Появление вооруженной толпы в царских покоях, куда в мирное время не пускали ни одного боярина с оружием, опьянило толпу. Патриарх Иов позднее упрекал свою паству, что она свергла с престола царицу Марию и царевича Федора, предав их «на смерть». Он вспоминал, что вооруженные люди смерчем прошлись по всему Кремлю, не пощадив никаких святынь: «и воображение Ангелово, иже устроено было на гроб Спасов, раздробиша и позорующе носили по царьствующему граду Москве». Так начинал рушиться замысел царя Бориса о Москве как о Новом Израиле. Самого патриарха Иова вывели из алтаря Успенского собора прямо во время литургии, а толпа ходила по храму «со оружием и дреколием». Главу православной церкви, известного своей приверженностью Годуновым, «по площади таская позориша многими позоры»175.
Продолжением дня 1 июня 1605 года стал грабеж других Годуновых и их родственников Сабуровых и Вельяминовых. По известию в разрядной книге, «и как тое грамоту прочли, и тово ж дни в суботу миром всем народом грабили на Москве многие дворы боярские, и дворянские, и дьячьи, а Сабуровых и Вельяминовых всех грабили»176. «Новый летописец» говорит о том же: «Годуновых и Сабуровых, и Вельяминовых переимаху и всех поведоша за приставы. Домы же их все розграбиша миром: не токмо животы пограбили, но и хоромы розломаша и в селех их, и в поместьях, и в вотчинах также пограбиша»177. Снова, как после смерти царя Ивана Грозного, дело не обошлось без Богдана Вельского, прощенного и возвращенного на свою беду царем Федором Борисовичем. Богдан Вельский кричал на Лобном месте: «Яз за царя Иванову милость ублюл царевича Дмитрия, за то и терпел от царя Бориса». Ему хотели верить и верили, увлекаясь поддержкой бывшего фаворита Грозного царя.
Мятеж именем царя Дмитрия удался. Боярской думе оставалось послать повинную в Тулу, что она и сделала, отправив туда 3 июня бояр князя Ивана Михайловича Воротынского и князя Андрея Андреевича Телятевского. Если князю Воротынскому, много лет находившемуся в опале от Бориса Годунова, нечего было опасаться, то князя Телятевского, одного из главных воевод под Кромами, да еще зятя временщика Семена Никитича Годунова, ожидал более чем прохладный прием. Создается впечатление, что Дума испытывала царя Дмитрия и хотела посмотреть, выполнит ли он свои обещания и пощадит ли покаявшихся врагов.
Тогда же по приговору Боярской думы были отправлены бить челом «прирожденному царевичу» Сабуровы и Вельяминовы. Таков был ответ ограбленным родственникам Годуновых на просьбу о защите. На следующий день они принесли повинную в Серпухове, однако по приказу «недруга их» боярина Петра Федоровича Басманова были взяты под стражу, «за приставы». Точно так же едва «не убиша» и князя Андрея Телятевского.
О том, насколько посольство Боярской думы было неприятно царю Дмитрию Ивановичу, говорит известный факт: он предпочел прежде них принять донских казаков, приехавших одновременно с боярами. Последним сразу указали их место за прежние измены, поставив выше казацкую поддержку. Но в целом для боярской депутации все закончилось одним церемониальным ущербом. Царь Дмитрий Иванович и его новые бояре подтвердили, что все их счеты в основном связаны с врагами из стана Годуновых.
В Москве продолжались расправы. При этом не щадили ни живых, ни мертвых. 5 июня толпа совершила еще одно символическое действие, окончательно разрывавшее связи с царем Борисом Годуновым. Как вспоминал архиепископ Арсений Елассонский, оказавшийся свидетелем многих событий в Кремле, тело царя Бориса было низвергнуто из кремлевского Архангельского собора «ради поругания» и отвезено в бедный Варсонофьевский монастырь на Сретенке. Целую неделю продолжался грабеж Сабуровых и Вельяминовых. Только 8 июня в тюрьму посадили из них 37 человек178.
С этого момента в столице уже правили именем царя Дмитрия Ивановича. Новый царь еще не вошел в Москву, а по стране рассылались грамоты о занятии им престола. Одна из таких грамот «от царя и великого князя Дмитрия Ивановича всеа Русии» была отправлена из Москвы 6 июня 1605 года и через 12 дней получена в далеком Сольвычегодске. В ней царь Дмитрий просто объявлял, что «Бог нам великому государю Московское государьство поручил». Вольно или невольно вводя в заблуждение сольвычегодцев, Новгородская четверть, которой подчинялся этот город, указывала на то, что даже патриарх Иов «в своих винах добил челом».