методы работы и в дальнейшем научно-исследовательскую работу целиком базировать только на передовом учении Тимирязева — Мичурина — Вильямса — Лысенко». В приказе был и следующий пункт:
«Изъять из употребления программы и пособия, не отвечающие требованиям воспитания специалистов сельского хозяйства в духе учения Мичурина — Вильямса».
Приказами Кафтанова из университетов и других вузов страны было уволено большое число учёных-биологов, среди которых были выдающиеся учёные, известные во всём мире. Они увольнялись «как не обеспечившие воспитание советской молодёжи в духе передовой мичуринской биологии». Предлагалось пересмотреть составы кафедр, учебные и научные программы, программы и планы подготовки аспирантов; перечислялись учебники, которые надлежало «изъять из обращения как пропагандирующие реакционные теории менделизма-морганизма». Общее число уволенных, пониженных в должности или отстраненных от руководящей работы после сессии ВАСХНИЛ 1948 г. исчислялось тысячами. Из Московского университета были уволены академик И. И. Шмальгаузен, учёный с мировым именем физиолог растений Д. А. Сабинин (впоследствии он покончил с собой, не выдержав травли), академик В. Н. Шапошников, профессор М. М. Завадовский, Р. Б. Хесин-Лурье (впоследствии, после восстановления исследований по генетике, он стал членом-корреспондентом АН СССР, Лауреатом Ленинской премии). Из Горьковского университета был уволен С. С. Четвериков (работавший там с 1935 г.), из Киевского — С. М. Гершензон, из Воронежского — Н. П. Дубинин.
Сессия ВАСХНИЛ 1948 г. знаменовала расширение монополии Т. Д. Лысенко на всю советскую биологию. Прежде всего она открыла путь к разгрому цитологии. По образцу сессии ВАСХНИЛ было проведено специальное совещание Биологического отделения АН СССР, одобрившее «учение О. Б. Лепешинской». Лепешинская, начиная с 30-х гг., выступала с публикациями, в которых, основываясь больше на вульгаризированных до неузнаваемости высказываниях Ф. Энгельса, утверждала, что ею открыто образование клеток из бесструктурного «живого вещества». Этим отвергалось положение Р. Вирхова, который в 1855 г. ввёл тезис: «клетка образуется только от клетки». Этот тезис, разделяемый всеми биологами, Лепешинская объявила идеалистическим, метафизическим. Никто всерьёз не воспринимал «открытия» Лепешинской, но в 1945 г. издание её книги поддержал Т. Д. Лысенко. Её книга «Происхождение клеток из живого вещества и роль живого вещества в организме» вышла с предисловием Лысенко. Для него «учение Лепешинской» стало одним из важных разделов «мичуринской биологии», так как с помощью этого «учения» Лысенко объяснял «превращение» одного вида организмов в другой. Так, на совещании в Биологическом отделении АН СССР Т. Д. Лысенко объяснил, что, в соответствии с учением Лепешинской, превращение пшеницы в рожь, например, происходит в результате «появления в теле пшеничного растительного организма крупинок… ржаного тела».