Установление правления V Далай-ламы над Тибетом с помощью монгольского оружия не прошло гладко. В Гьянцзе вспыхнуло восстание, руководимое сектой Кармапа. Затем восстало Конгпо. Восстания были жестоко подавлены объединенными усилиями монгольских отрядов Гуши-хана и войск правительства V Далай-ламы, руководимых Соднам Чойпалом. Содержавшиеся до этого и тюрьмах Лхасы лидеры Кармапы и феодалы Цзана были казнены.
В 1643 г. V Далай-лама был признан в качестве главы Тибета Непалом и Сиккимом. Монголы и тибетцы вмешались в дела Бутана, где против правительства восстали монастыри.
В 1645 г. в Лхасе начались работы по возведению дворца далай-лам Потала. Строительство велось на одном из господствующих над местностью холмов, на котором еще оставались руины от дворца Трице Марпо, построенного в 636 г., т. е. за тысячу лет до этого, Сонгцэн Гампо. В 1648 г. ряд монастырей враждебных сект были насильно преобразованы в монастыри секты Гелугпа. Все население Кама было обложено налогом в пользу V Далай-ламы.
Еще в 1639 г. маньчжурский император, в то время стоявший ближе к монгольским ханам, чем к императорам Китая, послал в Лхасу Чахань-ламу с письмом, в котором извещал Далай-ламу о том, что он будет покровительствовать буддизму и заботиться о его распространении. Зимой 1643 г. столицу маньчжуров Мукден посетило посольство из Тибета, которому там был оказан хороший прием [76, 10]. В 1644 г. маньчжуры взяли Пекин. Гуши-хан написал письмо императору Ши-цзу с просьбой пригласить V Далай-ламу в Пекин и освятить завоевание. В 1647 г. Далай-лама и Панчен-лама направили маньчжурскому императору поздравления с победой и золотые статуи будды. В ответ на это Шейраб-гелон, представитель маньчжурского двора, прибыл в Лхасу и пригласил обоих великих лам в Пекин. Предложение было принято. Тибетская сторона уверяла всюду, что сбывается предсказание III Далай-ламы о том, что потомки Алтан-хана через 80 лет станут правителями Монголии и Китая. То, что речь шла о маньчжурах, а не о монголах, было отнесено к числу несущественных деталей, учитывая, с тибетской точки зрения, этническое родство тех и других.
V Далай-лама надеялся найти в лице маньчжуров столь же могущественных покровителей, какими были для иерархов Сакья юаньские императоры, тем более что, обращаясь к монголам, маньчжуры действительно любили выдавать себя за прямых наследников этих императоров. Маньчжуры и принявшие их сторону китайцы видели в монголах, явно также шедших к усилению, соперников, которых вначале нужно было нейтрализовать, а потом и подчинить. И здесь они делали ставку на V Далай-ламу, религиозный авторитет которого в монгольских степях все более рос. Далай-лама должен был помочь маньчжурам в данный момент, хотя бы нейтрализовать неспокойных монголов, которые, того и гляди, могли стать соперниками если не в дележе Китая, то, во всяком случае, в установлении господства в Центральной Азии.
В 1652 г. V Далай-лама выехал в Китай. В Пекин прибыло его письмо с просьбой к императору встретить его за пределами китайской империи. Ритуал встречи и приема имел решающее значение для отношений сторон, и поэтому-то из-за него сразу же началась глухая, вежливая борьба. Ши-цзу издал указ, в котором объяснял приглашение Далай-ламы не величием его духовной власти, а обычной политической необходимостью привести в покорность с его помощью монголов халхи, которые пока еще не были покорены. Император, конечно, и не думал встречать Далай-ламу не только за пределами империи, но и на ее границах, да и вообще в сколько-нибудь отдаленных от столицы пределах. В Нинся Далай-ламу посадили в желтый паланкин. Затем его встретил один из министров двора и пообещал, что, возможно, скоро и сам император прибудет для встречи. Местом такой встречи тибетцы предлагали Хух-Хото (Гуйхуачэн) или Дангэ. Сославшись на обилие разбойников, император не поехал ни туда и ни сюда, а прислал вместо себя одного из князей императорской крови. Вероятно (из китайских источников и это не совсем ясно), император встретил Далай-ламу где-то подле Пекина, но и то не предприняв специальной поездки с этой целью, а как бы оказавшись случайно на его пути во время охоты.
При встрече цинский император и V Далай-лама обменялись рукопожатием и приветствиями через переводчика. Далай-лама, очевидно, ожидал не такого приема. Поэтому он заявил, что климат Пекина для него не подходит и он должен уехать. На это император ответил, что и он вначале страдал от пекинского климата, жаркого и влажного летом, а потом привык. Пусть Далай-лама поживет в Пекине и дождется весны, когда будет созван съезд монгольских князей. Далай-лама остался и был поселен в храме Хуансы, специально построенном к его приезду. От участия в съезде монгольских ханов Далай-лама уклонился и весной тронулся в обратный путь. По дороге он посетил монастыри Амдо. В семи днях пути от Лхасы Далай-лама был встречен Гуши-ханом и официальными лицами своего правительства и в том же, 1653 г., благополучно возвратился в Лхасу.