В дальнейшем, несмотря на возражения критиков, обратившихся к привычной версии о сознательном самозванстве Гришки Отрепьева57, Н. И. Костомаров стремился подвести читателя к мысли о том, что нет никаких оснований доверять официальной пропаганде царя Бориса Годунова. История Лжедмитрия была подробно изучена им с привлечением многих новых польских и русских источников в книге «Смутное время» (1868) и в специальном биографическом очерке «Названый Димитрий» (1874)58. Завершая этот очерк, Н. И. Костомаров высказывал прямые возражения против отождествления царя Дмитрия и беглого монаха. Мнение о «внутренней убежденности» Дмитрия в том, что он настоящий сын Ивана Грозного, историк считал вполне заслуживающим внимания. «Подготовлен» «названый Димитрий» был не московскими боярами, как считал С. М. Соловьев, а где-то в «польских владениях». Н. И. Костомаров удержался от окончательного ответа на вопрос о характере самозванства Лжедмитрия и прозорливо заметил: «Мы, однако, не должны слишком увлекаться блеском тех светлых черт, которые проглядывают не столько в его поступках, сколько в словах»59.
Со времени публикации работ С. М. Соловьева и Н. И. Костомарова начинается своеобразная историографическая «развилка» в изучении биографии Лжедмитрия. Все основные вопросы и заслуживающие внимания версии этими историками были сформулированы и обсуждены, а самозванец стал восприниматься как более сложный, вовсе не однозначно отрицательный герой русской истории. Это чутко уловил Алексей Константинович Толстой, представивший еще одного Григория Отрепьева на русской сцене в завершающей части своей драматической трилогии «Царь Борис» (1870). В его пьесе все участники угличского дела, окольничий Андрей Клешнин, старица Марфа — бывшая царица Мария Нагая, знают, что Дмитрий убит, уверены в преступлении Бориса Годунова, но согласны принять того, кто назвался именем царевича Дмитрия, чтобы он отомстил Годуновым. Петр Басманов, принимая награды от царя Бориса, отдает должное храбрости Вора и даже готов сравнить его со «сражающимся львом». Однако в финальном монологе Борис Годунов обращался к боярам с обличением любой лжи, даже во имя интересов царства:
В этом итог жизни царя Бориса в пьесе А. К. Толстого, а также — другой финал известной исторической драмы Лжедмитрия. Пришло время и для оперы М. П. Мусоргского, снова и снова знакомившей ее слушателей с почти запретным ранее историческим сюжетом. Музыкальные образы мятущегося Бориса Годунова, упоенного своей тайной Самозванца и надменной Марины Мнишек стали господствовать над самой подлинной историей.
Тайна самозваного царя Дмитрия привлекала многих желающих в ней разобраться. Следствием стало появление все новых и новых материалов, без знакомства с которыми уже трудно представить историческое исследование о Лжедмитрии. Интересной находкой, немного приблизившей к разгадке тайны Лжедмитрия, стала запись на книге, обнаруженная профессором Волынской семинарии Амвросием Добротворским. Оказалось, что в 1602 году в Литве действительно путешествовали три монаха — Григорий (будущий московский «царевич»), Варлаам и Мисаил. Они получили в подарок от киевского воеводы князя Константина Острожского книгу святого Василия Великого «О постничестве» и сами сделали запись об этом60. Таким образом, историки получили надежное подтверждение подлинности «Извета Варлаама», из которого известно об обстоятельствах ухода этой троицы в Литву. Были обнаружены знаменитые парные портреты Дмитрия и Марины Мнишек, происходившие из Вишневецкого замка; журнал «Русская старина» в 1876 году впервые опубликовал большим тиражом гравюру с портретом самозванца работы Л. Килиана.