Позиция Сталина. И. В. Сталин оценивал деятельность руководителей организаций и ведомств по результатам выполнения взятых ими или порученных им заданий.
"Сталин обычно не руководствовался личными симпатиями и антипатиями, а исходил из интересов дела" (И. А. Бенедиктов).
"Заслужить доверие Сталина можно было исключительно реальными результатами при выполнении крупных, ответственных, истинно государственных задач, и ничем кроме" (Н. К. Байбаков).
В 1920-30-х гг. ключевыми задачами научно-практической работы в сельском хозяйстве СССР являлись: внедрение новых, более высокоурожайных сортов зерновых и технических культур; интродукция лучших образцов отселектированных культурных растений из государств с высокоразвитым сельским хозяйством; разработка агротехнических приёмов повышения урожайности. Всё это было особенно важно для страны, пережившей несколько катастрофических голодных лет. Однако коллектив ведущего научно-практического сельскохозяйственного учреждения СССР, Всесоюзного института растениеводства, возглавлявшегося Н. Вавиловым, основную часть усилий тратил на другие задачи: сбор общемировой коллекции семян с/х растений, изучение их морфологических признаков, решение проблем географической ботаники. И специалисты-растениеводы, и руководители наркомата земледелия неоднократно отмечали отрыв тематики работ ВИРа от решения требовавшихся сельскому хозяйству страны задач. Нарком земледелия (с 1938 г.) И. А. Бенедиктов оценивал деятельность вавиловского института следующим образом: "Работы Вавилова и его последователей каких-либо практических результатов не обещали даже в обозримом будущем, не говоря уже о тогдашнем настоящем". По словам самого Вавилова, Сталин, на одной из встреч с ним, сказал: "Ну что, гражданин Вавилов, будете заниматься цветочками-коло-сочками ― а кто будет поднимать урожай?" Деятельность Вавилова по развитию мировой науки, согласовывавшаяся с глобальными планами "ленинской гвардии" 1920-х гг., плохо вписывалась в политику сталинского руководства, избравшего в 1930-х гг. курс на решение не мировых, а срочных местных проблем. Впрочем, научный авторитет Вавилова тоже был для Сталина сомнительным. В то время как Вавилову расточала комплименты зарубежная печать, а иностранные научные общества, одно за другим, выбирали его своим почётным членом, в сводках НКВД Сталину направлялась следующая информация:
"Широкая известность Вавилова как учёного в значительной мере создана англо-американскими кругами… Его научное "имя" весьма сомнительной ценности… Вавилов характеризуется как авантюрист, ставящий свои личные интересы выше государственных, создающий себе славу за счёт трудов других… Основным двигающим мотивом деятельности и поступков Вавилова лежат не интересы дела, ведение которого ему доверено, а сознательный авантюризм, авантюризм как принцип работы".
Сталин и в политическом отношении не доверял Вавилову ― сделавшему стремительную карьеру в начале 1920-х гг., когда троцкисты массово внедряли своих людей во все сферы общественной жизни ― от культуры и науки до армии. Тем более, что в сводках НКВД для Сталина о Вавилове сообщалось следующее:
"Группировкой (Вавилова) совершенно усвоена марксистская фразеология,… слабые и сильные стороны советского аппарата и партийного руководства, способ и методы определения политических убеждений и настроений отдельных лиц. В узком кругу… обычными являются беседы… о "кучке негодяев", об "изменении политического курса"… По адресу т. Сталина Вавилов иначе как в контрреволюционном клеветническом тоне не говорит…"
Начиная с 1933 года Сталин и Молотов неоднократно демонстрировали отчуждённо-холодное отношение к Вавилову. Зарубежные экспедиции ВИРа прекратились. Ходатайства Вавилова об откомандировании его на очередные международные конгрессы оставались без ответа. Во второй половине 1934 г. было отменено санкционированное ранее Яковлевым празднование 10-летия ВИРа (ИПБиНК) и 25-летия научной деятельности Вавилова. В феврале 1935 г. Вавилов не был переизбран членом ЦИК. В июне 1935 г. он был снят с поста президента ВАСХНИЛ и переведён в вице-президенты. В декабре 1935 г. на встрече В. Молотова с учёными, когда Вавилов докладывал о планах работ биологического отделения Академии наук, среди которых была и такая экзотическая тема, как "Исследование одомашнивания лисицы", председатель правительства прервал его возгласом: "Что за фантазия одомашнивать лису? И когда Вы, академик Вавилов, перестанете заниматься пустяками??" Осенью 1936 г. согласие правительства на проведение в Москве очередного международного генетического конгресса, о котором хлопотал Вавилов, было фактически отозвано. В 1937-39 гг. на страницах центральной печати неоднократно появлялись критические статьи о деятельности Вавилова и ВИРа (см. далее).