Сильное влияние на формирование философских взглядов Налбандяна оказали Степанос Назарянц и Хачатур Абовян — зачинатели деистических традиций в армянской философии Нового времени. В условиях армянской действительности деизм играл прогрессивную роль, ибо в культурной жизни Армении этого периода господствовало правоверное христианство, оправдывающее волей бога крепостничество и даже захват части Армении Турцией. Школа и почти вся пресса находились в руках церкви, общественная мысль была пропитана духом поповщины и мистицизма. Для развития пауки не было ни кадров, ни соответствующих учреждений. Она была запретным плодом и подвергалась гонениям. По отношению к науке в Армении середины XIX в. в полном смысле слова господствовал дух средневековья. В таких условиях деизм был, пожалуй, наиболее приемлемой формой защиты науки и просвещения. Как известно, деизм, рассматривавший бога в качестве безличного творца мира, сообщившего миру законы и далее не вмешивающегося в их действие, часто был формой выражения материализма, представлял собой, по выражению К. Маркса, «не более, как удобный и легкий способ отделаться от религии» (1, 2, 144).
Деизм Налбандян противопоставляет средневековому мистическому миросозерцанию. Он отвергает бога как надприродную силу: согласно его представлениям, бог есть первопричина мира, но, как только природа сотворена богом, она развивается по своим собственным законам. Согласно деистическим воззрениям Налбандяна, духа нет вне природы, вне материи. Развитие природы есть единый процесс, включающий в себя их взаимодействие. Налбандян рассматривает дух как форму в аристотелевском смысле, но в отличие от Аристотеля он не признает чистой формы. Форма активна, но активна в материи. Движение и развитие в природе — естественный, причинно обусловленный процесс. В природе есть целесообразность, но нет цели. Целесообразность Налбандян рассматривает как результат взаимодействий в природе, а не как проявление изначальной цели.
Телеологизму он противопоставляет естественную причинность. Уже в первых своих работах Налбандян защищает учения Коперника, Бруно, Галилея, теорию естественного происхождения организмов и их эволюции, отвергает бессмертие души и другие подобные мистические представления. Однако он не порывает с религией, а придает ей (в духе деизма) рационалистический характер. Религия для Налбандяна есть признание творческого, духовного начала в природе, но не бога как особой личности. Признание такого бога, считает он, является искажением религии. С позиций деизма Налбандян подвергает резкой критике иудаизм, магометанство и католицизм.
Деистический взгляд на природу можно обнаружить и в стихотворениях Налбандяна 1854–1855 годов. В этом отношении характерно стихотворение «Жизнь», в котором утверждается идея, что лишь земная, посюсторонняя жизнь есть высшее благо. Здесь обнаруживается также знакомство Налбандяна с некоторыми идеями французских материалистов. Отголоски их учения мы находим в его мысли о том, что люди в своих поступках руководствуются не религиозными заповедями, а практическими реальными интересами, в утверждении, что главное отличие человека от животных — наличие руки как органа материальной деятельности. В стихотворении «Надежда» Налбандян остро высмеивает религиозно-мистическое понимание надежды. Все, чего достигает человек, зависит от него самого. «Человек, познай мир, и тогда напрасны твои сетования», — призывает он в стихотворении с характерным названием «Истина» (3, 1, 66). Вся поэзия Налбандяна 50-х годов, его крупнейшая работа «Речь об армянской словесности», статьи, исторические очерки проникнуты деистическим рационализмом, идеями свободы человеческого разума и совести, равенства людей и права народов на самобытное развитие.
Для понимания философских раздумий Налбандяна 50-х годов большой интерес представляют его популярные статьи по вопросам естествознания, опубликованные в 1858 г. в журнале «Юсисапайл». Они показывают, что плодотворную роль в процессе формирования философских взглядов армянского мыслителя сыграли его занятия на медицинском факультете Московского университета. Это подтверждается тем, что в его произведениях мы находим много ссылок на передовых ученых: П. Лапласа, Ж. Сент-Илера, Ж. Бюффона и др. Уже в 1854 г. он ссылается на М. Шлейдена — одного из основателей клеточной теории.