Тем временем в химической лаборатории после 4000 опытов Ломоносов сумел разработать технологию изготовления цветных прозрачных и непрозрачных (называемых смальтами) стекол. Полученную им смальту ученый решил использовать для изготовления мозаичных картин.
В 1753 г. Ломоносов получил разрешение на строительство фабрики цветного стекла и земельный надел с 211 душами крестьян мужского пола. К 1754 г. строительство фабрики в основном было, закончено и на ней стали изготовлять стекло, бисер, пронизки и другие изделия, но главное — на фабрике готовились брусочки из смальт различного цвета, из которых набирались мозаичные картины.
Параллельно со строительством фабрики в Усть-Рудицах Ломоносов вместе с Рихманом занимался изучением природы электричества, получаемого от электростатических машин, и атмосферного. С этой целью у каждого из них дома была установлена «громовая машина», т. е. электроскоп с шелковой нитью, отклоняющейся от вертикали тем больше, чем сильнее атмосферный заряд… 26 июля 1753 г. во время наблюдений разразившейся над Петербургом грозы молнией был убит академик Рихман. Несмотря на вызванное этим событием противодействие церковников, Ломоносов прочел в публичном собрании «Слово о явлениях воздушных, от электрической силы происходящих», где выдвинул свою теорию образования атмосферного электричества и доказал его полную идентичность «искусственному», получаемому от электростатических машин.
Ломоносова давно беспокоило плачевное состояние академических университета и гимназии, и он решил, что следует создать новый университет в Москве. Эту мысль он постарался внушить И. И. Шувалову, и когда тот составил соответствующее «Доношение в Сенат», написал ему письмо с изложением своего плана организации такого университета.
Шувалов внес в план Ломоносова некоторые изменения, и с ними план был принят. 12 января 1755 г. Елизавета подписала «Указ об учреждении в Москве Университета». Вначале ему было отведено помещение бывшей дворцовой аптеки, на том месте, где нынче находится Государственный исторический музей.
В 1754 г. Ломоносов, недовольный тем, что премия за решение объявленной Академией наук задачи досталась бездарному У. Сальхову в сердцах отказался от кафедры химии. Миллер его слова внес в протокол, и кафедра была передана пресловутому Сальхову. Лишенный лаборатории, Ломоносов с этого времени вынужден был заниматься химией у себя дома и в Усть-Рудицах.
В 1755 г. Ломоносов сдал в печать «Российскую грамматику» и в основном закончил работу над «Древней Российской историей». Одновременно ученый готовит материалы для истории царствования Петра I, заказанной Елизаветой Вольтеру.
На очередном публичном собрании Академии наук в 1756 г. Ломоносов прочел «Слово о происхождении света, новую теорию о цветах представляющее», в котором изложил свою, отличную от ньютонианской, теорию света и разработал основные положения теории цветов.
К этому времени Ломоносов решает строить собственный дом. Он получил участок в Адмиралтейской части города, оставшийся пустым после пожаров 1736 г., и за год, вероятно, по проекту знакомого ему архитектора С. И. Чевакинского, на набережной реки Мойки возводится дом. В 1757 г. семья Ломоносовых въехала в него, а позднее на территории усадьбы были построены еще два небольших дома для мозаичистов и для набора мозаичных картин.
В 1757 г. Ломоносова назначают советником академической канцелярии, и с этого времени он получает большую возможность влиять на положение дел в Академии.
Между тем научные занятия Ломоносова продолжались. К публичному собранию Академии он стал готовить «Слово о рождении металлов от трясения земли», где высказал ряд оригинальных суждений о происхождении торфа, каменного угля и нефти. О научных интересах Ломоносова в это время дает представление перечень тем, которые он предлагал для произнесения на публичных собраниях. Его занимает вопрос о пропорциональности между количеством материи и весом тела и о способе исследования изменения центра тяжести Земли, он готов рассказать о своих опытах по определению веса при прокаливании металлических тел и о причинах его увеличения, Ломоносов готов привести результаты своих размышлений «О температуре воздуха на планетах и кометах», одновременно он готов рассказать об изобретенной им «ночезритель-ной трубе» и «о фонтане, бьющем под действием ртути»!
Конец 60-х гг. Ломоносов как советник академической канцелярии употребил на улучшение постановки дела в академических университете и гимназии. Он добился увеличения расходов на содержание гимназистов, обязал Миллера, бывшего в то время ректором университета, представлять более ясные свидетельства об успехах студентов. Особенно горячо взялся за дело Ломоносов, когда в 1760 г. получил в свое ведение оба академических учебных заведения. В результате принятых им мер лекции в университете «продолжались беспрестанно», успешно шли занятия и в гимназии. Так продолжалось до смерти ученого, затем университет пришел в полный упадок, а гимназия влачила жалкое существование.