Фуртвенглер сначала посоветовался с Геббельсом, а затем принял предложение — на том условии, что он сможет и дальше дирижировать в Германии. Назначение его на таких условиях вызвало протесты обширного еврейского населения Нью-Йорка, и неделю спустя Фуртвенглер телеграфом сообщил о своем отказе от места:
Политические разногласия мне неприятны. Я не политик, а исполнитель немецкой музыки, которая принадлежит всему человечеству, независимо от политики. Я предлагаю в интересах Филармонического общества отложить мой сезон до времени, когда публика поймет, что политика и искусство раздельны.
Тосканини пробовал уговорить его, однако Фуртвенглер твердо стоял на своем. Создавать музыку в Германии, вот в чем состояло высшее его стремление, и подвергать это занятие опасности он не хотел. Говорили, что Геббельс сказал ему: «Вы можете уехать, однако до тех пор, пока мы здесь, — а мы основали Тысячелетний Рейх, — вам никогда больше не позволят ступить на землю Германии». Тосканини, по крайней мере, все еще дозволялось возвращаться каждое лето на его виллу в Италии.
Тосканини попытался — безрезультатно — не допустить его выступления на Зальцбургском фестивале 1937 года. «Всякий, кто дирижирует в Германии, нацист!» — прорычал он Фуртвенглеру, игнорируя тот неудобный факт, что несколько выступавших в Зальцбурге с ним самим певцов продолжали работать в немецких оперных труппах. После войны Тосканини возглавил кампанию, воспрепятствовавшую появлению Фуртвенглера в Чикагском симфоническом и в «Метрополитен-Опера».
В довольно бессвязной защитительной речи, с которой он выступил перед трибуналом по денацификации, Фуртвенглер заявил, что Арнольд Шёнберг и Макс Рейнхардт уговаривали его остаться в Германии, чтобы защитить их общее наследие. Рейнхардт прислал в суд своего агента, давшего показания в пользу дирижера. Шёнберг сказал: «Я уверен, что он никогда не был нацистом — просто одним из старомодных Deutschnationale[§§§§§§§§]… я уверен также, что он не был антисемитом, во всяком случае, не большим, чем любой не-еврей. А как музыкант, он безусловно превосходит Тосканини, Орманди, Кусевитских и всю их компанию. К томе же, он подлинный талант. Он любит музыку».
Элизабет Фуртвенглер утверждала, что ее муж рисковал жизнью в осыпаемом бомбами Союзников Берлине, чтобы давать концерты, на которых встречались друг с другом участники антигитлеровского Сопротивления. «Его публика никогда не была нацистской» — утверждала она. «Концерты, которые Фуртвенглер давал каждую неделю или две, заставляли нас жить дальше» — говорили его приверженцы. Последний концерт, данный им в старой Филармонии — перед тем, как ее сравняли с землей, — включал в себя пророческое исполнение концертмейстером Фуртвенглера Эрихом Рёном скрипичного концерта Бетховена, громовый, отзывающийся «гибелью богов» финал которого предрекал некие разрушения (властям было невдомек, что исполняемые каденции принадлежат еврейскому скрипачу Йоахиму; впрочем, единственной доступной альтернативой были каденции, сочиненные столь же «нечистым» Крейслером). В последнюю зиму Рейха Фуртвенглер внял намеку министра вооружений Альберта Шпеера и бежал в Швейцарию, дабы избежать возможных репрессий со стороны особо твердолобых нацистов.
Существовала ли у Фуртвенглера договоренность с Гитлером? — поинтересовалась после войны берлинская газета. Он это напрочь отрицал:
Я сознавал, что Германия переживает страшный кризис; я ощущал ответственность за немецкую музыку и задача моя состояла в том, чтобы помочь ей пережить этот кризис… Неужели Томас Манн действительно верит, что в «Германии Гиммлера» исполнять Бетховена никому дозволено не было? Неужели он не понимает, что люди никогда так сильно не нуждались в нем, не жаждали с такой же силой услышать Бетховена, с его проповедью свободы и общечеловеческой любви…?
Изгнанный нацистами композитор Ганс Айслер обвинил Фуртвенглера в том, что он использовал свое искусство и оскорблял великие произведения немецких классиков ради того, чтобы приукрасить режим запятнанных кровью гитлеровских палачей. На взгляд Айслера, Фуртвенглер был соучастником «убийств, поджогов, грабежей, воровства, подлогов, пыток беззащитных людей и, прежде всего, усилий, направленных на то, чтобы заглушить голос истины».
Оправданный судом Союзников — советские власти усиленно старались заманить его в свой сектор Берлина, — Фуртвенглер, тем не менее, не смог избежать постоянных обвинений в коллаборационизме, наполнивших горечью, а возможно и укоротивших его жизнь. Живя в Швейцарии, он сумел вернуть себе прежнее исключительное положение в Берлине и регулярно дирижировал в Лондоне, однако пятно, лежавшее на нем, выцветать не желало. Одному английскому журналисту он сказал: