Дальнейшей реформе подверглась Дума, которую стали иногда именовать Сенатом, а московских бояр — сенаторами. В дворцовый протокол была введена должность мечника, которой наградили молодого князя Михаила Васильевича Скопина-Шуйского — в будущем одного из самых положительных героев Смуты, а тогда совсем молодого человека, ездившего за царской матерью в далекий Николо-Выксинский монастырь49. Царь Дмитрий приблизил многих из тех, кто был обижен ранее Борисом Годуновым, и в первую очередь своих «родственников» — Андрея Александровича и Михаила Александровича Нагих, пожалованных боярством. Другие получали думные чины за прямые услуги, оказанные Лжедмитрию во время борьбы с Борисом Годуновым. Так ближайшими советниками царя Дмитрия оказались бояре Петр Федорович Басманов и князь Василий Михайлович Рубец Мосальский, чином сокольничего и думного дворянина наградили Гаврилу Григорьевича Пушкина. В состав Думы при Лжедмитрии впервые вошли князья Иван Васильевич Голицын, Иван Семенович Куракин, Иван Никитич Большой Одоевский, Иван Никитич Романов и Борис Михайлович Лыков. (Тогда же, кстати, впервые с чином стольника стал упоминаться князь Дмитрий Михайлович Пожарский — будущий герой Смуты и освободитель Москвы50.) Все эти люди надолго сохранят господствующее положение в управлении государством благодаря Лжедмитрию I, впервые открывшему для них дорогу в Думу и высшие московские чины. В итоге состав Боярской думы расширился настолько, что ее численность значительно превысила ту, что была во времена царя Бориса Годунова51.
О повседневных делах управления и вообще о том, что происходило в столице Московского государства в дни правления царя Дмитрия Ивановича, известно очень мало. Почти все делопроизводство времен «Росстриги» оказалось утраченным, даже то, что сохранялось, потом активно поправлялось и уничтожалось. Имя царя Дмитрия вычищалось, а на его место вписывалось имя следующего самодержца. Показательна в этом смысле история с грамотами, выдававшимися монастырям на их владения и привилегии. Для того чтобы получить свои «торханные грамоты», освобождавшие от податей, монастырские власти слали в Москву царю Дмитрию, его матери царице Марии Нагой, боярам и другим приказным людям деньги, соболей и образа в золоченых окладах. По подсчетам В. И. Ульяновского, царь Дмитрий Иванович за неполный год своего правления успел выдать таких грамот более сотни, что оказалось в два раза больше, чем в начале правления Бориса Годунова52. Получали грамоты, начиная с августа — сентября 1605 года, патриарх Игнатий, правящие архиереи, крупнейшие монастыри — Троице-Сергиев, Симонов, Новодевичий, Соловецкий, Антониево-Сийский, Кирилло-Белозерский, Спасский-Ярославский. Но потом грамоты были уничтожены или спрятаны. Документы на земли от имени самозваного царя Дмитрия сохранялись в архиерейских и монастырских ризницах в глубокой тайне и не были извлечены оттуда даже при создании Коллегии экономии во времена Екатерины II.
Церковные власти постарались «забыть» о вкладах «Росстриги» в монастыри, хотя выясняется, что он их делал в память о царе Иване Грозном и, наверное, своем «брате» царе Федоре Ивановиче. Косвенным образом о внимании царя Дмитрия к источникам пополнения монастырской казны свидетельствуют распоряжения об изъятии крупных вкладов Бориса Годунова. Самым показательным примером является конфискация во дворец денег, пожалованных царем Борисом в память о своей сестре царице Ирине, осуществленная по указу царя Дмитрия боярином и дворецким князем Василием Михайловичем Рубцом Мосальским 14 октября 1605 года. «А приежжал по деньги з Дворца ключник Богдан Хомутов, — говорилось в помете в монастырских вкладных книгах, — а отвешивал на Дворце те деньги подьячей Богдан Тимофеев с ыными монастырскими деньгами вместе в четырех тысечах рублех»53. Следовательно, целью царя Дмитрия не было разорение Новодевичьей обители, обласканной вниманием Бориса Годунова. С его точки зрения, всего лишь восстанавливалась справедливость, и у повергнутого Бориса отнималась надежда даже на посмертное спасение.
Собирание средств в дворцовую казну, конечно, было непосредственно связано и с земными мотивами. Выполняя условия своего договора с воеводой Юрием Мнишком, царь Дмитрий Иванович отсылал в Речь Посполитую значительные денежные суммы, «подъемные» для того, чтобы его невеста как можно скорее прибыла в Москву. Деньги требовались и для отсылки свадебных подарков Марине и ее родственникам, а также для поздравления короля Сигизмунда III.