В течение четырех сезонов Клемперер обратил «Кроль» в самый передовой экспериментальный оперный театр мира, исполнявший классику в спорных современных декорациях, показывавший в один вечер сразу две оперы Шёнберга или три Стравинского, и давший важные национальные премьеры его «Царя Эдипа» и «Из мертвого дома» Яначека. В охватившей Берлин неразберихе социальных и национальных идеологий, любая новая музыка непременно кому-нибудь да казалась большевистской, а обвинения в скрытом покушении на культурное наследие Германии неизменно порождало скандал.
Осуществленная Клемперером постановка «Летучего голландца» в современных костюмах, с Сентой, одетой в простую юбку и свитер, вызвало гневные протесты «Вагнеровской лиги немецких женщин», даже не заметившей того, что он восстановил оригинальную партитуру Вагнера. Его суровая трактовка воспевающей свободу оперы Бетховена громогласно осуждалась, как «замороженный „Фиделио“». Обе эти постановки проложили путь для стилистических экспериментов последующих пятидесяти лет. «Мне не нужна была авангардистская опера, — говорил впоследствии Клемперер. — Я хотел создать хороший театр — только это и ничего другого».
Нацисты нападали на «Кроль» за заигрывание с пролетариями и еврейские извращения, коммунисты жаловались на абстрактные декорации, противоречившие зарождавшейся у них доктрине социалистического реализма. В промежутках между операми Клемперер начал давать состоявшие только из музыки Баха концерты — еще одно опасное новшество, — а то и вовсе соединять Баха с новыми сочинениями Хиндемита и Вайля. Он дирижировал величественными произведениями Малера, сносил нападки со всех сторон и впоследствии говорил о «Кроле» как о самом важном периоде своей жизни.
После прихода Гитлера к власти Клемперер пробыл в Берлине всего месяц. Когда гестапо начало производить ночные аресты видных противников режима, Клемперер бежал в Швейцарию, однако, обнаружив, что немногие из оставшихся в Европе вакансий разбираются нарасхват другими беженцами-музыкантами, перебрался в Америку, где ему пришлось вести борьбу с гнетущими болезнями, временными помутнениями рассудка и отличавшимися яростной непокорностью оркестрами. Он присоединился к обосновавшемуся на Западном побережье сообществу интеллектуалов-эмигрантов, где управлял пребывавшим еще в младенческом состоянии Лос-Анджелесским филармоническим, пытаясь разбить лед невнимания в городе, главной заботой которого было кино. Его приверженность к новой музыке нисколько не уменьшилась, он оказал своему противнику и соседу Арнольду Шёнбергу большую услугу, осуществив премьеры его наименее трудных сочинений — сюиты для струнных и оркестровки брамсовского соль-минорного фортепьянного квинтета, которую Клемперер обозначил как пятую симфонию Брамса. «Вы же понимаете, что у меня нет причин демонстрировать вам уважение большее того, какое вы демонстрируете мне» — ворчал неуживчивый композитор.
Дирижируя в Нью-Йорке малеровской симфонией «Воскресение», Клемперер понес финансовые потери, достаточно крупные, чтобы нанести ущерб своему кассовому потенциалу в национальных масштабах. В один несчастный вечер в «Карнеги-Холле» ему, оправлявшемуся после операции по удалению злокачественной опухоли мозга и донимаемому пакостными слухами о том, что он сходит с ума, пришлось самому оплатить свой концерт. Другой работы во время войны он практически не получал. За 15 проведенных в Америке лет Клемперер не сделал ни единой записи. «Я помню, как он регулярно появлялся у нас ко времени обеда», — отметил сын коллеги-дирижера, находившегося в обстоятельствах не менее стесненных.
Клемперер возвратился в Европу совершенно забытым, дирижировал в операх Будапешта и Восточного Берлина, пока вмешательство вездесущих коммунистов не вынудило его снова уехать в Соединенные Штаты, где у него отобрали паспорт на время, которое требовалось ФБР для расследования его связей в Восточном блоке. И именно тогда владелец английской фирмы грамзаписи Уолтер Легг бросил ему спасательный круг. Леггу нужны были дирижеры для его оркестра, «Филармониа», который приобретал известность как в концертных залах, так и у любителей грамзаписей. Не сумев освободить Яшу Горенштейна от контракта с мелкой фирмой звукозаписи, он обратился к Клемпереру, который, наконец, хоть и с запозданием, но обрел, — с помощью укомплектованных беженцами из Германии лондонских театров и получивших международное признание записей — славу и профессиональное удовлетворение.