В этих условиях администрация Эйзенхауэра, не имея возможности далее игнорировать свидетельства существования подпольного синдиката, создала в 1958 году в рамках министерства юстиции специальную группу для расследования организованной преступности. Однако вскоре выяснилось, что ФБР не только не оказало ей содействия, но, напротив, стало ставить палки в колеса. По словам заместителя руководителя группы Джерарда Гэттеля, ей приходилось фактически вести борьбу на два фронта: против преступных организаций и против ряда государственных правоприменяющих органов. «Самую недружелюбную позицию,— по его словам,— заняло ФБР». Впрочем, Гувер и не скрывал своего враждебного отношения к специальной группе, отказывался предоставлять ей какую-либо информацию, запрещал своим агентам сотрудничать с ней в каких-либо формах. Пытаясь дискредитировать специальную группу, саму идею существования общенациональных преступных синдикатов, Гувер заявил: «Моим единственным выводом является то, что некоторые лица слишком часто смотрят телевизор и воспринимают фантастические рецепты решения проблем местной преступности». Обвинив группу в стремлении добиться паблисити, Гувер заявил: «Мы, конечно, не имеем ни людских ресурсов, ни времени, чтобы растрачивать их на такое сомнительное занятие». Со своей стороны специальная группа разоблачила усилия ФБР сорвать борьбу с организованной преступностью. Один из ее сотрудников, Ричард Огилви, заявил публично: «Критиковать Гувера крайне опасно для кого бы то ни было. Но честность побуждает меня заявить, что идеи Гувера далеко отстали от времени. ФБР все еще ведет борьбу с преступностью, какой она была в 20—30-х годах. Но оно все еще не начало бороться с преступными синдикатами».
Попытки специальной группы бросить вызов ФБР были обречены на неудачу. Силы были слитттком неравны. Когда внимание общественности, взбудораженное апалачинским сборищем, притупилось, специальную группу расформировали. Ее предложение создать специальный постоянный центр по борьбе с организованной преступностью было отвергнуто. Позже руководитель группы Милтон Вессел писал: «Самым большим разочарованием для сотрудников группы было то, что рекомендации, сделанные в нашем официальном докладе, не были приняты. Мы выступали за создание постоянного подразделения, которое бы занималось преступными синдикатами... Против этого предложения решительно возражали те, кто утверждал, будто преступность и рэкет являются в первую очередь местными проблемами». Автор этого заявления явно имел в виду в первую очередь Гувера.
В 1961 году журналист Джон Кросби писал в открытом письме Гуверу: «За время вашего руководства Федеральным бюро расследований преступность в нашей стране выросла в гигантских масштабах. Под вашим благожелательным взором синдикаты гангстеров купаются в золоте, окруженные почетом и уважением».
Гувер проигнорировал это публичное обвинение.
После своего избрания на пост президента Джон Кеннеди назначил на пост министра юстиции младшего брата Роберта Кеннеди, активизировавшего борьбу с организованной преступностью. По его инициативе был проведен ряд мероприятий: принято законодательство, расширяющее полномочия федеральных властей в этой сфере, активизирована деятельность отдела министерства юстиции по борьбе с организованной преступностью. Р. Кеннеди потребовал и от Федерального бюро расследований, чтобы оно отказалось от своей позиции стороннего наблюдателя. Гуверу пришлось неохотно подчиниться. При этом он не преминул нажить себе политический капитал, явно преувеличив роль ФБР. Такой случай предоставился Гуверу, когда ему стало известно, чю осужденный за торговлю наркотиками нью-йоркский гангстер Джозеф Валачи желает дать показания о преступной организации. И снова, как и в ряде случаев в прошлом, Гувер присвоил себе чужие заслуги, в данном случае — Федерального бюро по борьбе с распространением наркотиков. Именно агенты бюро поймали этого рядового члена («солдата») «семьи» Вито Дженовезе и добились его осуждения в 1960 году за нарушение федеральных законов о наркотиках. Он был приговорен к 15 годам заключения и отправлен для отбывания срока в тюрьму в городе Атланта (штат Джорджия). Вечером 22 июня 1962 года Джозеф Валачи, заключенный № 82811, во время прогулки по тюремному двору неожиданно схватил обрезок водопроводной трубы и обрушил град ударов на другого заключенного. Последний скоро скончался.
