Враг застоя, революционер, требующий изменения жизни на демократических основах, Налбандян естественно и закономерно тянулся к диалектике. Интерес к диалектике чувствуется уже в самых ранних его произведениях, написанных еще с идеалистических позиций, таких как, например, «Речь об армянской словесности». Характерно также его письмо к А. Гёкчяну, написанное 12 мая 1855 г. В этом письме он говорит об изменчивости вещей, о текучести их форм, о связи общего и отдельного как всеобщем законе действительности. Без изменения положения вещей, говорит он, природа лишилась бы живительной силы (см. там же, 619). Это первое высказывание Налбандяна в духе диалектики.
В статье «Замечания» (1858) Налбандян пишет, что жизнь природы и общества есть непрерывное движение (см. там же, 151). Это уже общее положение, а не просто отдельное высказывание. Оно составляет суть системы взглядов Налбандяна. Он исходит из того, что принципом природы является движение. Если природа находится в движении, то в ней не может быть ни окостенелых форм, ни раз навсегда данного содержания. Явления, предметы, изменяясь, переходят друг в друга. Следовательно, природа есть нечто целое, где существует связь между отдельными вещами, где частное, отдельное и общее взаимосвязаны, составляют одну общую цепь. «…В природе, — отмечает Налбандян, — все подвержено изменению, разлагаются организмы, уничтожаются составляющие их элементы… которые не исчезают, а, связанные по законам природы, постепенно меняют свой облик…» (там же, 570). Жизнь в сущности своей есть движение, а движение внутренне противоречиво, представляет собой борьбу противоположных тенденций. Жизнь как биологическая форма движения основана на двух противоположных явлениях — ассимиляции и диссимиляции. Организм непрерывно усваивает и выделяет вещество, и только благодаря этому единству противоположностей он существует и развивается. Как только прекращается этот единый процесс, прекращается и жизнь.
Опираясь на Ж. Ламарка, Ж. Сент-Илера, К. Рулье, Ч. Дарвина, Налбандян по-своему формулирует основное противоречие развития биологических организмов — взаимодействие изменчивости и наследственности, борьбу организма и среды: «Жизнь есть непрерывное изменение, непрерывный обмен веществ и самосохранение. Внешние силы (грубо говоря) действуют в отношении наследственности, самосохранения организма разрушительно. Организм находится в непрерывном изменении — усваивает и выделяет вещество и развивается. Пока он может совершать эти действия, имеет в себе силу и мощь противостоять этому действию внешних разрушительных сил и противостоит этим силам, он сохраняет свою особь — живет» (там же, 438). Вопрос о механизме наследственности Налбандян специально не рассматривал, но он исходил из того, что наследственность есть результат глубоких, еще не раскрытых наукой химико-физиологических процессов.
Всеобщий характер борьбы противоположностей Налбандян видит и в жизни общества. «Во все времена новый порядок вел войну против старого порядка, свет — против тьмы, добродетель — против порока, правда — против лжи» (там же, 283), — пишет он в «Дневнике». Эту мысль Налбандян развивает в своей программной статье «Замечания». «Спор и война, — утверждает он, — неотъемлемая собственность человечества…» (там же, 153). Конкретизируя это положение применительно к состоянию современного ему армянского общества, Налбандян продолжает: «В нашем народе имеются теперь различные точки зрения и направления; имеются, следовательно, различные знамена, идет борьба. Было бы странно отрицать это, странно было бы также желать какого-то объединения борющихся между собой лагерей. Это было бы вредно для нашего народа… Для сближения противоположных лагерей не следует приносить в жертву убеждения… Да будет благословенна борьба, да будет она сильна, беспощадна… Подлинное следствие истины — разделение; должен быть раскол, чтобы выявились избранные. Вино, пока оно не перебродит, — не прояснится» (там же, 154). Здесь ярко выражена важная мысль о том, что для объединения различных общественных сил в борьбе против общего врага (в данном случае в интересах национально-освободительного движения), необходимо прежде размежеваться.
Признаком научно-философского подхода к жизни общества Налбандян считает рассмотрение ее как борьбы нового и старого, борьбы, где неизбежно побеждает новое, которое и надо пестовать и растить. О неизбежности победы нового говорит исторический опыт прошлого — борьба науки со средневековым мракобесием. «То европейское просвещение, к которому ныне… может приобщиться любой член человечества, Европа приобрела ценою крови. Полвека с юной святой силой… воевало оно против лишения своих прав с могучей старухой, мрачных воинов которой было больше, чем сынов просвещения» (там же, 173–174). Налбандян оптимистически оценивает исторические перспективы человечества. Он видит необходимость и неизбежность победы демократии над крепостничеством, народа над самодержавием. Непосредственно после поражения революционного движения 1861 г. Налбандян предвещал его неизбежную победу в будущем. Эти диалектические идеи и определили революционно-демократические позиции армянского мыслителя. «Еще задолго до того, как взять в руки перо, — писал он, — мы знали…что старые умы никогда не согласятся мирно уступить место новым идеям… новое только в борьбе водрузит свое знамя на развалинах старого» (там же, 361). Жизнь политического борца постоянно убеждала его в справедливости этого положения диалектики.