Существует мнение, что идею «внутренней церкви» Фонвизин заимствовал от масонов. Так оно, возможно, и было. Но тут необходимо отметить одно важное обстоятельство: воззрения масонов на сущность внутренней церкви не заключали в себе ничего противоцерковного. Напротив, они признавали «внешнюю», официальную церковь своеобразной школой, научающей «правильнейшему и действительнейшему устроению духовных упражнений внутреннего богослужения». Один из виднейших адептов русского масонства, И. В. Лопухин, развивая эту мысль, подчеркивал: «Отправления внешней религии, будучи средством ко внутреннему истинному христианству, могут быть приготовлением и к истинному свободному каменщичеству, так как оное есть лествица к высочайшей мудрости сокровенной» (47, л. 12).
Фонвизин трактовал учение о внутренней церкви в смысле отрицания официальной церковности вообще. Он принадлежал к тем декабристам, которые ясно видели в этом учении, по свидетельству масона графа Виельгорского, «узду деспотическому правлению» (см. 51, 339). Если масоны призывали к уединенным молитвам и непрестанной борьбе со своими страстями, то Фонвизин, связав учение о внутренней церкви с отрицанием так называемой территориальной системы реформации (географического разделения христианских церквей), упрочивавшей главенствующую роль светского государя в церковной администрации, придал ему революционную, антимонархическую направленность.
Блестящим образцом разящей философско-религиозной критики деспотизма является статья Фонвизина «О повиновении вышней власти, и какой власти должно повиноваться» (1823). В ней он резко разоблачает попытки самодержавных правительств оправдать свое существование авторитетом священного писания, в частности ссылкой на положение апостола Павла: «Всякая душа да будет покорна высшим властям, ибо нет власти не от бога; существующие же власти от бога установлены» (Рим., 13, 1). «Вот, — восклицает Фонвизин, — меч обоюдоострый, который попеременно обращаем был то гражданским, то духовным деспотизмом в невежественных веках к обаянию суеверных народов, не знающих, какой власти им должно повиноваться, пока не будет о том возглашено на кафедре. Ныне лезвее сего меча хотя притупилось в просвещенных европейских государствах, но привычка к изречению, освященному религиозными понятиями, не имеющими никакой ясности, продолжает, ко вреду прочного утверждения благосостояния народов, смешивать сии начала с ложными, подкрепляя произвольно всякие притязания текстом св. писания: повинуйтесь властям» (31, 484).
Фонвизин ставил вопрос: каким властям необходимо повиноваться, законным или вообще всем существующим? Если допустить, что признавать должно любую существующую власть, то, считал он, «выйдет хаос безначалия и совершенное истребление всякой власти», ибо честолюбивые искатели престолов получат в этом случае право «похищенное силою оружия утвердить за собою силою предрассудка». Поэтому он объявлял такое толкование евангельского принципа «удаленным от истины» и доказывал, что его могут проповедовать «одни хищники, а с ними суеверы и фанатики». По мнению Фонвизина, апостол Павел предписывал повиновение только законной власти и по этой причине «всякая самостоятельная нация имеет неоспоримое право избирать приличную форму правления, переменять законы и составлять новые» (там же, 490). Что касается самовластных, деспотических правительств, то о них Фонвизин предпочитает не говорить, а предоставить их «вразумлению опытов, побеждающих силу оружия и силу предрассудков» (10, 382).
Таким образом, Фонвизин интерпретировал евангельский текст в смысле законности, необходимости революций («вразумляющих опытов» Западной Европы, на которые он и ссылался в статье) для уничтожения мрачных вертепов суеверия и тиранства и утверждения народных, республиканских правлений.
Эти рассуждения Фонвизина любопытны и в другом отношении — близостью к высказываниям Дениса Ивановича Фонвизина, содержащимся в трактате «Рассуждение о истребившейся в России совсем всякой формы государственного правления». Требуя введения в России законно-свободных учреждений, которые, ограничив произвол верховной власти, укрепляли бы государство, Д. И. Фонвизин провозглашал, что подданные имеют право низвергнуть существующую власть, если она не заботится о народном благоденствии. «...Всякая власть, — писал он, — не ознаменованная божественными качествами правоты и кротости, но производящая обиды, насильства, тиранства, есть власть не от бога, но от людей, коих несчастия времен попустили, уступая силе, унизить человеческое свое достоинство. В таком гибельном положении нация, буде находит средства разорвать свои оковы тем же правом, каким на нее наложены, весьма умно делает, если разрывает. Тут дело ясное. Или она теперь вправе возвратить свою свободу, или никто не был вправе отнимать у ней свободы». Этот радикальный вывод Д. И. Фонвизин обосновывал еще тем, что деспотизм восторжествовал в недавние времена и что первоначально власть была в руках самой нации. Следовательно, заключал он, нация «без государя существовать может» (65, 180—181).