Позднее мы ещё поговорим о весьма странных обстоятельствах почти одновременной гибели Гиляровского и Вакуленчука.
Тем временем заговорщики, вооружённые винтовками, стали собираться на шканцах, ободряя команду и уговаривая её продолжать бунт. После этого началась кровавая расправа над офицерами, о которой мы ниже поговорим отдельно. Когда часть офицеров была зверски убита, а остальные раненые и избитые заперты в одной из кают, Матюшенко стал полновластным хозяином корабля.
Так как командовать броненосцем он не мог, Матюшенко назначил прапорщика Алексеева командиром броненосца, кондуктора Мурзака — старшим офицером, кондуктора Шопоренко — артиллерийским офицером, квартирмейстеров Волгина и Коровенского — вахтенными начальниками. Общее «политическое» руководство взялся осуществлять, разумеется, сам Матюшенко.
Всё происшедшее на «Потёмкине», разумеется, заметил вахтенный стоявшего у «Потёмкина» за кормой миноносца № 267 (миноносец помимо номера имел ещё и собственное название «Измаил»). Вахтенный немедленно доложил командиру Клодту, что на броненосце происходит бунт. Выскочив наверх и убедившись в правильности доклада, лейтенант Клодт решил сняться с якоря и уйти от броненосца. Но выбрать якорь не удалось: по миноносцу стали стрелять с броненосца из винтовок, а потом из 47- и 75-мм орудий. Лейтенант Клодт, не желая подвергать миноносец обстрелу, отправился на броненосец. Здесь он увидел новоиспечённого командира Алексеева и толпу матросов, которые предложили ему исполнять обязанности старшего офицера. Клодт решительно отказался. Тогда с него сорвали погоны, избили и связали. В версии советских историков эти события были представлены по-иному: дескать, команда миноносца, увидев происходящее на броненосце, сама примкнула к бунтовщикам. На самом деле миноносец был попросту захвачен под прицелом направленных на него орудий броненосца.
Историк потёмкинских событий Б.И. Гаврилов в своей книге «В борьбе за свободу» пишет:
«Из группы обречённых раздались голоса: „Ваше высокоблагородие, не стреляйте, мы не бунтовщики!“ Все напряжённо ждали, что будет дальше. Зловещую тишину разорвал призыв А.Н. Матюшенко: „Братцы, что они делают с нашими товарищами? Забирай винтовки и патроны! Бей их, хамов!“
Революционные моряки с криками „ура!“ бросились на батарейную палубу и расхватали винтовки. Но патронов не было. Несколько обойм, спрятанных заранее за иконой Николая Угодника, разобрали моментально. Тогда машинный ученик П.И. Глаголев взломал замок оружейного погреба, а подручный хозяина трюмных отсеков Я. Медведев вынес оттуда патроны. В ответ на растерянный вопрос лейтенанта В.К. Тона: „Чего же вы хотите?“ — десятки гневных голосов грянули: „Свободы!“
На ходу заряжая винтовки, вооружённые матросы разъярённым потоком разлились по верхней палубе. В числе первых были машинисты А.С. Зиновьев и Ф.Я. Кашугин, минные машинисты Т.Г. Мартьянов, Н. Хохряков и И.П. Шестидесятый, кочегары В.А. Зиновьев и В.Б. Пригорницкий, плотник И.П. Кобцы, ложник К.Н. Савотченко, матросы С.Я. Гузь, А.Н. Заулошнов, А.П. Сыров, Н.С. Фурсаев, комендоры И.П. Задорожный и Ф.И. Пятаков.
Пытаясь остановить их, старший офицер И.И. Гиляровский кинулся к левому проходу с батарейной палубы. А.Н. Матюшенко ударил его прикладом по ноге. Испуганный Гиляровский метнулся к Е.Н. Голикову: „Что же это делается, Евгений Николаевич?! Что же это делается?!“
А.Н. Матюшенко метнул в командира штык, но не попал. Е.Н. Голиков приказал строевому квартирмейстеру А.Я. Денчику взять часть караула и собрать всех матросов, на которых можно положиться. Денчик отобрал восемь караульных, но не успели они двинуться с места, как раздались выстрелы.
Первый выстрел — в воздух — сделал трюмный В.З. Никишкин, а третьим был убит лейтенант Л.К. Неупокоев.
Матросы кричали караулу: „Братцы, не стреляйте, ведь все мы братья!“ Караул разбежался, но старший офицер И.И. Гиляровский успел взять у одного из караульных винтовку и укрыться за башней.
Услышав шум и крики, наверх выбежали обедавшие в кают-компании офицеры. Матросы Н.П. Рыжий и Е.Р. Бредихин перерезали провода в радиорубке, чтобы не дать им возможности сообщить о „бунте“ в Севастополь. Восставшие заняли важнейшие посты на корабле в соответствии с заранее намеченным планом.
В то время как революционные моряки бросились за оружием, часть команды, более 200 человек, преимущественно новобранцы, в растерянности металась по палубе. Их пытался хоть как-то организовать член одной из революционных групп Я.Л. Горбунов. Командир Е.Н. Голиков, ещё на что-то надеясь, приказал офицерам Д.П. Алексееву, Н.Я. Ливинцеву, А.Н. Макарову и Н.С. Ястребцову переписать фамилии не желающих бунтовать новобранцев, которых пытался поднять Горбунов. На миноноску он распорядился передать приказ подойти к „Потёмкину“. Но едва фельдфебель В.И. Михайленко начал передавать это распоряжение, послышался крик: „Кто семафорит, тот будет, как гадина, выброшен за борт!“ Е.Н. Голиков рассчитывал бежать на миноноске вместе с офицерами. Но было поздно. Офицеры стали бросаться за борт. За ними последовала часть несознательных матросов.