Еще более активное участие проявил Андрей Дмитриевич в судьбе одного из ведущих экспериментаторов института, открыто осудившего антинаучное «учение» Лысенко. В результате замечательного проявления солидарности со стороны Сахарова и других ученых высылка А. была отменена.
После XX съезда партии стала возможной борьба за возрождение в нашей стране уничтоженной лысенковцами генетики. В основном эта деятельность осуществлялась физиками и математиками. По инициативе И. В. Курчатова в Институте атомной энергии был образован радиологический отдел, а академиком М. А. Лаврентьевым в Новосибирском Академгородке — Институт генетики. Одновременно в Физическом институте Академии наук возник таммовский семинар, посвященный проблемам молекулярной генетики и радиобиологии. Тем не менее гибельная для науки и сельского хозяйства деятельность Т. Д. Лысенко не только не прекращалась, но и находила поддержку у нового руководителя страны. Решающее сражение за генетику было выиграно в июне 1964 года при выборах действительных членов Академии наук.
У нас на столе пожелтевший от времени лист бумаги, которому без малого четверть века. Это машинописная запись скандального заседания Академии наук, которое произошло 26 июня 1964 года. Выступление Андрея Дмитриевича на этом заседании хорошо выявляет его гражданскую позицию и заслуживает более подробного рассказа. Обычно утверждение действительных академиков и членов-корреспондентов на общем собрании Академии наук является простой формальностью. На таких собраниях присутствуют академики всех специальностей и, как правило, утверждаются решения отделений, так как историкам, языковедам, химикам и биологам довольно безразлично, кого решили выбрать, например, физики на предоставленные им места. Но при утверждении кандидатуры Н. И. Нуждина, баллотировавшегося по биологическому отделению, картина оказалась иной. Н. И. Нуждин был ставленником Лысенко. При голосовании на отделении он прошел, набрав 67 % голосов.
На общем собрании первым взял слово академик В. А. Энгельгардт. В лучшем академическом стиле, со ссылками на П. Л. Капицу, предложившего определять достоинство научного работника по числу ссылок на его работы, Энгельгардт предложил воздержаться от выборов Н. И. Нуждина, на работы которого он не нашел ни одной ссылки.
Вторым, и это было кульминационным событием, взял слово академик А. Д. Сахаров. «Что касается меня,— сказал он,— то я призываю всех присутствующих академиков голосовать так, чтобы единственными бюллетенями, которые будут поданы „за", были бюллетени тех лиц, которые вместе с Н. И. Нуждиным, вместе с Лысенко несут ответственность за те позорные, тяжелые страницы в развитии советской науки, которые в настоящее время, к счастью, кончаются». Далее выступил академик И. Е. Тамм. После голосования оказалось, что против Нуждина было подано 114 голосов и только 23 человека голосовали «за». Это был завершающий удар по антинаучным представлениям, развиваемым Лысенко и его последователями.
В середине шестидесятых годов Андрей Дмитриевич Сахаров — ученый и мыслитель — активно включается в борьбу за права человека. В 1968 году он обратился к народам мира, ко всему прогрессивному человечеству с прозвучавшей набатом статьей «Размышления о прогрессе, мирном сосуществовании и интеллектуальной свободе». Здесь впервые была обозначена и доказана неразрывная связь счастья и безопасности народов с индивидуальной свободой, с правами каждого отдельного человека. Очень скоро после появления Декларации Андрей Дмитриевич был отстранен от секретной работы и уволен из института. В это время в полной мере проявили солидарность и мужество его непосредственные коллеги — сотрудники теоретического отдела Физического института Академии наук (ФИАНа). В частности, по поручению уже тяжело больного И. Е. Тамма Е. Л. Фейнберг поехал к Андрею Дмитриевичу и пригласил его вернуться на работу в теоретический отдел ФИАНа. Андрей Дмитриевич с готовностью принял это предложение. Сопротивление дирекции и парткома удалось преодолеть. Однако сотрудники отдела непрерывно подвергались давлению со стороны партийных органов. Так, секретарь партбюро приходил в отдел и кричал: «Как вы смеете с ним доброжелательно общаться? Ему руку нельзя подавать». Крупнейшего ученого Е. С. Фрадкина, секретаря партгруппы отдела, прошедшего войну, раненого и награжденного, в райкоме «уговаривали» со всякими угрозами и поношениями, но он был непоколебим. Начальника отдела академика В. Л. Гинзбурга вызывали в президиум Академии наук, где предложили подписать известное антисахаровское письмо. Но он так твердо сказал «нет», что «уговоры» быстро прекратились.