Находясь в Тибете, Атиша написал и перевел целый ряд сочинений, в том числе «Бодхипатхапрадипа» («Светильник для пути просветления»), в котором он развивал одно из положений буддизма о делении людей в соответствии с их умственным развитием и успехами в делах святости на три разряда: высший, средний и низший. Религиозная теория и практика может осваиваться соответственно определенному разряду. К высшему разряду относятся те, кто должен достигнуть состояния бодхисаттвы. Пути, по которому должны следовать люди высшего разряда, как раз и посвящено другое известное произведение Атиши «Бодхисаттваманьявали» («Драгоценная гирлянда бодхисаттвы»). Оба сочинения Атиши сыграли выдающуюся роль в становлении теории и практики сект Кадампа и Гелугпа.
Атиша принес в Тибет знание того буддизма, какой был в то время в Индии. Он помог становлению в Тибете тантрической астролого-астрономической системы Калачакра («Колесо времени», сущность системы изложена в знаменитой «Калачакра-тантре»), которая появилась там незадолго до его прибытия в Страну снегов (появление Калачакры в Индии относится к IX в. н. э.). Тибетские авторы отмечают, что Атиша восстановил почти утраченное в Тибете знание философской системы буддийской доктрины.
Большое внимание Атиша обращал на организацию правильной монастырской жизни, на строгое выполнение заветов буддийской этики (аскетизм, монашеская жизнь в духе первоначальной буддийской общины).
Все тибетские буддийские секты, кроме Ньингмапы, считают своими основателями тех, кто якобы были непосредственными учениками Атиши. Но в действительности его ученики создали только секту Кадампа («Те, кто следуют словам наставника»). Остальные секты (Сакьяпа, Каджудпа, Кармапа) основаны лицами, которые встречались с ним и воспринимали от него далеко не все, чему он учил. Но Атиша, несомненно, заслужил уважение тех, кто общался с ним, за свои глубокие знания всех сторон буддийского учения, теоретических и практических. И поэтому все секты стремились приблизить своих основателей к знаменитому индийскому наставнику.
Современник Атиши по имени Брогми (992–1074), который восемь лет изучал у лучших индийских наставников теорию праджняпарамиты и был посвящен в тантрические дисциплины (например, систему Хеваджра), имел много учеников, один из которых, Кончог Джалцан, из знатной семьи Кхон, основал в 1073 г. монастырь Сакья (Западный Тибет), положивший начало секте Сакьяпа. Эта секта к XII в. стала значительной политической и религиозной силой.
Когда же в XIII–XIV вв. Сакьяпа стала господствующей сектой в стране, слишком тесная связь между интересами секты и семьи Кхон вызвала в других районах страны ожесточенное сопротивление распространению религиозного учения секты семьи Кхон (см. стр. 70–72). В разных областях Тибета были свои собственные религиозные школы, развивавшиеся в крупных монастырях, которые были опорой местных правителей.
Своим ученикам Брогми передал традиции понимания так называемых новых тантр, которые не входят в число «старых тантр», составляющих основу учения секты Ньингмапа. Эти тантры «новы» потому, что переведены на тибетский язык переводчиком Ринчен Зангпо (958–1055) и Атишей значительно позже появления «старых тантр». Основу взглядов Брогми определяло учение «Путь и плоды [деяний]» (Лам-брай), построенное на «новых тантрах». Посвящение в знание его он получил еще в Индии от ряда ведущих индийских наставников. Тантрическая доктрина «Путь и плоды [деяний]» стала основной в секте Сакьяпа.
Подчеркнем, что учения тантрических сект Тибета (Сакьяпа, Каджудпа) не заменяли какие-то части общебуддийского учения, потому что считались не заменой его, а дополнением. Будда Шакьямуни — творец всего буддийского учения. Но при своей жизни он проповедовал главным образом «Малый путь», «Малую колесницу» (хинаяна), так как люди не были готовы глубоко воспринять другие, более сложные части учения. Поэтому Шакьямуни спрятал у водяных драконов (нагов) доктрину «Великого пути», «Великой колесницы» (махаяна), полагая, что эта часть учения станет известна людям только тогда, когда они очистятся от части грехов и будут более просвещенны.