В этой сложной обстановке Гуши-хан не сразу двинулся в Тибет, считавшийся у монголов святой страной, несмотря на то что междоусобная борьба значительно облегчала проникновение в страну. Под видом паломников его люди были отправлены разведать состояние дел в Тибете. Со своей стороны, Соднам Чойпал уведомил руководство Гелугпы об обещанной монголами поддержке.
Гуши-хан немного опоздал, но получил удобный предлог для начала войны. В 1635 г. один из монгольских ханов Кукунора, сторонник Кармапы, послал в Тибет своего сына Арслан-хана для искоренения секты Гелугпа. Десятитысячный отряд Арслан-хана был перехвачен в Амдо, у оз. Тенгринор, войсками Гуши-хана. Арслану ничего не оставалось, как вступить в бой или сделать вид, что он и не намеревался предпринимать ничего особенного. Он предпочел последнее и вступил в Уй под видом паломника, только с личной охраной, оставив войска у Тенгринор. Стало неясно, чью сторону он примет, и монахи Кармапы, ждавшие его с войсками и уже готовившие «варфоломеевскую ночь» своим собратьям из Гелугпы, на всякий случай бежали из Лхасы. В монастыре Дрепунг Арслан-хан имел неоднократные свидания с V Далай-ламой, и тот взял с него слово не предпринимать враждебных действий против Гелугпы. Взбешенный таким поворотом дела, правитель Цзаиа Карма Тенкьонг известил отца Арслана об отказе сына начать войну с Гелугпой. Это стоило Арслану жизни — он и двое его людей погибли от руки подосланных убийц.
В порядке ответной акции Гуши-хан напал на отца Арслана и разбил его в битве при Оланго. Часть кукунорских монголов бежала на юг. Остальные подчинились хошутам. Управление монгольским населением Кукунора Гуши-хан разделил между своими девятью сыновьями. Покинутый своим командиром, отряд Арслан-хана не решился вернуться домой, и эти монголы остались кочевать у оз. Тенгринор, заселив долины Замар и образовав группу населения, известную в Тибете как согде.
В 1638 г. Гуши-хан лично совершает паломничество в Тибет. V Далай-лама возвел его на трон перед статуей будды в храме Джокхан и дал ему титул «Хана веры» — охранителя буддизма. В свою очередь, Гуши-хан дал сановникам из свиты Далай-ламы монгольские титулы дзаса, тайджи, та лама, даян, которые тибетские чиновники высших рангов носили до середины XX в. V Далай-лама отказался поехать к монголам, но послал к ним с Гуши-ханом своего постоянного представителя.
Разгром кукунорских монголов — чогтху, сторонников Кармапы, войсками хошутов Гуши-хана побудил правителей Цзана на решительные действия. Они заключили союз с Камом, где были все еще сильны сторонники бон во главе с Доньё Дордже, ставка которого находилась в Бери. Их переписка была перехвачена агентами Гелугпы. В одном из таких писем, направленных Доньё Дордже в Цзан, говорилось: «То, что наши союзники — племена чогтху уничтожены, большое несчастье. Однако на следующий год я подниму войска Кама и введу их в Уй. В то же самое время Вы должны двинуть Вашу армию из Цзана. Вместе мы искореним Гелугпу, так что и следов ее не останется» [82, 105–106]. Не исключено, что это была фальшивка, изготовленная в тайных кельях монастырей Гелугпы с целью обвинить Кармапу в сговоре с врагами буддизма, представителями религии бон. Как бы там ни было, выступление приверженцев бон на стороне Кармапы дало Гуши-хану повод для похода в Кам. Вместе с монголами в Кам вступили и отряды тибетского племени парик из Амдо. После года боев, в 1640 г., глава бон Доньё Дордже был убит, а весь Кам оказался в руках Гуши хана. Неясно, сам ли или по приглашению V Далай-ламы Гуши-хан из Кама вводит отряды чоросов и хошутов в Уй и Цзан. Сопротивление тибетцев было слабым, за исключением осады Шигацзе, столицы Цзана. В осаде Шигацзе участвовали и отряды V Далай-ламы, возглавляемые Соднам Чойпалом.
В первом месяце 1642 г. после упорных боев форт Шигацзе и монастырь секты Кармапа пали. Путь монголов по Тибету сопровождался грабежами и разрушениями. Победа Гелугпы над врагами была отмечена в Лхасе водружением флагов и сожжением благовоний. Правитель Цзана был привезен в Лхасу и брошен в тюрьму. Затем V Далай-лама прибыл в Шигацзе. Здесь в монастыре Ташилунпо состоялась церемония передачи ему от имени Гуши-хана верховной власти над Тибетом, несомненно в подражание тому, что уже имело место в XIII в. Были выставлены три трона. На центральный воссел V Далай-лама, по бокам сели Гуши-хан и Соднам Чойпал. Гуши-хан торжественно объявил, что верховную власть над всем Тибетом, от Ладака на западе и до Дацзяньлу на востоке, он передает V Далай-ламе. Все административное управление отдавалось Соднам Чойпалу, получившему титул «деши», нечто вроде премьер-министра. Считалось, что сам V Далай-лама должен вмешиваться только в те светские дела, которые представляют особую важность. Правительство единого Тибета было названо Ганденг Пходранг, а Лхаса официально объявлена столицей страны.