После борьбы с басмачами Павел Жогин учился на высших командирских курсах, затем окончил академию и в Отечественную войну вступил командиром отдельного кавалерийского полка.
Правда, карьера его не всегда была успешной. Порой судьба трясла Жогина довольно чувствительно. Сразу же после академии, когда он ожидал повышения в звании, вдруг случилось непредвиденное: арестовали бывшего командира той самой кавалерийской группы, в которой Жогин действовал когда-то в Средней Азии. Целую неделю таскали его на допросы. Заставили вспомнить все походы, бои, обстановку в эскадронах. Больше всего следователь интересовался, когда и где группа переходила границу и долго ли находилась на чужой территории. Такой эпизод действительно был. В погоне за врагами конники однажды залетели километров на двадцать в глубь Афганистана. Однако Жогин считал это доблестью. Так он хотел написать и в протоколе допроса. Но следователь категорически предостерег его, сказал, что этот факт будет расценен, как политическая слепота и потеря бдительности со всеми вытекающими последствиями. Кто знает, может он и в самом деле старался выгородить Павла Афанасьевича, а может была какая другая причина, только следователь настоял на своем. И хотя история эта закончилась для Жогина вроде благополучно, все же из Москвы пришлось ему уехать в старом звании. Да и должность получил он гораздо ниже той, с которой уходил в академию.
«Ничего, разберутся, — успокаивал себя Жогин. — А насчет политической слепоты может и верно, дал я промашку по молодости». Дома он перерыл все свои архивы, нашел единственную фотокарточку, где командир группы сидел на сером в яблочных накрапах коне редкой киргизской породы и, держа руку под козырек, приветствовал выстроившихся перед ним конников. Долго смотрел Жогин на суровое волевое лицо человека, с которым ел, можно сказать, из одного котелка и не заметил того, что узнал о нем от следователя. Так и этак повертывал Жогин фотокарточку, стараясь припомнить что-нибудь подозрительное. Нет, ничего такого не припомнил. Но карточку все-таки сжег, сжег не колеблясь, хотя была она дорогой памятью о погибших в боях товарищах.
А ровно через полтора года Жогину вдруг повезло. Вышло так, что командиров, участников первомайского парада на Красной площади, пригласили в Кремль. Среди них оказался Жогин. Какой это был для него день! Щедрое весеннее солнце высвечивало высокие кремлевские купола, и яркий отблеск позолоты падал на древние зубчатые стены, на распускавшиеся деревья и на торжественно строгие лица тех, кто шел в знаменитый Георгиевский зал. Даже воздух над Москвой казался в тот день необыкновенно спокойным и розовым.
Утром следующего дня во всех газетах на первых полосах появился большой снимок, на котором вместе с приглашенными был заснят Сталин. Жогин сидел от него третьим. И это было самым главным. По крайней мере, он уже больше не чувствовал себя поднадзорным. Больше того, ему очень быстро присвоили очередное звание и сразу с должности помощника начальника штаба перевели на должность командира кавполка.
Вторично в Кремль попал он в суровую зиму 1942 года, когда бои развернулись под самой Москвой. Вместе с другими пятью командирами-кавалеристами его вызвали прямо с фронта, чтобы дать особое задание. Предполагалось, что вызванных примет Сталин. Но появился генерал и заявил: прием у Верховного будет после выполнения задания. Смысл этого обещания Жогин понял очень хорошо. Только на сей раз счастье изменило ему. В самый разгар боя он попал на вражескую мину. У коня раздробило голову, выворотило внутренности, а хозяина его ранило в левую ногу повыше колена.
Пролежав полтора месяца в госпитале, Жогин получил назначение командовать отдельным запасным полком, расквартированным в южноуральском городе. Побывавшие здесь люди долго помнили потом крутой характер командира и установленную им жесткую дисциплину. Они называли этот полк «жогинской академией». Даже в других частях можно было услышать: «Раз прошел «жогинскую академию», значит, соли попробовал».
Когда кончилась Великая Отечественная война и запасной полк был расформирован, Жогин получил новое назначение — заместителем начальника межокружных офицерских курсов. Скучной показалась ему эта работа: лекции, семинары, зачеты. Сиди и слушай, как отвечают офицеры на вопросы преподавателей. Нет, не привык Жогин к такой обстановке. Ему нужны боевые подразделения. Он командир, а не педагог. Его дело командовать, решать боевые задачи. И желание полковника вскоре было удовлетворено: ему предложили принять мотострелковый полк.