IV Далай-лама жил под постоянной угрозой со стороны секты Кармапа и правителей Цзана, от которых в тот момент зависела и Лхаса. Тем более что Кармапа тоже не дремала и нашла себе покровителя в Монголии в лице чахарского Лигдан-хана. Но в эти же годы Кармапа начала ослабевать из-за внутренних распрей в секте между «Черными шапками», засевшими в Амдо, и «Красными шапками», опиравшимися на Цзан.
Тем не менее в 1605 г. в стычке с Кармапой IV Далай-лама потерпел поражение, и отряды Кармапы вошли в Лхасу. Монгольский отряд, пришедший с IV Далай-ламой из Монголии, был изгнан из города. Начался последний этап борьбы Гелугпы и Кармапы за власть над Тибетом, борьбы областей Уй и Цзан за гегемонию в стране. Кармапа одолевала, и правитель Цзан Карма Тенсунг Вангпо отхватил несколько округов от Уй, а значит, и новых налогоплательщиков. Положение IV Далай-ламы было отнюдь не блестящим. В 1606 г. он предпринял поездку на юг, ему оказали хороший прием в Недонге, но, когда он прибыл в Шигацзе, чтобы быть избранным почетным надзирателем монастыря Ташилунпо, Карма Тенсунг Вангпо, резиденция которого находилась в Шигацзе, не только не вышел встретить его, но и отказал ему в приеме. Тенсунг Вангпо скончался в 1611 г., и его сын Карма Пхунцог Намджал в качестве независимого правителя контролировал весь Цзан, Тох, Западный Тибет и часть Уй. Он не раз самостоятельно воевал с Бутаном. Далай-лама не имел над ним никакой власти. В 1617 г. IV Далай-лама умер в Дрепунге в возрасте 28 лет. Тело покойного кремировали, а пепел, как и жизнь его, поделили на две части — одна осталась в Дрепунге в серебряном чортене, другую увезли на родину, в Монголию.
Пользуясь случаем, Пхунцог Намджал в 1618 г. напал на Лхасу и, несмотря на отчаянное сопротивление монахов монастырей Дрепунг и Сера и мирян, захватил и разграбил город. Людей погибло множество, трупы усеяли весь холм у монастыря Дрепунг. Оставшиеся в живых монахи секты Гелугпа бежали на север в монастыри Раден и Таглун. Ряд, правда не самых крупных, монастырей секты Гелугпа в Уй были силой превращены в монастыри секты Кармапа. В Шигацзе, прямо против Ташилунпо Пхунцог Намджал тоже построил монастырь Кармапы, который он многозначительно назвал «Подавление Ташилунпо». Кармапа торжествовала. Казалось, крах Гелугпы был близок и неминуем. Найденного в 1619 г. нового перерожденца Йонтан Джамцо, V Далай-ламу Нгагбан Ловзан Джамцо (1617–1682), тщательно скрывали от чужих глаз, и никто не знал, кто он и где находится. Пора было монголам спасать дело рук своих.
В том же, 1619 г., в Тибет «возвратился» отряд монголов, якобы бывший там еще при IV Далай-ламе. А в 1620 г. монголы попросту атаковали войска Цзана. Силы были примерно равны, и после ряда боев при посредничестве панчен-ламы стороны пришли к соглашению. Лхаса была оставлена ничьей — ее покинули и монголы, и войска Цзана. Монастыри Гелугпы, прежде насильно преобразованные в монастыри Кармапы, снова стали монастырями Гелугпы.
V Далай-ламу воспитывали в Южном Тибете, в округе Е. В 1625 г. он был рукоположен в монахи панчен-ламой.
Руководство секты Гелугпа, недовольное своим шатким положением, приняло решение искать помощь у своих новых покровителей — джунгаров (калмыков). Три посла Гелугпы во главе с Соднам Чойпалом прибыли к джунгарам, чтобы побудить их начать религиозную войну с врагами веры. Это было тем более необходимо, что, по некоторым сведениям, правители Цзан даже предприняли попытку убить V Далай-ламу [54, 124]. Под лозунгом оказания помощи V Далай-ламе были предприняты военные действия под руководством двадцативосьмилетнего хошута Турубайху, имевшего титул Гуши-хана, полученный им от маньчжуров. Его поддержали джунгарский Баатур-Хунтай-джи и торгоут Урлук.
Положение монгольских племен также не было стабильным. С начала XVII в. на Дальнем Востоке и в Центральной Азии громко заявила о себе новая сила — маньчжуры. Они вели войны в современной Маньчжурии, нападали на Китай и монголов. В 1631–1632 гг. маньчжурами было разгромлено Чахарское ханство. Среди монголов Кукунора усилилось влияние буддийских сект, враждебных Гелугпе. Кукунорскне монголы были не прочь в пику Гуши-хану и его сторонникам поддержать врагов Далай-ламы — правителей Цзана и иерархов секты Кармапа, Халхи стали постепенно склоняться в пользу маньчжуров, против Китая. Междоусобицы терзали джунгаров. Здесь верх одержали чоросы, кочевавшие по р. Или. Пятьдесят тысяч торгоутов ушли в эти годы в низовья Волги, положив начало волжским калмыкам. Хошуты начали перекочевывать на Кукунор.