Попытки специальной группы бросить вызов ФБР были обречены на неудачу. Силы были слитттком неравны. Когда внимание общественности, взбудораженное апалачинским сборищем, притупилось, специальную группу расформировали. Ее предложение создать специальный постоянный центр по борьбе с организованной преступностью было отвергнуто. Позже руководитель группы Милтон Вессел писал: «Самым большим разочарованием для сотрудников группы было то, что рекомендации, сделанные в нашем официальном докладе, не были приняты. Мы выступали за создание постоянного подразделения, которое бы занималось преступными синдикатами... Против этого предложения решительно возражали те, кто утверждал, будто преступность и рэкет являются в первую очередь местными проблемами». Автор этого заявления явно имел в виду в первую очередь Гувера.
В 1961 году журналист Джон Кросби писал в открытом письме Гуверу: «За время вашего руководства Федеральным бюро расследований преступность в нашей стране выросла в гигантских масштабах. Под вашим благожелательным взором синдикаты гангстеров купаются в золоте, окруженные почетом и уважением».
Гувер проигнорировал это публичное обвинение.
После своего избрания на пост президента Джон Кеннеди назначил на пост министра юстиции младшего брата Роберта Кеннеди, активизировавшего борьбу с организованной преступностью. По его инициативе был проведен ряд мероприятий: принято законодательство, расширяющее полномочия федеральных властей в этой сфере, активизирована деятельность отдела министерства юстиции по борьбе с организованной преступностью. Р. Кеннеди потребовал и от Федерального бюро расследований, чтобы оно отказалось от своей позиции стороннего наблюдателя. Гуверу пришлось неохотно подчиниться. При этом он не преминул нажить себе политический капитал, явно преувеличив роль ФБР. Такой случай предоставился Гуверу, когда ему стало известно, чю осужденный за торговлю наркотиками нью-йоркский гангстер Джозеф Валачи желает дать показания о преступной организации. И снова, как и в ряде случаев в прошлом, Гувер присвоил себе чужие заслуги, в данном случае — Федерального бюро по борьбе с распространением наркотиков. Именно агенты бюро поймали этого рядового члена («солдата») «семьи» Вито Дженовезе и добились его осуждения в 1960 году за нарушение федеральных законов о наркотиках. Он был приговорен к 15 годам заключения и отправлен для отбывания срока в тюрьму в городе Атланта (штат Джорджия). Вечером 22 июня 1962 года Джозеф Валачи, заключенный № 82811, во время прогулки по тюремному двору неожиданно схватил обрезок водопроводной трубы и обрушил град ударов на другого заключенного. Последний скоро скончался.
Позже Валачи объяснил мотивы своего поступка. Вито Дженовезе стал подозревать его в том, что он стал доносчиком Федерального бюро по борьбе с наркотиками. В свое время Дженовезе был почетным гостем на свадьбе молодого Валачи. Оказавшись с ним в атлантской тюрьме, босс оказал своему «солдату большую честь — поселился с ним в одной камере. Но затем, по предположению Валачи, кто-то из заключенных убедил Дженовезе в том, что Валачи стал «легавым». Отныне дни его были сочтены. Сам Дженовезе недвусмысленно сказал ему: «Случается, что в ящике с яблоками окажется одно гнилое. От него надо поскорее избавиться, иначе оно нанесет вред всем остальным». Эта незамысловатая притча прозвучала для Валачи как приговор. Дженовезе, правда, заверил Валачи, что она не имеет к нему никакого отношения, и поцеловал его. Но Валачи знал, что это был поцелуй смерти. И действительно, с этого времени смерть стала ходить по пятам заключенного № 82811: ему подсыпали яд в пищу, пытались прикончить в душевой, а затем, когда это не удалось, втянуть в драку в тюремном дворе и в свалке пырнуть ножом. Валачи знал нравы и законы Мафии, так же как и влияние, которым пользовался его босс Дженовезе, даже находясь в тюрьме, где среди заключенных были и мафиози.