В 60-е годы взгляды Налбандяна на христианскую религию существенно изменились. Если в 50-е годы он защищал некое идеализированное христианство, то в 60-е годы он оценивает христианство так же, как и другие религии, не усматривая между ними никакого различия.
Налбандян не отождествляет религию как мировоззрение и религию как социальное явление. По его мнению, хотя религия как мировоззрение антинаучна, в социальном отношении она могла играть положительную историческую роль в отдельные периоды жизни того или иного народа. Так, указывая на некоторые отрицательные последствия принятия в Армении христианства как государственной религии (прежде всего разрушение языческих памятников армянского народа), он вместе с тем подчеркивает его большое социально-политическое значение в истории Армении. В борьбе с Византией, Персией, Турцией и другими захватчиками армянский народ в армяно-григорианской вере и церкви видел силу, защищающую его коренные политические интересы, его самостоятельность и суверенитет. «…Армяне… хорошо знали, что чужие государства, поднимая руку на их религию, хотели разрушить ту стену, которая отделяла эти народы друг от друга, с тем чтобы легче было поработить сынов несчастной Армении. Из осознания этого значения своей веры вытекало то, что армяне показывали меч тем, кто предлагал им изменить их религию или веру. Вот поэтому церковь в прошлой истории Армении имела большое значение» (там же, 479). Такое значение армяно-григорианства определялось не его догматическим содержанием, а историческим положением Армении, борьбой армянского народа за свою государственную независимость. Эта специфическая политическая роль армянской церкви, пишет Налбандян, начала складываться в V в., она сохраняется и в XIX в., поскольку Армения еще находится в колониальной зависимости. В этих условиях, «тот, кто замахивается на церковь, замахивается и на нацию» (3, 3, 220). Это положение высказано Налбандяном в последний период его жизни. Однако было бы неверно на этом основании делать вывод о том, что Налбандян поддерживал религию. Его защита армянской церкви и армяно-григорианства ничего общего не имеет с защитой религиозного мировоззрения или идеализацией социальной роли религии. Налбандян ясно видел противоположность науки и религии и в 60-х годах постоянно разоблачал реакционную роль религиозного мировоззрения.
В ряде своих работ Налбандян подвергает острой критике католичество. По его мнению, католичество есть извращение первоначального христианства. Христианство, развившись в католичество, стало «подлинно рабской религией под маской свободы». История католической церкви, указывает Налбандян, есть история превращения христианства в орудие социального, политического и духовного угнетения народов, в источник всего безнравственного, низкого и недостойного человека. Папство, прикрываясь разговорами о «небесном духовном царстве», всегда стремилось создать земное царство — подчинить себе народы Европы от Пиренеев до Северного океана и завоевать мировое господство. Первая крупная попытка папства политически подчинить народы своей власти — крестовые походы. По мнению Налбандяна, папство преследовало в них две цели: «Во-первых, показать, что оно защищает христиан и этим заставить народы смотреть на него как на главу всей христианской церкви, во-вторых, чтобы народы, в особенности их правители, занимаясь нескончаемыми походами, не находили времени обращать свое внимание на папу и вообще на беззаконные дела церкви» (3, 2, 207–208). Папство тормозило процесс образования национальных государств. Теоретики католицизма выдвинули идею создания единой «божественной республики». Правильность своей оценки Налбандян показывает на примере папской республики, которая была создана в Парагвае воинствующим орденом иезуитов. Эта республика, по мысли католиков, должна была явить миру рай на земле. Но практика показала иное. Несмотря на каждодневный труд в поте лица, население этой богатой страны влачило жалкое существование. Вместо земного рая христианская республика утвердила настоящее рабство. Французские просветители Ж. Ж. Руссо и Ш. Монтескьё в свое время идеализировали парагвайскую католическую республику, полагали, что ей удалось соединить идею религии с идеей гуманности. В противоположность Руссо и Монтескьё Налбандян видит в ней бессовестную, жесточайшую эксплуатацию, организованный грабеж и опустошение страны.