В тот период Кубари уделял много внимания и времени своей плантации, но все напрасно — урожай кокосов, кофе, ананасов и табака не принес дохода, на который он так рассчитывал. В связи с женитьбой положение Кубари становится еще более Тяжким. Расходы его все возрастают. Женой Кубари стала Анна Джелиотт — дочь американского методиста, который в то же время являлся одним из вождей на Понапе. Этот союз еще больше сблизил поляка с островитянами. Вскоре появился на свет сын Бертрам, который, к несчастью, вскоре умер. Материальное положение Кубари все ухудшалось, однако он не оставлял своей научной деятельности. В то время, когда Кубари не мог пользоваться бесплатными переездами на судах Годефруа, он занимался систематизацией материалов и подготовкой их к печати. За этот период исследователь отправил большое количество статей как в польские, так и в европейские журналы (главным образом в немецкие). Таким образом, 1882 год становится для Кубари особенно значительным — это год, когда выходит из печати целый ряд его работ. Приходит окончательное признание заслуг ученого, приходит известность.
К тому же периоду относится бурная переписка, которую Кубари ведет с адресатами из Польши. Из нее видно, как тяжко жилось исследователю без контактов с родным краем, как он тосковал без живого польского слова. В одном из писем, адресованных в варшавский журнал «Пширода и Пшемысл», он писал: «Прежде всего я хотел бы получать какое-нибудь издание о повседневной жизни вечно дорогой мне Варшавы (что-нибудь вроде „Курьера“ или какой-нибудь другой газеты), а затем весьма желательны журналы, знакомящие с обеими проблемами научной жизни в нашей стране („Тыгодник иллюстрованы“)».
Кубари писал, отвечал на письма, получал авторские экземпляры своих работ, доброжелательно принятых научной средой.
И снова удар: ураган уничтожил плантацию Кубари! Наш энергичный исследователь решился на смелый шаг — он отправился в Японию искать работу в Этнографическом музее в Токио, но там нашел лишь краткий приют. Печально было его возвращение на Понапе через Гонконг и Гуам.
На Понапе его ожидал сюрприз — письмо с предложением приступить к работе для музея в голландском городе Лейдене. Это письмо — дань уважения, каким Кубари пользовался среди людей науки, многолетнюю дружбу которых он снискал, несмотря на огромное расстояние, разделяющее их. На этот раз места для него добился доктор Шмельтц, высоко ценивший способности и деятельность Кубари. Обрадованный тем, что снова серьезно сможет заняться научной работой, Кубари влез в долги и по желанию будущего работодателя отправился на Палау. Он работал там с энтузиазмом, собирал коллекции, писал. Но его подстерегал еще один удар: в следующем письме доктор Шмельтц сообщал, что музей отказался подписать контракт под влиянием мнения немецких путешественников, которые обвиняют Кубари в расточительстве и излишнем сближении с местными жителями. Стрелка судьбы Кубари падает до нуля. На этот раз его положение становится еще более тяжелым. Поляк уже не один: у него на руках жена и только что родившаяся дочь Изабелла. Хорошо, что белый рупак снова жил на Палау, где жители неизменно выказывали ему доброжелательство и уважение. Поэтому Кубари не умер с голоду и по привычке продолжал собирать научный материал. Его угнетало отсутствие денег на книги, одежду и другие потребности европейца. Кубари с головой погрузился в работу. На Палау он написал несколько ценных трудов.
Его упорство получает вознаграждение. Дают себя знать старые научные и дружеские связи — Этнографический музей в Берлине предлагал ему подписать договор. Период нужды остался позади, будущее представляется многообещающим. Кубари написал свою первую книгу «К вопросу об этнографии Каролинского архипелага» (эта работа вышла в 1895 г. на немецком языке). Получив некоторую материальную независимость, Кубари стал методично вести дальнейшие полевые исследования. Он посетил мелкие острова архипелага, на Япе продолжил изучение «денежной системы» острова, собрал для Берлина огромное количество экспонатов, много работал. Ничто не предвещало катастрофы, но она все же вскоре разразилась: Берлинский музей безоговорочно разорвал контракт, ссылаясь на якобы неподходящий стиль работы исследователя, унижающий достоинство представителя немецкой науки, руководство музея также было недовольно сближением ученого с местным населением и т. п. С мая 1885 г. Кубари остался без работы и без денег. Эти долгие месяцы стали для него настоящим кошмаром. Он решил, что теперь ему уже никогда не удастся заняться научной деятельностью.