В 1903 году Голиков получил назначение на достраивающийся эскадренный броненосец «Князь Потёмкин-Таврический». С началом Русско-японской войны вице-адмирал Макаров запросил морское министерство прислать Голикова к нему в Порт-Артур (кроме Голикова, он просил прислать к нему капитана 1-го ранга Миклуху и нескольких других офицеров, которых лично знал по боевым делам в турецкую войну). Однако капитан 1-го ранга Голиков был оставлен на Чёрном море. Дело в том, что никто тогда ещё не знал, как пойдёт война, и в министерстве имелся план посылки на Дальний Восток отряда Черноморских кораблей, в том числе и «Потёмкина». Когда же этот поход был отменён, Голикову был поручен скорейший ввод сильнейшего броненосца Черноморского флота в боевой состав, чем, собственно, летом 1905 года он и занимался.
В воспоминаниях матюшенковца Н. Рыжего командир броненосца Голиков предстаёт таким: «…Выше среднего роста, борода с проседью в форме лопатки, тупое выражение лица, манеры аристократа». Насчёт манер аристократа спорить сложно, но вот насчёт «тупого выражения лица» имеются сомнения. На дошедшем до нас портрете Е. Голикова у него, наоборот, на редкость весьма интеллигентное и приятное лицо. Впрочем, для матроса Н. Рыжего идеалом интеллектуала, видимо, был приблатнённый корабельный «пахан» Матюшенко.
И. Пономарёв в книге «Герои „Потёмкина“» пишет: «Голиков… озверел. Он перестал уезжать на ночь домой, оставался на броненосце и каждую ночь обходил кубрики. Голиков наполовину сократил команде время на обед и стирку белья. Матросы вынуждены были стирать по ночам. С утра до вечера матросов гоняли то на ученья, то на работы. По приказанию Голикова ввели ежедневное мытьё палуб с протиркой песком. Матросов избивали за самые малейшие проступки. Ухудшилось их питание».
О питании мы уже говорили, командир, который в день мятежа договаривается с местными рыбаками о поставке на корабль большого количества свежей рыбы для улучшения матросского стола, — это, скажу я вам (как человек, прослуживший в российском ВМФ более 30 лет), очень и очень заботливый командир. А в чём же остальные зверства Голикова? В том, что мало сходил с корабля и все силы отдавал приведению корабля в нормальное боевое состояние? Командир обходил по ночам кубрики! Так это, кстати, вообще вменялось в обязанность офицерам на советском флоте! Голиков делал это по собственной инициативе, что тоже говорит о нём только как о трудолюбивом и ответственном командире. То, что с утра до вечера на корабле игрались учения и проводились работы, так для этого, собственно, матросы и служат, а не для того, чтобы валяться пузом кверху на палубе. О ежедневном мытье палубы я уже молчу! Корабль на то и корабль, чтобы на нём ежедневно проводилась приборка, причём несколько раз! Так происходит на всех кораблях нашего ВМФ и сегодня! Насчёт избиений позволю себе вообще не согласиться с Пономарёвым, так как даже при всей своей предвзятости ни один из реальных потёмкинцев в своих мемуарах не привёл ни одного акта избиения матроса офицерами броненосца. Увы, книга И. Пономарёва «Герои „Потёмкина“» одно из многих историко-фантастических произведений на «потёмкинскую» тему.
Отметим, что помимо командования кораблём Голиков серьёзно занимался расчётами организации централизованной стрельбы отрядом кораблей в морском бою. Именно из-за отсутствия такой централизации в ведении огня в определённой мере было проиграно Цусимское сражение. После смерти Голикова его работу продолжит контр-адмирал Цывинский. Результаты этой деятельности будут потрясающими, и к началу Первой мировой войны российский флот стрелял точнее всех в мире. К 1905 году по возрасту, прохождению службы и заслугам капитан 1-го ранга Голиков был уже вполне достоин контр-адмиральских эполет. Скорее всего всё так бы и произошло, если бы не трагические события июля 1905 года. А потому я никогда не поверю, чтобы капитан 1-го ранга Голиков просил пощады у своих убийц. Я твёрдо уверен, что смерть он принял, гордо глядя в лицо палачам.
Над командиром броненосца, как мы уже знаем, была устроена самая настоящая показательная казнь. Мало кому известно, но у Матюшенко с Голиковым, как оказалось, были свои старые счёты. Дело в том, что в 1903 году Матюшенко служил под началом Голикова на транспорте «Березань». Тогда Матюшенко тоже пытался спровоцировать команду на бунт из-за якобы плохого обеда. Но командир судна в тот раз успокоил матросов, и авторитет Матюшенко был серьёзно подорван. Теперь для него настала минута мести.