Погруженную в воду растительность, среди которой преобладают чаще рдесты, называют мягкой. Она образует подводные луга с разнообразными формами жизни. Взрослые рыбы откладывают тут икру, и вышедшая из нее молодь не торопится покидать заросли, где каждый листок служит надежным укрытием. Большинство рыб потребляют животных, поселяющихся на стеблях и листьях мягкой растительности, а также между ними. Отдельные рыбы кормятся и самими растениями. Заметим, что растения обогащают воду кислородом, что в свою очередь благоприятно сказывается на жизнедеятельности рыбы, способствует ее усиленному питанию и росту.
Однако при чрезмерном развитии мягкой растительности затрудняются перемещение рыб и доступ их к кормовым организмам, находящимся среди растений, сокращаются нагульные площади. Считается (в частности, в прудах), что наличие такой растительности на 20-30 % площади является полезным. Ряска, покрывающая отдельные водоемы сплошным ковром, затрудняет прогревание толщи воды, в результате чего подавляется развитие кормовых организмов. Поэтому рыба плохо растет и развивается.
В пресноводных водоемах очень многочисленны, но мало заметны водоросли. Это - весьма разнохарактерная группа низших растений, распространение которых связано почти исключительно с водной средой. Они могут жить в толще воды, в ее поверхностном слое и на дне водоемов, прикрепляясь к камням, песчаному грунту, раковинам моллюсков. Некоторые из водорослей связаны с дном лишь в начале своего развития, а позднее всплывают поодиночке или клубками к поверхности воды.
Среди водорослей различают одноклеточные, многоклеточные и колониальные формы. Они содержатся даже в прозрачной на вид воде. Обнаружить водоросли можно в тихом уголке пруда или заводи водохранилища на илистой отмели, где они темно-зеленой пленкой покрывают дно или крупными хлопьями плавают на поверхности воды у берега. Особенно много таких хлопьев в стоячих или медленнотекущих водах, богатых перегнойными веществами. Здесь можно выловить плавающие в воде сине-зеленые шарообразные слизистые комки величиной от горошины до сливы. По своеобразной - синеватой, переходящей в фиолетовую до черной - окраске в этих хлопьях и комках можно узнать скопления синезеленых водорослей, названных так потому, что, кроме зеленого красящего вещества растений, они содержат особое синее вещество фикоциан.
Наряду с бактериями водоросли - самые простые организмы, которые служат кормом для рыб. Кроме того, водоросли способствуют накоплению кислорода в воде, а также самоочищению водоемов. Однако при избыточном количестве растительной массы, которая не поедается животными и не изымается каким-либо образом из водоема, в последнем нарушается сбалансированное соотношение процессов выедания растительной и животной пищи, с одной стороны, и менее эффективных процессов разложения - с другой. В результате накапливается органическое вещество в полуразложившейся форме, усиленно расходуется растворенный в воде кислород, высвобождаются продукты распада (метан, сероводород и др.), в зону жизни организмов кислородного дыхания вторгаются микроорганизмы, способные жить без доступа кислорода.
В настоящее время в водоемах с замедленным стоком наиболее благоприятные условия сложились для синезеленых водорослей. Отдельные их представители процветают там, где иные водоросли оказываются подавленными. Этому способствует и то, что некоторые синезеленые выделяют при жизни и после отмирания токсические для других организмов вещества. Многие из них могут питаться готовыми органическими веществами и усваивать молекулярный азот, благодаря чему отмирающие организмы способствуют дальнейшему обогащению вод азотом.
Обладая способностью всплывать к поверхности, синезеленые водоросли образуют большие скопления, которые сгоняются ветром на мелководья и там разлагаются бактериями. Последние чрезвычайно быстро размножаются и становятся основными потребителями кислорода, вследствие чего режим в водоеме ухудшается. С ухудшением условий замедляется рост и размножение кормовых организмов, многие из них начинают отмирать, увеличивая тем самым количество разлагающихся органических веществ. Этот процесс лежит в основе массовых заморов рыбы в водоемах (чаще всего в водохранилищах), в результате чего рыбопродуктивность их снижается.