В настоящее время значительная часть верхнего течения Днестра выровнена. Ширина его изменяется в пределах 60- 150 м, глубины составляют 1,5-3,5 м. Скорость течения в межень не превышает 0,3-2 м/с. На протяжении года наблюдаются частые паводки. Поскольку притоки Днестра находятся на северных склонах Карпат и имеют большую водосборную площадь, летние дождевые паводки обычно превышают весенние.
Одним из левых притоков Днестра в его верхнем течении является речка Верещица, длина которой 92 км. Ей свойствен более спокойный характер, чем ниже расположенным правым притокам (Быстрица, Тисменица, Берзница). Наибольшим правым притоком Днестра является река Стрый (длина - 230 км).
Левобережные притоки Днестра - реки Боберка, Стрвяж, Гнилая Лика и др. - имеют низкие берега и относительно широкую пойму с многочисленными озерами. Нижние участки левобережных и правобережные его притоки протекают в плавнях, раскинувшихся широкой полосой вдоль русла Днестра. Несколько выше устья левого притока реки Золотая Липа оно становится извилистым, в нем часто встречаются перекаты и порожистые участки. Дно на плесах песчаное, на перекатах - каменистое. Берега крутые, их откосы овражистые. Ширина реки колеблется от 80 до 200 м, глубины на плесах достигают 4 м, течение - до 2 м/с.
Левые притоки Днестра, берущие начало на Волыно-Подольской возвышенности, текут в низких берегах. Приближаясь к Днестру, они размывают твердые породы, в связи с чем берега становятся крутыми и высокими. Наиболее крупными из этих притоков являются Збруч (длина - 244 км), Серет (242 км), Смотрич (169 км), Мурафа (162 км), Стрипа (147 км), Ушица (122 км), Жванчик (106 км), Коропец и Русава (по 78 км).
Несколько ниже г.Сороки Днестр протекает по территории Молдавии, а в нижнем течении снова выходит на территорию Украины. В этой части он не имеет притоков. Течение его замедляется. Русло сложено из песков. Прибрежная пойма сильно развита, на ней много озер. В Днестровский лиман Днестр вливается одним рукавом.
Днестровский лиман представляет собой затопленное устье Днестра длиной 40 км. Ширина лимана - от 4 до 12 км, наибольшая глубина - 12 м, площадь - 360 км2. Направление и скорость течения зависят от ветров и наводнений на реке. Лиман соединяется с морем гирлами, расположенными между песчаными косами.
В верхнем течении Днестра наиболее многочисленными рыбами являются форель, хариус, голавль, подуст, усач, белоглазка, реже встречаются плотва, вырезуб, елец, жерех, гольян, пескарь, быстрянка, уклея, лещ, рыбец, сазан, голец, окунь, ерш, носарь, очень редко - стерлядь, язь, сом, судак, чоп, подкаменщик, бычки. В пойменных водоемах часто обнаруживаются щука, плотва, верховка, карась, линь и др.
В среднем течении преобладают вырезуб, голавль, жерех, подуст, пескарь, усач, уклея, щиповка, сом, бычки, чоп, менее многочисленны - стерлядь, щука, елец, гольян, верховка, быстрянка, густера, лещ, белоглазка, рыбец, горчак, карп, голец, подкаменщик, окунь и ерш и наиболее малочисленны - плотва, красноперка, судак и налим. В пойменных водоемах Днестра наиболее часто встречаются линь, пескарь, карась, карп и вьюн, реже - гольян и уклея.
Часть обитающих в Днестровском лимане рыб принадлежит к морским. Они встречаются, как правило, в южной части лимана, имеющей наибольшую связь с морем: кефаль, глосса, сарган, анчоус, луфарь, морской карась и др. Как лиман, так и реку посещают проходные рыбы - осетр, севрюга, белуга, сельдь, угорь, но в небольшом количестве, а также солоновато-водные рыбы - преимущественно бычки, тюлька, пузанок, перкарина. Пресноводные рыбы наиболее многочисленны в лимане и особенно в нижнем течении Днестра: умбра, плотва, вырезуб, язь, голавль, елец, красноперка, жерех, верховка, линь, подуст, пескарь, усач, уклея, густера, лещ, белоглазка, рыбец, чехонь, горчак, карась, сазан, щиповка, вьюн, сом, колюшка, судак, окунь, чоп, ерш, носарь. Из перечисленных видов в лимане отсутствуют язь, голавль, елец, верховка, линь, подуст, вьюн и чоп; некоторые виды пресноводных бычков заменяются солоноватоводными. Особенно редки в нижнем течении Днестра и в лимане усач, угорь, солнечная рыба и некоторые другие.