Когда команда собралась, Голиков разъяснил необоснованность её претензий и приказал тем, кто готов обедать, выйти из фронта. Практически вся команда вышла из фронта. Первым вышел пользовавшийся большим авторитетом кондуктор Вакуленчук. Отказников оказалось, по воспоминаниям очевидцев, человек тридцать — Матюшенко и его подручные. Вызвав караул, Голиков приказал арестовать их и отправить в карцер для последующего разбирательства Историк Ю. Кардашёв так описывает этот момент: «…Старший офицер И. Гиляровский решил, что если из строя выйдут все, то виновных не останется. „Караул, окружите их! Переписать их имена! — продолжал командовать он. — Остальным обедать!“»
Как только этот приказ прозвучал (потом историки выдумают, будто Голиков приказал расстреливать матросов), эти отказники по приказу Матюшенко внезапно бросились в батарейную палубу, стали там ломать оружейные пирамиды, разбирать винтовки и требовать патронов. За ними в батарейную палубу устремилась часть команды из строя.
Только тогда Голиков приказал караулу зарядить ружья, а находящимся на шканцах офицерам пересчитать всю оставшуюся в строю команду. В это время из батарейной палубы выбежал Матюшенко с криком: «Что вы, братцы, неужели в своих стрелять будете?» Разбив о палубу винтовку и бросив её в сторону командира, он, крикнув: «Смотри, Голиков, будешь завтра висеть на ноке», — снова скрылся в батарейную палубу. Голиков приказал старшему офицеру вместе с караулом спуститься и поймать Матюшенко.
Когда сторонники Матюшенко кинулись за оружием, капитан 1-го ранга Голиков крикнул в сторону батарейной палубы: «Кто не хочет участвовать с бунтовщиками, переходи ко мне!» Одновременно он распорядился дать сигнал общего сбора, а фельдфебелям вывести команду на ют.
Часть караула ещё оставалась верными командиру. Что касается Гиляровского, то он уже отвёл за башню Вакуленчука для разговора о прекращении беспорядков. На призыв командира корабля откликнулась большая часть матросов, которые двинулась в сторону командира.
«Это был решительный и страшный момент, — признаётся в своих мемуарах Матюшенко. Дело шло о жизни и смерти либо командующих офицеров, либо команды (?). Если бы офицеры остались в живых, они могли бы повернуть всё дело в свою пользу, восстание за народную свободу было бы проиграно и команда попала бы под расстрел». Под словом «команда» вдохновитель мятежа в данном случае подразумевает себя и своих сторонников.
И вот именно тогда прозвучали несколько выстрелов в эту толпу. Несколько человек, были убиты и ранены. Позднее эти выстрелы пытались свалить на офицеров корабля. Однако фамилии конкретно стрелявших офицеров почему-то никогда никем не называются. Но зачем же было Голикову и офицерам стрелять в матросов, которые откликнулись на призыв командира? По всей видимости, несколько провокационных выстрелов в толпу произвели сторонники Матюшенко, захватившие к этому времени винтовки у матросов караула. Выстрелы и падающие товарищи произвели на команду жуткое впечатление, и вся матросская масса сразу же бросилась врассыпную в нижние помещения.
Вскоре наверху остались в основном подручные Матюшенко и офицеры, после чего и началась расправа над последними. В это время со спардека также раздались ружейные выстрелы. Это подручные Матюшенко прицельными выстрелами убили лейтенанта Неупокоева и часового у кормового флага. Мятеж начался! Находившиеся на шканцах матросы в панике бросились к люку адмиральского помещения, куда спустился командир Голиков. Другие стали бросаться за борт, пытаясь вплавь добраться до стоявшего за кормой миноносца. По ним сразу же стали стрелять «матюшенковцы», убив лейтенанта Григорьева, прапорщика Ливенцова и несколько матросов. Потом мятежники обвинят в их гибели офицеров. Есть сведения, что по людям в воде в азарте стреляли даже из 47-мм пушки.
Далее описание событий разнится. По одной из версий, в это время капитан 2-го ранга Гиляровский, спасаясь от пуль, с тремя оставшимися рядом с ним матросами караула попытался уйти под прикрытие башни. Но из батарейной палубы якобы выскочил матрос Вакуленчук с винтовкой в руках. Заметив целившегося в него Вакуленчука, Гиляровский выхватил из рук караульного винтовку и выстрелил в матроса. Раненый Вакуленчук отбежал к борту и, потеряв равновесие, упал в воду. В это время со спардека раздался новый залп, которым был убит Гиляровский.