Самой важной деталью в свете дальнейшего самозванства с использованием имени царевича Дмитрия становится обращение Нагих с телом царевича. Они сразу же приняли меры к его охране и перенесли тело погибшего в Спасский собор, где оно лежало в ожидании царского указа о погребении. Вокруг Углича были организованы заставы, чтобы не допустить ни побега из города угличан, ни внезапного прихода «скопом» каких-либо людей. Возможно, Нагие еще надеялись, что царевич Дмитрий, как потомок правящих Рюриковичей, будет похоронен в Архангельском соборе, а возможно, ждали приезда из Москвы самого царя Федора Ивановича. Им было важно предъявить тело царевича еще и для подтверждения того, что царевича Дмитрия убили. Однако приехавшие следователи им не поверили. Хотя своей версии об убийстве мальчика Нагие будут держаться всегда, разве что за исключением того выгодного им времени, когда самозваный «царевич Дмитрий» воссядет на московском престоле. В 1606 году, уже после смерти Лжедмитрия I, Нагие примут участие в перенесении мощей царевича Дмитрия из Углича в Москву, и окажется, что царевича похоронили в том же платье, в каком он был в момент гибели, положив в гроб жемчужное «ожерельицо», бывшее у него на шее, и «орешки», которыми он «тешился». В завещании Андрея Нагого 1617 года будет упомянуто об имуществе («животах»), взятом «в опале на государя в Углече, как царевича Дмитрея убили»21.
Большинство свидетелей видели тело царевича уже лежащим в Спасском соборе. Так, например, игумен Алексеевского монастыря Савватий, приехавший в «город» (то есть в Угличский кремль) по призыву Марии Нагой, увидел: «Ажио царевич лежит во Спасе зарезан, и царица сказала: зарезали де царевича Микита Качалов, да Михайлов сын Битяговского Данила, да Осип Волохов»22. Кстати, несчастный мальчик Осип Волохов в тот момент еще был жив и пытался спрятаться «во Спасе за столпом», надеясь на защиту церковных стен, где его не могли убить из опасения осквернения соборного храма. Однако никто не озаботился тем, чтобы сохранить жизнь этому свидетелю. «Прохолкали, что над зайцем» (то есть «проглотили целиком»), — плакалась его мать. Других свидетелей, «шестьдесят семей угличан», разослали в Сибирь, «и поставиша град Палым, и ими насадиша», — сообщает об их судьбе автор «Нового летописца»23. Из сибирского Пелыма они вернутся только в царствование Михаила Федоровича. При этом сами угличане позднее тоже поддерживали версию Нагих об убийстве царевича Дмитрия, обвиняя одного из «добрых» (то есть богатых) угличан Ивана Пашина, что по его «злому совету» с дьяком Михаилом Битяговским царевич Дмитрий был «предан на убийство и на смерть». Это естественным образом оправдывало угличан, свидетельствовало о несправедливости понесенного ими наказания24.
Самым необычным свидетелем событий оказался английский купец и дипломат Джером Горсей, живший тогда на Английском дворе в Ярославле. В своих записках он вспоминал пережитый им страшный случай, связанный с обстоятельствами угличской трагедии. К нему на подворье ночью прискакал дядя царицы Афанасий Нагой, также живший в то время в Ярославле. Пока тот будил обитателей торгового двора Английской компании, англичанин подумал уже о самом худшем. Едва Джером Горсей понял, что в его дом прорывается хорошо известный ему человек, Нагой «огорошил» его известием: «Царевич Дмитрий мертв, сын дьяка, один из его слуг, перерезал ему горло около шести часов: [он] признался на пытке, что его послал Борис». Выяснилось, что Афанасию Нагому срочно потребовалось лечебное снадобье для царицы Марии Нагой. «Царица отравлена и при смерти, — сообщал Нагой, — у нее вылезают волосы, ногти, слезает кожа. Именем Христа заклинаю тебя: помоги мне, дай какое-нибудь средство»25.
Отнестись к этому известию с доверием заставляет тот факт, что указания на время происшествия в показаниях свидетелей в «Угличском следственном деле» и записках Джерома Горсея совпадают. Выясняется также, что первыми, кто стал подозревать в смерти царевича Дмитрия Бориса Годунова, были сами Нагие. Для Афанасия Нагого, лишившегося статуса одного из «временщиков» последних лет царствования Ивана Грозного по воле другого правителя при его сыне царе Федоре Ивановиче, вполне логично было считать Бориса Годунова виновным и в этом преступлении. Может быть, получив первые известия из Углича, он поторопился отомстить Борису Годунову, точно рассчитав, что Джером Горсей запомнит устроенный им ночной переполох26.
Что на самом деле случилось с царицей, неясно, так как других подтверждений ее болезни в следственном деле нет. Хотя это и могло бы объяснить некоторые мотивы ее поступков в день убийства царевича. Мария Нагая могла подумать, что доживает последние часы, и спешила мстить. Точно неизвестно, помогло ли ей английское снадобье, отданное Горсеем. Главное, что и царевич, и его предполагаемые, со слов царицы Марии Нагой, убийцы были уже мертвы.