Тибетцы быстро почувствовали, что променяли галку на ястреба. Джунгары назначили главой правительства Лхаджал Рантена. Второй VI Далай-лама, Ешей Джамцо, был низложен и заключен в Чакпори — здание медицинской школы, сооруженное еще Санджай Джамцо. Судьба его достоверно неизвестна, кажется, он был сослан, попал в Китай, где и умер в 1725 г. Часть его администрации была казнена. Полоная пытали, но не казнили, так как он был другом Лхаджал Рантена. Затем начались погромы монастырей секты Ньингмапа. Это вызвало недовольство в народе. VII Далай-лама жил в монастыре Гумбум под покровительством маньчжуров, и те не отдавали его джунгарам. Джунгары держались в Центральном Тибете, в Уй, и фактически не контролировали Западный Тибет и Цзан. Там-то и зрела против них оппозиция. Правитель Гартока Кхангченнай готовился к восстанию. Отмежевался от джунгаров и панчен-лама. Попытка джунгаров закрепиться в Шигацзе потерпела неудачу.
Узнав о гибели своего бывшего союзника в Тибете Лхавзан-хана и возникших там волнениях, цинский двор решил воспользоваться случаем для установления своего контроля над Тибетом. Первый отряд маньчжурских войск под командованием Эрентея прошел через Цайдам к Нагчука. Здесь он был разбит и почти полностью истреблен. Тогда Кан-си решил выслать в Тибет армии по двум дорогам — через Цайдам и Кам. Армия под командованием 14-го сына Кан-си, князя Юн Ти, везла из Гумбума VII Далай-ламу. С тыла на Лхасу двигались Кхангченнай и Полонай. Подавив сопротивление местного населения Кама, действовавшего под предводительством правителей Литана и Батанга, к Лхасе подходила и вторая китайская армия под командованием Гарби. Почувствовав, что дело плохо, джунгары подвергли святой город самому низменному ограблению и ушли на северо-запад. Еще до прибытия китайско-маньчжурских войск Полонай и Кхангченнай заняли Лхасу.
Подошедшие армии Кан-си вошли в город и возвратили в Поталу VII Далай-ламу, Калзанг Джамцо. Правда, седьмым его считали только тибетцы. Кан-си, чтобы избежать вопроса об истинности VI Далай-ламы — ведь, как мы помним, маньчжуры не признавали Цаньян Джамцо истинным перерожденцем, — дал VII Далай-ламе золотую печать, на которой по-тибетски, по-монгольски и по-маньчжурски было — «Печать VI Далай-ламы». Двух прежних шестых, Цаньян Джамцо и Ешей Джамцо, для Кан-си не существовало. Деши и все помогавшие джунгарам чиновники были казнены. В Лхасе остался цинский гарнизон, которым командовал монгол Цеван Норбу. Стены Лхасы были разрушены. Для управления страной был создан совет министров из четырех человек, двое из них считались старшими, а двое — младшими. Главой совета стал Кхангченнай, имевший титул Дай Цин Батур. Вторым старшим был назначен Нгабо, правитель Конгпо. Все четыре калона-министра были светскими лицами. Реальная власть далай-ламы тем самым была ограничена. Китайские гарнизоны стояли в важнейших пунктах дороги Лхаса — Литан. Все земли к востоку от Батанга и Литана были отторгнуты от Тибета и включены в состав китайской провинции Сычуань.
В 1723 г. император Юн-чжэн вывел маньчжурские войска из Лхасы, оставив только гарнизон в тысячу человек в Чамдо. Кхангченнай, не слишком уверенный в своих силах, не очень обрадовался отводу цинских войск. Представитель Юн-чжэна, чиновник цинского министерства иностранных дел Орай, прибыл в Лхасу и для поддержания авторитета Кхангченная совершил с ним поездку в Нгари.
Осенью этого же года кукунорские монголы-хошуты в союзе с джунгарами начали войну с Китаем. Цинские войска довольно быстро разгромили монголов и в феврале — марте 1724 г. Кукунор со всеми прилегающими к нему областями был присоединен к Китаю. Императорским указом были установлены размеры монастырских построек и число монахов для каждого монастыря.
Совет калонов раздирали противоречия, отражавшие местные, сепаратистские тенденции различных областей Тибета. Этот своеобразный совет министров мало уделял внимания делам страны. В Тибете вновь назревала гражданская война. Повод к ее началу дали маньчжуры, рекомендовавшие в 1724 г. своему человеку в Тибете, Кхангченнаю, начать репрессии против старейшей секты Ньингмапа, влиятельной во враждебном Кхангченнаю Цзане. Кхангченнай с неразумной активностью взялся за дело. Полонай заявил протест, а когда его протест не был принят, в 1727 г. под предлогом болезни жены покинул Лхасу и выехал в Цзан.
7 августа 1727 г. совет калонов собрался на заседание в верхней комнате главного храма Лхасы Джокхана. Во время заседания Кхангченнай был схвачен и убит тут же, в храме, его охрана перебита, дом разграблен и две жены тоже убиты. Одновременно в Цзан были высланы люди с приказом убить Полоная, но Полоная предупредили его союзники. Полонай бежал в Западный Тибет, набрал там армию и снова возвратился в Цзан и захватил Шигацзе. Лхасские заговорщики Нгабо, Лумпа и Джаранай, мобилизовав войска областей Уй и Конгпо, двинулись на Цзан в направлении Гьянцзе. Гражданская война началась. Бои шли с переменным успехом, и война грозила быть затяжной.