Смерть Кубари была с грустью принята как в Германии, так и в Польше. Редактор его работ Й. Д. Е. Шмельтц, питавший к поляку дружеские чувства, прощаясь в некрологе с «известным всей этнографии прославленным исследователем», писал, что ученый «обладал даром души, позволившим сблизиться с островитянами, завоевать их доверие и проникнуть в сокровеннейшие тайны их жизни…»
В Польше о нем написал Людвик Кшивицки: «Скончался исследователь, о котором, возможно, кое-что известно в нашей стране, но я сомневаюсь в Фом, Что у нас понимают всю ценность его изысканий. Этот этнограф имеет в научном мире громкое имя, хотя и не такое, какое заслужил…»
Около двух десятилетий спустя профессор К. Столыхва как бы продолжил эту мысль: «Со стыдом следует признать, что в нашей стране почти ничего не известно о знаменитом земляке, который хотя и писал главным образом на иностранном языке, но мыслил по-польски (о чем свидетельствует его манера писать по-немецки), считал себя поляком и мечтал о возвращении на родину. Кубари долгие годы ждал справедливой, по праву ему принадлежащей оценки его деятельности в Германии; в конце концов после смерти его оценили и даже начали собирать деньги на памятник знаменитому „немецкому“ ученому. Германия лишает нас не только земель, но и наших научных заслуг, присваивая ценнейшие явления нашей культуры, творцов нашей науки. Именно к таким творцам принадлежал Кубари. И случилось непоправимое — он был вынужден работать и творить среди чужих, потому-то его имя присваивает чужая культура»[14].
В настоящее время значение работ Я. Кубари по этнографии Микронезии бесспорно. Серьезным считается также, вклад поляка в картографию этих островов и добытые им сведения об их фауне. Никто не подвергает сомнению и тот факт, что большей частью существующих в Европе этнографических собраний с Каролинских островов музеи обязаны именно польскому исследователю. Велики его заслуги в области изучения языков и диалектов Океании. Деятельность ученого увековечена скромным памятником, поставленным ему на Понапе, а также присвоением его имени горе на Новой Гвинее — Кубари-Берг. Его имя также сохранилось во множестве латинских названий в области орнитологии (Corous Kubari- птица), энтомологии (Phibalasoma Kubari — насекомое), конхологии (Papuina Kubari — раковина).
Имя Кубари, поляка трагической судьбы на службе немецкой науки, своеобразно увековечено в истории острова Понапе, который он так полюбил. В 1899 г., не в силах удержать свои заморские владения, испанцы продали Микронезию Германии. Простодушные местные жители очень скоро почувствовали тяжелую руку пруссаков. В 1910 г. на Понапе началось восстание против немцев. Его глава, островитянин и старый друг поляка, взял псевдоним «Кубари». Борьба продолжалась много недель. Повстанцы оборонялись от немцев на высоком скалистом острове Сокес. Положение в корне изменилось по прибытии немецких военных кораблей, в том числе «Корморана» (того самого, что позднее затонул на Гуаме). Восстание было подавлено, а 17 его руководителей во главе с «Кубари» предстали перед взводом, выполняющим смертный приговор. Так человек, который обладал «даром души, сблизившим его с островитянами», умер еще раз после своей смерти. Недоброжелатели Кубари постоянно осуждали его гуманное отношение к местным жителям, которое якобы наносило ущерб немецкой науке. События 1910 г. на Понапе выявили истинное лицо этой «великой» нации.