Все религии Налбандян делит на религии свободы и религии рабства. Причину существования двух различных форм религии он видит в разном уровне развития познавательных способностей человека. Рабскую религию исповедуют те народы, которые как бы остались на чувственной ступени познания, религию же свободы исповедуют те, которые возвысились до теоретического мышления. Религии рабства, пишет Налбандян, не знают никаких благ, кроме материальных, сущность этих религий в порабощении человека ради достижения этих материальных благ. В религии рабства отсутствует всякое разумное начало, всякое исследование причин. К числу таких религий Налбандян относит мусульманство и иудаизм. Религией свободы он считает раннее христианство, которое трактует в рационалистическом духе. В 50-е годы Налбандян рассматривает христианство как религию разума и видит ее задачу в достижении духовного блага. Духовное благо понимается им не как отрешение человека от мирского, материального в надежде найти счастье в потустороннем мире. Налбандян отвергал веру в загробную жизнь. Духовную сущность христианства армянский мыслитель видел в идее свободы исследования, свободного развития науки, искусства, в идее социально-политической свободы людей, взаимной любви и уважения. В деистический период своего творчества он безмерно идеализировал этическое содержание первоначального христианства.
Христианство, согласно Налбандяну, возникло не сразу, оно не было результатом откровения, а складывалось постепенно, исторически. Он подчеркивает связь между христианством и иудаизмом, которое подготовило почву для христианства, явилось как бы переходной ступенью от религий рабства к религии свободы.
Высказывания Налбандяна о христианстве, иудаизме и о других религиях показывают, что его переход к материализму в значительной мере совершался под влиянием русских материалистов и Фейербаха, с идеями которого он мог познакомиться через произведения Белинского и Герцена. В этом нетрудно убедиться даже при беглом сравнении высказываний Налбандяна о христианстве с идеями Герцена, Белинского и Фейербаха. Сравним, например, некоторые положения Налбандяна с мыслями, развиваемыми Фейербахом в работе «Сущность христианства». «Человек, по крайней мере благоденствующий, — писал Фейербах, — желает бессмертия. Это желание было первоначально равносильно стремлению к самосохранению. Все живущее хочет утверждать себя, хочет жить, следовательно, не умирать. Это вначале отрицательное желание под гнетом жизни, особенно гражданской и политической жизни, приобретает в уме и сердце позднейших поколений положительную окраску и превращается в желание жизни и притом лучшей жизни после смерти. Но в этом желании заключена также уверенность в исполнении этой надежды» (20, 2, 167). Изложенная здесь мысль почти буквально передана Налбандяном в стихотворении «Истина». Для понимания связи развиваемых Налбандяном идей с философией Фейербаха важно сравнить их оценки иудаизма и христианства. «Высшим принципом для иудейства является утилитаризм, польза», — пишет Фейербах (там же, 145). Такая оценка иудаизма характерна и для Налбандяна. Налбандян уже в книге от Иоанна видел признак начавшейся эволюции от иудаизма к христианству. При тщательном рассмотрении оказывается, что источником этих взглядов Налбандяна является, по-видимому, «Сущность христианства» Фейербаха. Согласно Фейербаху, христианство есть «очищенная от национального эгоизма иудейская религия…» (там же, 151). Эту же концепцию Налбандян проводит в статье «Мхитар и мхитаристы». Несмотря на то что взгляды Налбандяна на религию в ранний период его творчества сходны с воззрениями Фейербаха, между этими двумя мыслителями существует коренное различие. Фейербах пришел к последовательно материалистическому выводу о первичности материи и вторичности сознания, он отвергал идею первопричины, первотворца природы как ложную и реакционную. Налбандян же в 50-е годы еще остается на позициях деизма. Антропологически объяснив сущность христианства, Фейербах отрицает христианство и пытается создать некую новую гуманистическую религию. Налбандян пока не только не ведет борьбу против христианства, но и пытается придать христианству рационалистический смысл, идеализирует его.