В 1930-м Тосканини ушел из «Ла Скала», чтобы дирижировать Нью-Йоркским филармоническим, и это положило конец его непереносимо тягостному сосуществованию с фашизмом. Муссолини воспринял его уход с облегчением, однако партийные горлопаны сгорали от желания заставить Тосканини заплатить за дерзость. И они получили такую возможность в мае 1931-го, когда он приехал в Болонью, чтобы бесплатно дать два концерта в память своего друга, композитора Джузеппе Мартуччи. После генеральной репетиции Тосканини было сказано, что, поскольку неподалеку происходит съезд фашистской партии, на концерте будут присутствовать министры правительства, и следовательно, ему придется исполнить национальный гимн. Тосканини заартачился, в итоге, был достигнут компромисс — местному оркестру предстояло приветствовать правительственных сановников в вестибюле.
Когда Тосканини появился перед концертом у служебного входа в зал, его остановила группа молодых фашистов, пожелавшая узнать, будет ли он дирижировать их гимном. Тосканини ответил: «Нет», и некий журналист по имени Лео Лонганези набросился на старика, несколько раз ударив его по лицу и по шее. Жена Тосканини усадила мужа в машину, водитель которой поспешил доставить дирижера в отель, где ему перевязали раны. Шум, поднявшийся в концертном зале, быстро распространился по улицам города, и сотни чернорубашечников собрались под окнами Тосканини, выкрикивая угрозы. Посланный им для переговоров композитор Отторино Респиги вернулся с ультиматумом, требовавшим, чтобы Тосканини до рассвета покинул город. Добравшись до дому, дирижер послал Муссолини телеграмму протеста, в ответ Дуче распорядился конфисковать его паспорт и поместить Тосканини под домашний арест.
Это унижение, вкупе с полученными накануне увечьями, вызвало вспышку гнева и в Италии, и во всем мире. Кусевицкий отменил запланированные им концерты в «Ла Скала», а Фриц Крейслер покинул в Милане репетицию, чтобы посетить заключенного. Десятки итальянских музыкантов приходили, бросая вызов тайной полиции, к дверям его дома. Согласно полицейским донесениям, почтальон доставил Тосканини около 15 000 писем и телеграмм с выражениями поддержки. Ограничения, которым он подвергался, были вскоре сняты, однако Тосканини до самой смерти диктатора больше в родной стране не выступал. «Я скорее умру, чем стану снова дирижировать в Италии» — заявил он.
В 1933-м, когда Гитлер начал устранять евреев из общественной жизни, Тосканини распространил свой бойкот и на Германию, перебравшись на летнее время из вагнеровского Байройта в моцартовский Зальцбург — «величайшая печаль моей жизни». Когда же и Австрия присоединилась к Рейху, Тосканини удалился в нейтральную Швейцарию, на фестиваль в Люцерне, откуда его вагнеровские концерты транслировались по радио в соседние порабощенные страны. Другие художники пытались в первые годы нацизма как-то приладиться к новым порядкам, но Тосканини оставался в своем противостоянии ему непреклонным. Он подписывал петиции и манифесты, собирал средства в помощь беженцам, а в 1937-м продирижировал первыми концертами Палестинского симфонического оркестра, состоявшего главным образом из покинувших Европу музыкантов. К изумлению оркестрантов, он сердечно расхваливал их игру на первых двух репетициях. Впрочем, на третьей разъярился и наскандалил. Музыканты были вне себя от радости: наконец-то Тосканини обращается с ними, как с настоящим оркестром. Когда же он отказался от гонорара, они задарили дирижера апельсинами из Яффы — в количествах, которых хватило бы до конца его жизни.
Он настоял на том, чтобы через год снова выступить с ними — несмотря не предостережения сионистского лидера Хаима Вейцмана, опасавшегося, по причине восстания арабов, за жизнь дирижера. Смелость и стойкость Тосканини были столь же неколебимыми, сколь и его убеждения. Еще до того, как США вступили в войну, он, дабы противодействовать культурной пропаганде стран Оси, вывез свой оркестр «Эн-Би-Си» в охваченную партизанской войной Южную Америку. Он сделал вызвавший всеобщее воодушевление вклад в военные усилия, заново оркестровав «Усеянное звездами знамя» и продав его партитуру с аукциона за миллион долларов в облигациях военного займа. Когда же в 1943-м Муссолини был свергнут, Тосканини сочинил по-английски, что стоило ему немалых усилий, воззвание «К народу Америки»: