Однако знакомство с творчеством Аристотеля пробудило у религиозных мыслителей интерес к вопросам, которые в Писании даже не ставились, не говоря уже о претензии на их решение. Речь шла не только об общих научных проблемах, связанных с мироустройством, но и о проблемах чисто богословского характера, например о Бытии Божием и взаимоотношениях между Богом и человеком. В это время появился целый ряд независимых мыслителей, которые, не считая себя богословами, задавались подобными вопросами. Не делая ни малейших поползновений к отделению от Церкви или хотя бы к спорам с Церковью, они все-таки пытались найти ответы на эти вопросы, исходя из ресурсов человеческого разума. Таким образом, этот этап развития христианской мысли оказался отмечен совершенно новой особенностью, которая заключалась в параллельном существовании двух научных направлений, имевших в дальнейшем все шансы слиться в единую теорию, но пока не находивших между собой никаких точек соприкосновения. Представители каждого из этих направлений, разумеется, считали именно себя единственно правыми. Итак, философская мысль в эти времена шла за разумом, а мысль богословская следовала за верой.
Одним из типичных мыслителей подобного толка стал в XII веке Пьер Абеляр, чье учение привлекало толпы восторженных поклонников. Предложенное им видение мира как нельзя лучше вписывалось в дух любознательности, свойственный той эпохе. Впрочем, довольно скоро на пути Абеляра возник другой мыслитель, мощью своего гения легко низринувший его. Речь идет о стороннике традиционализма св. Бернаре. Позже, в XIII веке, таким выдающимся религиозным философам, как св. Фома и св. Бонавентура, удалось нащупать точки соприкосновения между упоминавшимися двумя параллелями, однако развитые ими идеи так и не смогли помешать процессу раздвоения философской мысли, окончательно оформившемуся в XIV—XV веках. Философия, опирающаяся на умозрительные рассуждения, и богословие, не признающее иных доводов, кроме веры, существовали независимо друг от друга. Новейшее благочестие, впервые заявившее о себе в Виндешаймской школе, полностью оправдывало свое название. Оно, правда, вызывало некоторый интерес у философов, строящих свои концепции помимо Откровения, однако само, проникнутое духом сепаратизма, уходило уже в самую откровенную мистику, не имевшую ничего общего с рационализмом.
С этой поры факультеты искусств, прежде рассматривавшиеся как подготовительные отделения богословских факультетов или, в крайнем случае, как некая культурная база для будущих специалистов в области права или медицины, обрели независимость и смысл своего существования. Философия как предмет учебной программы здесь даже не упоминалась, но на практике все дисциплины, составлявшие «тривиум» и «квадривиум», по сути сводились именно к философии. С одной стороны, это объяснялось успехами в развитии рационализма, с другой — интересом к сочинениям Аристотеля, жившего, заметим, за четыре века до Рождества Христова и, следовательно, не способного ничем помочь в постижении тайны христианства. Этот процесс пробуждения мысли ни в коем случае не следует недооценивать, ведь его результатом стало открытие средневековыми философами, как до них древнегреческими, всего богатства человеческой природы и попытка его применения ко всем многообразным явлениям окружающей действительности. В рамках этой тенденции многие выдающиеся умы, от Ансельма Кентерберийского до Николая Кузанского, выступали за право свободного выражения человеческой мысли.
Не обошлось и без ложных обольщений. Заинтригованные, а порой и просто околдованные «Малой логикой» Аристотеля, а точнее, его искусством комбинировать суждения таким образом, чтобы из них с неизбежностью следовал логически убедительный вывод, университетские наставники так увлеклись этим способом рассуждений, что нередко принимали средство за цель, а поиск истины сводили к поиску аргументов. Так продолжалось до тех пор, пока папа Григорий IX, друживший со св. Франциском Ассизским, а затем и папа Иннокентий IV не наложили запрет на учение Аристотеля. Вот почему Братство общей жизни, не отказываясь от «философской» грамматики, в вопросах веры рекомендовало придерживаться простой, без затей, набожности.
Какие учителя учили Мартина Лютера на факультете искусств Эрфуртского университета? И главное, чему они его учили? Толкованием текстов древнеримских классиков со студентами занимались выдающиеся гуманисты того времени Матернус Пистерис и Иероним Эмсер. Последний был одновременно и специалистом по каноническому праву. Он придерживался достаточно передовых убеждений, чтобы обсуждать с учениками сочинения своего современника Рейхлина. Впоследствии он стал одним из противников Лютера. Греческий преподавал Николас Маршалк, первым издавший в Германии труд на этом древнем языке. Судя по всему, его уроков Лютер не посещал, потому что позже, в Виттенберге, он просил одного из бывших своих соучеников, Иоганна Ланга, заняться с ним греческим. Итак, Мартин изучал Вергилия, Овидия, Плавта, Теренция, Горация, Ювенала. Среди университетских философов особенно выделялись Герард Геккер, Ганс Гревенштейн, Варфоломей Арнольди Юзингенский, но главным образом ректор заведения Иодо-кус Трутветтер, позже прославившийся своими «Трактатом о логике» и «Суммой философии природы». Эти и другие наставники знакомили студентов с материями, близкими к учению Аристотеля и его средневековых последователей: логикой, физикой (именовавшейся философией природы), учениями о жизни духа. В полном соответствии с веяниями времени не забывали они и о таких вещах, как астрономия и математика.