Вместе с тем авторитет власти Сакья (духовной и светской), за которым стояли, пусть и далекие, и уже битые в Китае монголы, был все еще прочен. Чангчуб, заняв крепости и подготовив войска к обороне, сам все же вышел на переговоры с Гава Дзангпо, представителем Сакья и главой карательных войск. Чтобы не отдавать столь милую его сердцу сандаловую печать трипона, он попросту предварительно сжег ее. Но на этот раз Чангчуб просчитался. Как только он явился в лагерь карателей, его немедленно арестовали, а войска, лишившись командира, не решились вступить в бой с правительственными отрядами.
Чангчуба увезли в небольшой городок подле монастыря Сакья, где он снова попал в руки палача. Его опять жестоко пытали, а потом бросили в тюрьму. Врагам мало было сломить тело Чангчуба, они хотели сломить его дух. Почти все время он находился в колодках на улице, и прохожие забрасывали Чангчуба грязью. Казалось, что Чангчуб наконец-то сломлен. Но однажды он взял брошенный в него комок грязи, съел его на глазах сбежавшейся толпы и сказал:
— Да, сейчас я ем грязь Сакья. Но скоро точно так же я буду есть самих Сакья [82, 80].
Действительно, вскоре вспыхнула распря между арестовавшим Чангчуба Гава Дзангпо и другим высшим сановником Сакья, Вангцоном. И Гава Дзангпо отпустил Чангчуба, надеясь обрести в нем своего союзника. В 1352 г. Чангчуб возвратился в Недонг и уже совершенно открыто восстал против власти Сакья. Монголы были далеко и уже ничем не могли помочь своим духовным наставникам иерархам Сакья.
Войска Чангчуба оккупировали ненавистный Цзан и область Тхангпоче, в результате чего почти весь Уй и Цзан оказались в руках Чангчуба. Сакьяские иерархи, занятые внутренними ссорами, не смогли помешать ему. Более того, как только Вангцон одержал верх и добился отставки Гава Дзангпо, Чангчуб под предлогом оказания помощи «благодетелю», некогда выдавшему его палачу, пошел со своими войсками на запад, на Сакья, и овладел им, а значит, и всей верховной властью в Тибете. Он сместил правящего иерарха Сакья и уволил в отставку 100 чиновников, ведавших делами по всему Тибету, а Вангцона посадил в тюрьму. Затем он провел административную реформу и, понимая, что многие трипоны давно уже стали полунезависимыми, как и он сам в недавнем прошлом, ликвидировал все 13 трипонов, т. е. целиком упразднил весь централизованный аппарат Сакья по управлению Тибетом и ввел деление страны на многочисленные округа — дзоны, раздробив тем самым власть на местах. Во главе дзонов он поставил дзонпонов — правителей округов из преданных ему людей. В важнейших районах Тибета Чангчуб поставил свои гарнизоны, а на границах с Китаем — войска.
Был проведен передел земли, в результате которого все противники Чангчуба были ослаблены и экономически, а для крестьян введена твердая ставка поземельного налога в размере шестой части урожая. Для улучшения сообщения внутри страны, ибо в Тибете дороги значили очень много, Чангчуб ввел на всех больших реках службу переправ на лодках, сделанных из шкур яков, а в местах, пользующихся недоброй репутацией из-за обилия разбойников, была улучшена служба охраны путников. На больших караванных дорогах были открыты дома для ночлега, особенно для паломников, уже и тогда многочисленных в Тибете. Чангчуб отменил судопроизводство Сакья, которое основывалось на обычаях монголов, и восстановил то уголовное право, которое действовало в Тибете при великих цэнпо древности.
В 1364 г. Чангчуб скончался. Ему наследовал его племянник, и в последующие годы власть над Тибетом оставалась в руках династии Пхагмоду.
В конце XIV — начале XV в. каких-либо заметных контактов с царствовавшей в Китае династией Мин Тибет не поддерживал. В 1407 г. седьмой перерожденец секты Кармапа был в Китае в качестве наставника веры. В годы Юн-лэ (1403–1424) в Китай приглашали и знаменитого монаха Цзонхаву (1357–1419), ученики которого основали секту Гелугпа — «Те, кто следуют истинным трудам». Цзонхава в Китай не поехал, а послал туда своего ученика Джамчен Чхойдже Шакья Ешея, который стал личным ламой китайского императора. Как пишет Шакабпа, «заявление, что китайские императоры династии Мин (1364–1644) унаследовали права на Тибет от своих монгольских предшественников, исторически не обосновано» [82, 73].
Власть дома Пхагмоду над Тибетом держалась до 1434 г., когда после смерти Гонгма Дракпа его племянники начали борьбу за власть, положив начало периоду в истории Тибета, названному «Крушение дома Пхагмоду».