Перевоплощением Гедун Дуба был позднее признан Гедун Джамцо (1475–1542), уроженец Цзана. Он основал монастырь Чокхорджал в ста километрах от Лхасы, у озера, которое использовалось для предсказаний будущего.
Но подлинным первым далай-ламой был III Далай-лама Соднам Джамцо (1543–1588). Он родился вблизи Лхасы и был сыном правителя дзонга — уезда. В 1547 г. он стал настоятелем монастыря Дрепунг, заняв пост, который ранее, с 1517 г., занимал II Далай-лама. В 1559 г. Соднам Джамцо посетил Недонг и получил от местного правителя, представителя увядшей династии Пхагмоду, печать и красную тушь — символы власти.
В 1562 г. произошел небывалый по силе разлив р. Кичу и вся Лхаса оказалась затопленной. Соднам Джамцо ввел поэтому обычай, который требовал, чтобы все монахи в последний день ежегодного праздника монлам, праздника начала года, работали на ремонте дамб, отгораживающих город от реки. В 1569 г. Соднам Джамцо прошел курс наук в монастыре Ташилунпо, после чего оставил там своего представителя. В середине 70-х годов XVI в. Соднам Джамцо получил первое приглашение от хана монголов-тумэтов Алтан-хана посетить Монголию. По высокомерной традиции историков тибетского буддизма, первое приглашение было якобы отклонено, но за ним последовало второе, прибыла большая делегация с верблюдами, лошадьми и прочими дарами.
Гелугпа держалась только в области Уй. И в XVI в. так называемая желтая вера отнюдь не была господствующей в Тибете. Политическая власть явно оставалась в руках Кармапы и других сект. Гелугпа остро нуждалась в поддержке извне, и поэтому настоятель Дрепунга Соднам Джамцо в 27-й день 11-го месяца года огня-быка (1577 г.) выехал из своего монастыря на север. Его провожали монахи до долины Дам. Путь через Чантан зимой потребовал 170 дней, и только летом 1578 г. Соднам Джамцо прибыл в ставку Алтан-хана во Внутренней Монголии, район Хух-Хото, в Коко-Хотан — Голубой город. Здесь лама-монах «непревзойденной учености» и монгольский хан столковались между собой. Алтан-хану была нужна гибкая и не очень заумная вера, чтобы укрепить власть монгольских феодалов в степи. Гелугпе и ее представителю Соднам Джамцо нужна была поддержка монгольских отрядов для ниспровержения соперничающих сект в Тибете. В итоге этой встречи и появились на свет далай-ламы, а среди монголов стал широко насаждаться буддизм в трактовке его сектой Гелугпа.
После серии торжественных приемов и выполнения различных религиозных обрядов Алтан-хан выпустил манифест в поддержку буддизма в Монголии:
«Мы, монголы, сильный народ, потому что наши предки происходят от неба, и некогда расширили пределы своей империи даже до Китая и Тибета. Буддийская вера проникла в нашу страну в давние времена, когда мы оказали покровительство Сакья Пандита. Позднее был у нас император по имени Темур, в царствование которого наши люди лишились религии, а наша страна пришла в упадок. Казалось, океан крови залил землю.
Нынешний Ваш приезд помогает буддийской вере ожить вновь. Наши взаимоотношения покровителя веры и ламы могут быть похожи на таковые у солнца и луны. Океан крови станет океаном молока.
Тибетцы, китайцы и монголы живут сейчас в этих странах и могут исполнять десять заповедей Будды. Более того, с этого дня впредь я устанавливаю некоторые правила поведения для монголов. Прежде, когда монгол умирал, его жена, его личные слуги, принадлежавшие ему кони и вещи приносились в жертву. В будущем запрещаю это. Лошади и скот покойного с обоюдного согласия сторон могут быть отданы ламам и монахам в монастыри, а семья в первую очередь должна требовать от лам помолиться за умершего. В будущем я запрещаю приносить в жертву животных, жен и слуг для блага усопшего. Все виновные в совершении человеческих жертвоприношений будут наказаны по закону, а их имущество конфисковано. Если в жертву будут принесены лошади или другие животные, то конфискации подлежит в десять раз большее число животных, чем то, которое было убито. Любой, кто оскорбит монаха или ламу, будет сурово наказан. Запрещается в дальнейшем приносить кровавые жертвы и онгонам — изображениям умерших, а все существующие статуэтки — изображения их — должны быть сожжены или сломаны. Если мы узнаем, что кто-то тайно хранит такие статуэтки, мы разрушим дом того, кто скрывал их. Вместо них люди могут держать в своих домах изображения Ешей Гонпо, тибетского божества, и приносить ему в жертву вместо крови молоко и масло…