Представители далай-ламы, панчен-ламы и сакья-ламы выступили за прекращение вражды, и 11 апреля 1728 г. перемирие, казалось, было уже заключено. Однако, воспользовавшись ослаблением бдительности противника, девятитысячная армия Полоная внезапно двинулась на Лхасу. Ей помогли давно уже обиженные на судьбу монголы из долины Дам. 3 июля 1728 г. войска Полоная вступили в город. В тот же момент стали очевидны и подлинные мотивы совета, данного маньчжурами покойному Кхангченнаю. Под предлогом защиты далай-ламы на время гражданской войны большая цинская армия оккупировала Лхасу.
В ноябре калоны-заговорщики и их сторонники были казнены, причем Нгабо, Лумпа и Джаранай публично медленно разрезаны на мелкие куски. Все семьи осужденных отправили в рабство в Китай. Поскольку заговорщиков поддерживал и отец VII Далай-ламы, то «защитники» сослали и отца, и самого Далай-ламу в Гартхар близ Литана.
Управление страной возглавил Полонай, который активно сотрудничал с Цинами. Кам был в ведении администрации далай-ламы, а район Шигацзе отдан в управление панчен-ламе. Как видим, расчленение Тибета на отдельные области — давняя китайская традиция. Разделив Тибет, цинские власти оставили в Лхасе и Шигацзе гарнизоны по 2 тыс. человек в каждом городе и назначили двух амбаней, представлявших цинскую администрацию в Тибете. Амбани с перерывами оставались в Тибете вплоть до 1912 г.
Полонай поощрял торговлю в стране и стремился привлечь на свою сторону крупные монастыри, раздаривая им земли, ибо в них он прежде всего ощущал силу, способную влиять на жизнь Тибета. Для приобретения же авторитета среди монашества, а также, несомненно, и личных религиозных заслуг с целью получить лучшее перерождение им с государственной помощью были предприняты ксилографические издания буддийского канона — Канджура и Танджура. Это было гигантское и дорогостоящее предприятие, так как огромный канон печатался с досок, на которых предварительно вырезался его текст. К 1732 г. были приготовлены доски для Канджура. Их хранили в Нартане, и издание Канджура благословил лично панчен-лама. Через десять лет, в 1742 г., было закончено резание досок для печатания Танджура. Эти доски также хранились в Нартане. Благословил издание Танджура сам VII Далай-лама. Канон, отпечатанный с этих досок, считается в Тибете и среди зарубежных специалистов самым знаменитым его изданием.
В 1730 г. Тибет начал войну с Бутаном и в 1731 г. одержал над ним победу. С 1731 по 1950 г. Бутан высылал своих представителей к тибетскому правительству и подносил ему дары.
Вслед за Полонаем маньчжуры также стали поддерживать монастыри. Они начали финансировать их, выделяя для их нужд ежегодно 5 тыс. лан серебра, и усиленно поощряли монашество. Это была вполне оправданная политика: чем больше в Тибете становилось монахов, тем меньше там было солдат. В 1733 г. цинские власти сократили гарнизон в Лхасе до 500 человек, а в 1735 г. VII Далай-ламе было позволено переехать из Гартхара в Лхасу.
В 1747 г. Полонай умер от заражения крови. В годы своего правления Полонай, опираясь на поддержку маньчжуров, пытался поставить себя над VII Далай-ламой. Говорят, что VII Далай-лама однажды высказался даже так: «Возможно, Полонай был бы счастлив, если бы я удалился в Дрепунг или какой-нибудь отшельнический скит». Полонай стремился к сильной централизованной власти в Тибете и с этой целью сделал ставку на маньчжуров. Это, безусловно, имело для Тибета неблагоприятные последствия. Вместе с тем было бы нелепо возлагать какую-то личную вину за судьбы Тибета целиком на Полоная. Ситуация в самом Тибете и в Центральной Азии в XVIII в. была такова, что установление контроля Цинов над Тибетом представлялось неизбежным.
Сын Полоная Далай Батур Гумей Намджал, унаследовав власть после смерти отца, сразу же занял антиманьчжурскую позицию. Он объявил, что маньчжурский гарнизон в Лхасе не нужен, так как тибетцы сами в состоянии обеспечить порядок в своем доме. Император Цянь-лун пошел в какой-то мере ему навстречу и сократил китайский гарнизон Лхасы до ста человек, которые должны были охранять амбаней. Но цинский император не соглашался на создание тибетского гарнизона в Лхасе. В 1750 г. Гумей Намджал повторил свою просьбу о сформировании тибетского гарнизона Лхасы, Получив и на этот раз отказ, он тайно начал собирать тибетские отряды и установил контакт с враждебными Китаю джунгарами. Через своих шпионов амбани разузнали об этом, срочно известили Пекин и одновременно решили действовать сами. Пригласив Гумей Намджала в свою резиденцию — бывший замок Лхавзан-хана якобы за подарками, присланными ему цинским императором, они предательски убили его. Известие о случившемся вызвало восстание в Лхасе. Оба амбаня и большинство китайцев, находившихся в Лхасе, были убиты. Оставшиеся в живых нашли приют в Потале у Далай-ламы, который враждовал с Гумей Намджалом. Восстание было подавлено цинскими войсками, его руководители казнены.