Работы Налбандяна показывают, что он еще в 50-х годах воспринял основные идеи Рулье. Так, в одной из глав его знаменитого «Дневника», опубликованной в журнале «Юсисапайл» в 1858 г., подробно анализируются данные биологии о единстве организма и среды, об эволюции организмов, высказываются смелые мысли о психическом как продукте развития органической материи, рассматривается идея естественной эволюции «применительно к физическому и моральному мирам». «…Можно ли допустить, — пишет Налбандян, — что растение… сохранит неизменным свое основное свойство, в то время как меняются причины, влияющие и воздействующие на него, может ли это быть, когда существование, рост и формирование этого растения зависят от почвы, климата и воды?» (5, 275). Согласно Налбандяну, условия внешней среды (почва, вода, климат) — материальные причины изменения организмов. Следовательно, разнообразие организмов — не раз навсегда данное, созданное богом, а результат исторического развития.
Опираясь на идеи эволюционного учения, Налбандян выступает против теории врожденных идей, отвергает учение о прирожденности моральных понятий. «Ребенок, чей характер еще не сформировался, — пишет он, — подобен зеркалу: в нем отражается то, что показываешь ему; в руках окружающего его внешнего мира и общества он словно глина в руках гончара: можешь придать ей любую форму» (там же, 277). Эти положения в Новое время развивали английский материалист Дж. Локк и французские материалисты, подвергшие резкой критике теорию врожденных идей Декарта и Лейбница. Налбандян следует традиции материалистической философии и выступает против реакционных выводов теории врожденных идей. Он исходит из того, что люди имеют лишь различные природные задатки и способности, которые развиваются в зависимости от условий их жизни. «…Эти способности находятся в состоянии некоторого безразличия; эти способности… подобны вспаханной земле; на ней вырастет то, что посеешь», — заключает он в духе просветительства (там же).
Налбандян в 50-х годах принадлежал к тем сторонникам деизма, которые свои представления о мире основывали на новейших данных естествознания, отстаивали независимость науки, человеческого разума и морали от религии. Деизм давал ему возможность высказывать материалистические идеи. Так, основываясь на новых данных науки, он писал: «Исследуя человека физически и психически, мы видим, что в его организации имеется центр, где сосредоточены наивысшие свойства материального, имеющие разные выражения в животном и растительном царствах. Мы видим тут духовные силы и способности, которые у других живых существ заменяются инстинктом, врожденным реагированием. Эти признаки убеждают нас, что человек может быть свободным от бога и религии» (3, 2, 213). Налбандян высказывает положение о том, что носителем мысли является головной мозг, точнее кора больших полушарий головного мозга. Видя субстрат психических процессов в нервной системе, Налбандян высказывает мысль о том, что не только физиологическое расстройство ведет к психическим расстройствам, но психические, моральные потрясения могут вызвать расстройство нервной системы. Утверждение Налбандяна, что духовное есть свойство материального, в корне противоположно всякому идеализму. Если признается, что лишь высокая организация физического, образование нервных центров приводит к возникновению сознания, то по существу отпадает необходимость в том, чтобы прибегать к понятию бога, отрицается его роль как творца мира. Но Налбандян еще не делает таких выводов.
Защищаемый Налбандяном деизм более радикален, чем деизм армянских просветителей X. Абовяна и С. Назарянца. Его деизм сходен с деизмом Ж. Ж. Руссо, т. е. это деизм, в котором, по выражению Г. В. Плеханова, «власть бога со всех сторон ограничивается естественными законами природы» (18, 290). Нельзя согласиться с теми исследователями, которые утверждают, что мировоззрение Налбандяна в указанный период носит безусловно религиозно-идеалистический характер (см., например, 11). В 50-е годы Налбандян действительно не отрицал бога, но его роль он трактовал в духе Локка, Ньютона, Ломоносова; опираясь на данные передовой науки, армянский мыслитель по сути дела защищал материализм, а не идеализм, отстаивал идею саморазвития материального мира и независимости общественной жизни от божественного вмешательства.
В формировании философских взглядов Налбандяна огромную роль сыграла передовая армянская культура. Он всегда высоко ценил реалистическую направленность мысли корифеев древнеармянской культуры — М. Хоренаци, К. Парпеци, Егише, М. Гоша, Н. Шнорали и др. Большое влияние на Налбандяна оказали труды первых армянских просветителей — М. Тагиадяна, X. Абовяна, С. Назарянца. Многие произведения Абовяна остались неизвестными Налбандяну. Но он хорошо знал его роман «Раны Армении». Его глубоко заинтересовали высказанные в нем мысли о природе, религии, о возникновении и развитии сознания, о роли языка, науки, литературы и искусства в жизни общества. Материалистические тенденции в творчестве Абовяна, безусловно, сказались на идейной эволюции Налбандяна. Нельзя отрицать вместе с тем и положительное влияние на него С. Назарянца, обладавшего большой философской культурой. Назарянцу Налбандян обязан своим знакомством с основными философскими идеями Нового времени, в особенности с немецкой классической философией.