Однако роковым днем для экипажа лодки оказалось 4 апреля 1944 г. В то время лодка была на якорной стоянке между островами Фефан и Дублон и находилась в готовности к боевому погружению по тревоге. В тот день часть экипажа отправилась на берег. Однако по сигналу воздушной тревоги 1-169, как и весь дивизион подводных лодок, спокойно пошла под воду и легла на дно на глубине 130 футов. Когда объявили отбой, 5 лодок снова поднялись на поверхность, а 1-169 осталась лежать на дне. В ее корпусе было заперто 77 человек команды.
Командование флотилии немедленно приступило к спасательной операции. Под воду спустился водолаз, который сообщил, что 2 кингстона задраены не до конца и затоплены рубка и центральный отсек. Стук изнутри говорил, однако, о том, что в отсеках с ненарушенной герметичностью еще много живых. В надежде, что лодка не набрала слишком много воды, сравнительно быстро доставили плавучий кран. Однако или расчеты оказались ошибочными, или неудачны были действия людей, находившихся в нервном напряжении в ожидании очередного налета, но спасательная операция провалилась: не выдержали толстые стальные тросы.
Несчастный экипаж 1-169, вероятно, пережил страшные часы. Находиться так близко от базы и в то же время так далеко. Люди оказались замурованными в корпусе лодки, в полной темноте, воздух с каждой минутой сгущался, вода поднималась, так как герметичность переборок на истерзанной лодке была нарушена. После неудачной попытки спасти экипаж наступила абсолютная тишина. Ничего нельзя было сделать. Свистящее дыхание, последние глотки воздуха. Время остановилось. Смерть приближалась неумолимо. Спасательная группа водолазов прислушивается понапрасну. Из недр стальной сигары не доносилось никаких звуков.
На базе, которая подвергалась беспрестанным атакам неприятеля, для погибшего экипажа почти ничего не могли сделать. О поднятии со дна 1-169 нечего было и думать. Водолазы открыли люки и извлекли 32 мертвых тела. Остальной экипаж остался внутри судна навсегда. Водолазы наглухо завинтили люки подводного гроба, где находилось около 50 их товарищей. Опасаясь вторжения (которое так и не состоялось), месяц спустя командование отдало приказ забросать 1-169 глубинными бомбами. Однако и эта работа была выполнена недостаточно тщательно.
Многие потери военных лет, многие трагедии преданы забвению, но о лодке 1-169 помнил Ко Маки-сан, ветеран боев на Тихом океане, участник спасательной операции на островах Трук. Бывший моряк дождался, пока послевоенная экономика Японии окрепнет, и после долгих мытарств все-таки добился, что правительство предоставило дотацию в 3 миллиона иен на извлечение 1-169 со дна моря.
В то время острова Трук уже широко рекламировались как райское место для туристов-аквалангистов, которые обследовали множество кораблей, затонувших в лазурной могиле лагуны. Родившиеся уже после войны молодые люди имели возможность рассматривать в прозрачной воде заржавевшие мины, остовы потопленных истребителей, бортовые орудия и даже танки, а также разные мелочи, в том числе китайский и японский фарфор. Число аквалангистов, посещавших острова Трук, множилось в геометрической прогрессии, так что администрация дистрикта была вынуждена объявить лагуну запретной зоной, приравнивая ее по значению к национальному парку, точнее, историческому памятнику, состоящему из затонувших здесь судов. Соответствующий приказ несколько ограничил действия распоясавшихся аквалангистов, запретил обирать корабли и ломать их. Тем не менее посещения лодок не прекратились, особенно после открытия постоянной авиационной линии на остров Моэн и постройки здесь современных отелей. Однако все уже было подчинено машине, обслуживающей туристов: «13 дней и 12 ночей всего за 900 долларов. Подводные прогулки по палубам кораблей затонувшего 4-го императорского флота. Вторник — подводная экскурсия на „Хеиян Мару“, пятница — нагруженный боеприпасами „Синкоку Мару“. Незабываемые впечатления — подводные джунгли, красивейшие в мире кораллы».
В 1971 г., впервые после окончания войны, покой 1-169 нарушила группа кинематографистов, которая снимала фильм о подводном кладбище. Операторы отсняли эффектные кадры о затонувшем корабле «с экипажем, находящимся на борту» со времен второй мировой войны. Но кинематографисты все же ничего не нарушили, хотя много лазали по кораблю и снимали останки погибших. Затем все люки снова наглухо задраили.
На следующий год японцы начали официальные переговоры о разрешении извлечь останки моряков с 1-169. Они хотели разрезать стальной корпус лодки автогеном и в случае необходимости применить небольшие заряды взрывчатки. Власти Трука им в этом отказали. С одной стороны, ввиду реальной опасности подобных операций — ведь лагуна буквально начинена военным снаряжением, минами и артиллерийскими снарядами. С другой стороны, устав о подводной могиле запрещает существенно нарушать целостность флота-призрака. Однако японцы все-таки добились разрешения при условии, что работы будут производиться без применения взрывчатки и автогена.