Дальнейшие события, как международные, так и внутрирусские, укрепляли и развивали эту идею. Константинополь был взят турками, и Византийская Империя прекратила свое существование. Константинопольский патриарх стал подданным неверного мусульманина, турецкого султана. Флорентийская уния, которая была принята значительною частью византийских иерархов, вселяла в религиозное сознание московских людей недоверие по отношению к Греческой Церкви и, наконец, принятие Иоанном IV царского титула, возводившее и всю Московскую Русь на ступень уже не княжества, но царства, т. е. первоклассной исторической державы, все это вместе требовало скорейшего разрешения вопроса об учреждении патриархата на Руси.
Но дело подвигалось медленно. Первые попытки к согласованию вопроса о русском Патриархате с восточными патриархами не давали сколь-либо значительных результатов, пока за дело не взялись одновременно проникнутый глубоким благочестием и религиозным духом смиреннейший из царей Феодор Иоаннович, с одной стороны, и фактический правитель царства, выдающийся государственный деятель и дипломат боярин Борис Федорович Годунов – с другой.
К этому времени возглавляемая митрополитом московским Русская Православная Церковь была фактически уже самостоятельна и сознавала это, что характерно подтверждает такой эпизод. В 1586 г. антиохийский патриарх Иоаким приехал за милостыней в Москву, где митрополитом был в то время Дионисий. Когда патриарх вошел в Успенский собор, то митрополит вышел ему навстречу и первым, вопреки чину, благословил его, после чего и сам принял благословение от греческого патриарха. Иоаким пытался протестовать против этого нарушения чина, но принужден был умолкнуть. Именно во время этого пребывания антиохийского патриарха в Москве вопрос об учреждении русского патриаршества был поставлен решительно.
«По воле Божией, в наказание наше, восточные патриархи и прочие святители только имя святителей носят, власти едва ли не всякой лишены; наша же страна благодатию Божией во многорасширение приходит, и поэтому я хочу, если Богу угодно, и писания Божественные не запрещают, устроить в Москве превысший престол патриарший», – сказал царь Феодор Иоаннович совместно боярской Думе и Освященному Собору. В этой речи смиренного и немногоречивого царя явно чувствуется государственная мысль и властность Бориса Годунова. Патриарху антиохийскому Иоакиму вместе с богатой милостыней было официально поручено поставить это предложение русского царя на обсуждение собора Греческой Церкви. Но дело продолжало тянуться. Восточные патриархи явно не хотели утверждать равного себе на Руси. Они обещали дать ответ через патриарха иерусалимского, но этого ответа в Москву не приходило.
Летом 1589 г. в Смоленске неожиданно появился старший из восточных патриархов Иеремий византийский в сопровождении митрополита мальвазийского и архиепископа эллассонского. Москва о его приезде заранее не была извещена и поэтому отнеслась к нему с предельной осторожностью: смоленский воевода получил выговор за то, что безвестно для царя впустил иноземного патриарха на русскую территорию. Одновременно ему, а вместе с тем и епископу смоленскому было предписано изолировать патриарха, в особенности от сношения его со всеми иноземцами, допуская его лишь в церковь при оказании ему должного почета. Те же меры предосторожности были применены к византийскому патриарху и в Москве, где его также поместили с большим почетом в доме рязанского владыки, но изолированного даже от приехавших с ним вместе греческих купцов. Царь принял его так, как принимал иностранных послов, без оказания особых почестей, после чего Годунов повел с ним длительные переговоры, большая часть которых осталась тайной. В результате этих переговоров было достигнуто согласие старшего из восточных патриархов на утверждение патриархата в Москве, но грек все же потребовал, чтобы всероссийский патриарший престол был предоставлен ему самому. Годунов, а под его влиянием и царь, приняли это требование, но с условием, чтобы патриарший престол находился во Владимире, а не в самой Москве, следовательно грек-патриарх отстранялся бы от фактического руководства Русскою Церковью, которую возглавлял тогда высокочтимый всею Русью митрополит Иов и также от возможности влиять на государственные дела. Греческий патриарх понял этот дипломатический маневр Годунова и продолжал настаивать на своем требовании. Тогда с необычайной, казалось бы, для него решимостью ему ответил сам царь Феодор Иоаннович в своей речи к боярам и Освященному Собору: