Познание, согласно Налбандяну, бесконечно. Оно развивается на основе опыта. Путь познания похож на лестницу, состоящую из множества ступенек. Истина, которую узнал человек, наблюдая за случайно упавшим в воду деревом, а именно что дерево в воде не тонет, бесконечно бедна по сравнению с теми истинами, которыми человек руководствуется при строительстве современных кораблей. Но истина, открытая в результате первого наблюдения, входит в последние. Она та первая ступенька лестницы, без которой невозможны следующие. «Наука никогда не останавливается на одной точке, она всегда идет вперед. Каждый день приносит с собой новые и новые открытия и разъяснения темных и часто непонятных мест в науке» (там же, 516). Налбандян отвергает как кантовское учение о границах познания, так и претензию Гегеля на исчерпывающий, абсолютный характер его учения. Он подчеркивает, что нельзя абсолютизировать не только систему, но и метод. «Философия, если она метод и систему своего учения рассматривает как абсолютно непререкаемые и неизменные, такая философия, если даже она проповедует свободу, уже становится врагом свободы, выносит сама себе смертный приговор» (там же, 460). В прошлом философы абсолютизировали либо чувственное познание, либо абстрактное мышление, либо индукцию, либо дедукцию, но, взятый в отдельности, ни один из этих методов, говорит Налбандян, нельзя считать истинным. В принципе индукции, согласно Налбандяну, материализм получает свое последовательное выражение. Однако это не означает отрицания дедукции. Налбандян подчеркивает единство этих двух методов. Каждый из них, взятый в отдельности, недостаточен для характеристики процесса познания, ибо один берет лишь движение от единичного к общему, а другой — движение от общего к единичному. Но познание — единый акт, оно включает в себя факты и их обобщения, переход от чувственных данных к абстрактным понятиям и от них вновь к опыту. Как известно, Ф. Энгельс в «Диалектике природы» подверг уничтожающей критике тех естествоиспытателей, которые противопоставляли индукцию дедукции, и показал, к каким нелепостям приводит всеиндуктивизм. «Никакая индукция на свете, — писал Ф. Энгельс, — никогда не помогла бы нам уяснить себе процесс индукции. Это мог сделать только анализ этого процесса. — Индукция и дедукция связаны между собой столь же необходимым образом, как синтез и анализ. Вместо того чтобы односторонне превозносить одну из них до небес за счет другой, надо стараться применять каждую на своем месте, а этого можно добиться лишь в том случае, если не упускать из виду их связь между собой, их взаимное дополнение друг друга» (1, 20, 542–543). Налбандян подверг критике некоторых крупных представителей естествознания своего времени. Так, он критиковал химическое учение Либиха за односторонний эмпиризм и индуктивизм. Наиболее плодотворным общим методом познания Налбандян считал диалектический метод Гегеля, хотя и полагал, что он нуждается в критическом переосмыслении.
Вслед за Гегелем Налбандян рассматривает истину как процесс. Поскольку свои знания человек черпает из отдельных фактов, из отдельных наблюдений и опытов, они не могут быть законченными, завершенными и абсолютными, пишет он. С этой точки зрения должен оцениваться всякий научный труд. Именно так Налбандян подходил к учению Гегеля, Фейербаха, Бэкона, Декарта и других величайших философов прошлого. Познание, замечает Налбандян в связи с оценкой научной деятельности крупного немецкого естествоиспытателя Александра Гумбольдта, развивается таким образом, что последующие поколения в работе предыдущих всегда находят недостатки, слабости. Но это не значит, что в работах предшествующих поколений не было ничего положительного. О «Космосе» Гумбольдта он писал, что в будущем в нем увидят недостатки. «Это судьба всякой научной работы, которая построена путем выводов, на основе отдельных фактов… Верным был только избранный им путь, плодотворной была только его цель — метод» (3, 2, 281). Ни в области искусства, ни в области науки нельзя найти такого художника или ученого, которые достигли бы абсолютного совершенства: «Природа никогда не воплощает идею совершенства в одной личности, следовательно, и в ее произведении… Идея совершенства — это нечто такое великое, для воплощения которого недостаточно одного, отдельно взятого, хотя бы и величайшего, из смертных. Обиталищем совершенного является душа всего человечества» (5, 533). Вера в абсолютную истинность той или иной теории, замечает Налбандян, обнаруживает свою несостоятельность на практике. Так, «иные медики, — пишет он о медиках-метафизиках, — готовы скорее допустить смерть больного, нежели перейти черту, установленную наукой в отношении применения того или иного лекарства. Но эти люди принадлежат абсолютной школе в познании истины, которая в свою очередь не оправдывается не только в одной медицине, но и во всех прочих отраслям общечеловеческих наук» (3, 4, 155).