Позже Валачи объяснил мотивы своего поступка. Вито Дженовезе стал подозревать его в том, что он стал доносчиком Федерального бюро по борьбе с наркотиками. В свое время Дженовезе был почетным гостем на свадьбе молодого Валачи. Оказавшись с ним в атлантской тюрьме, босс оказал своему «солдату большую честь — поселился с ним в одной камере. Но затем, по предположению Валачи, кто-то из заключенных убедил Дженовезе в том, что Валачи стал «легавым». Отныне дни его были сочтены. Сам Дженовезе недвусмысленно сказал ему: «Случается, что в ящике с яблоками окажется одно гнилое. От него надо поскорее избавиться, иначе оно нанесет вред всем остальным». Эта незамысловатая притча прозвучала для Валачи как приговор. Дженовезе, правда, заверил Валачи, что она не имеет к нему никакого отношения, и поцеловал его. Но Валачи знал, что это был поцелуй смерти. И действительно, с этого времени смерть стала ходить по пятам заключенного № 82811: ему подсыпали яд в пищу, пытались прикончить в душевой, а затем, когда это не удалось, втянуть в драку в тюремном дворе и в свалке пырнуть ножом. Валачи знал нравы и законы Мафии, так же как и влияние, которым пользовался его босс Дженовезе, даже находясь в тюрьме, где среди заключенных были и мафиози.
Считая, что его дни все равно сочтены, Валачи и решился на отчаянный шаг — нанести удар первым и прикончить своего предполагаемого убийцу (в действительности его жертвой оказался не Дипа-лермо, который в «семье» Дженовезэ обычно приводил в исполнение смертные приговоры, вынесенные боссом, а другой, очень похожий на него заключенный). Валачи двигало не только чувство мести: после нового преступления его, как он и предполагал, поместили в одиночную камеру, здесь он чувствовал себя в большей безопасности. Надеясь избежать смертного приговора, он предложил «сотрудничать с федеральным правительством».
После того как Валачи начал давать свои первые показания, ФБР, увидев возможность превратить их в сенсацию, добилось того, что заключенного передали в его ведение. Позже Гувер всячески старался преувеличить значение показаний, которые давал Валачи. Осенью 1963 года он писал: «В последние недели по всей стране внимание было приковано к внутренней жизни зловещего синдиката, известного как «Коза ностра». Эта федерация профессиональных рэкетиров представляет собой ударную силу организованной преступности в Америке». Валачи приписывалось, будто бы он «открыл существование ранее чуть ли полностью неизвестной преступной организации и первый сообщил ее название». Поскольку Гувер в течение десятилетий отрицал сам факт существования Мафии и других объединений организованных преступников, он был заинтересован в том, чтобы иметь повод поднять шумиху о «новой угрозе», которую он, Гувер, раскрыл. Для этого требовалось новое название.
Многие американские специалисты в области организованной преступности считают, что значение сведений, сообщенных Валачи, было искусственно преувеличено. Он отнюдь не был первым гангстером, который «раскололся» и, пытаясь спасти свою жизнь, стал рассказывать о Мафии. Много сведений сообщил Рилз. Важным документом являются воспоминания бывшего мафиози Николы Джинтиле. Большой фактический материал был собран различными комиссиями, полицейскими органами, министерством юстиции и другими ведомствами. По мнению ряда специалистов, Валачи не сообщил ничего принципиально нового и о структуре преступной организации. По словам Томаса О’Брайена, детектива нью-йоркской полиции, «еще за двадцать лет до показаний Валачи мы уже знали о существовании в Нью-Йорке пяти «семей», о которых он говорил... Судя по его показаниям, мы знали и об организации, и о ее членах больше, чем он». Другой сотрудник нью-йоркской полиции — Льюис Коттрелл также заявил, что с помощью электронного наблюдения была установлена структура организованной преступности, состав «семей» и их внутренние взаимоотношения «задолго до показаний Валачи. Он в действительности только подтвердил сведения, которые уже давно были в наших досье».