Увидев Лжедмитрия таким, каким его видели польские современники, историки все равно продолжали спорить. Традиционный взгляд на самозванца по-прежнему находил своих сторонников. В частности, П. С. Казанский собрал доказательства о гибели настоящего царевича Дмитрия в специальном очерке, опубликованном в «Русском вестнике» в 1877 году. В новой версии событий Смуты Дмитрия Ивановича Иловайского — автора еще одного общего труда об этой эпохе (1894) — получалось, что Лжедмитрий был авантюристом и игрушкой в руках поляков, использовавших его, чтобы сеять смуту на Руси. По мнению Д. И. Иловайского, с появления самозванца собственно Смута и начиналась (как и изложение событий в его книге об этом времени): «Адский замысел против Московского государства — замысел, плодом которого явилось самозванство — возник и осуществился в среде враждебной нам польской и ополяченной западно-русской аристократии». Такой крайне консервативный взгляд заставлял быть последовательным. Для полноты своей концепции Д. И. Иловайский вынужден был отказаться даже от официальной версии тождества Лжедмитрия и Григория Отрепьева, заменив ее предположением, что Лжедмитрий был «уроженец Западной Руси и притом шляхетского происхождения»61. Привыкнув к стилистике гимназических учебников, одобренных Министерством просвещения, Иловайский доказательствами себя не утруждал… Однако странно было читать такую историю Смуты после появления исследований Н. Левитского и В. С. Иконникова, опровергнувших представление о Лжедмитрии как о проповеднике католичества. Скорее, как не особенно изящно, но определенно выразился Н. Левитский, в самозванце можно было видеть «либерального царя, зараженного иноземщиной». Если замысел пропаганды католичества и существовал, то Лжедмитрии был первым, кто сумел его разрушить62.
Окончательно все легенды и версии о сознательной подготовке самозванца отцами-иезуитами были развенчаны… одним из них, о. Павлом Пирлингом, написавшим фундаментальный труд о взаимоотношениях России и папского престола, основанный на архивах Ватикана. История царевича Лжедмитрия стала одной из любимых тем о. Павла Пирлинга, впервые обратившегося к ней еще в 1870-е годы в книге на французском языке «Рим и Дмитрий»63. Он досконально изучил реакцию Ватикана на появление московского «господарчика» в Речи Посполитой и опубликовал переписку с римским престолом самого «Дмитрия», нунция Клавдия Рангони, сандомирского воеводы Юрия Мнишка и его дочери Марины Мнишек. В отличие от многих русских авторов, слабо или вовсе незнакомых с внутриконфессиональными порядками католической церкви (не говоря уж об ее архивах и написанных на латыни и итальянском языке документах), о. Павлу Пирлингу удалось раскрыть мотивы двойственного поведения Лжедмитрия. Тайное принятие им католичества было вынужденным политическим шагом. И в Ватикане не питали иллюзий в отношении своего подопечного, не выполнившего никаких обещаний после того, как он стал московским царем.
Из всех находок о. Павла Пирлинга, пожалуй, самой важной оказалось собственноручное письмо Лжедмитрия папе Клименту VIII, написанное в апреле 1604 года. Факсимильная публикация текста памятника в 1898 году была всесторонне проанализирована известными лингвистами и историками И. А. Бодуэном де Куртене64, В. А. Бильбасовым65 и С. Л. Пташицким66. Исследователи пришли к однозначному выводу, что автором документа был человек, не совсем уверенно знавший польский язык. Все догадки и предположения в теме о происхождении самозванца должны были уступить место доказательствам, и специалисты приняли версию о том, что Лжедмитрий — выходец из русских земель. Еще один важный документ, впервые опубликованный на русском языке в приложении к труду о. Павла Пирлинга «Россия и папский престол», — подробная депеша об обстоятельствах появления Дмитрия, отосланная нунцием Клавдием Рангони новому папе Павлу V в Рим 2 июля 1605 года67.