После Южноафриканской войны 1899-1902 годов африканеры были побежденным народом. Стелленбош стал центром вновь обретенного неповиновения на юге страны. Город стал рассадником африканерского национализма и способом изолировать африканерскую молодежь от влияния англичан.
Стелленбош также был центром борьбы за признание языка африкаанс, который играл большую роль в политической и культурной жизни того времени. Поскольку после Южноафриканской войны британская администрация все активнее стремилась англизировать всю Южную Африку, город стал символическим центром растущего африканерского политического и лингвистического национализма.
Для победы африканерского национализма ключевое значение имели институт образования и национальный голос, и Стелленбош находился в эпицентре этих усилий. Но для воплощения этих целей в жизнь также требовался капитал. Появился Ян Хенох Маре, возможно, первый южноафриканский магнат родом из города Боланд. Окончив в 1870 году школу, которая впоследствии была переименована в гимназию Пола Рооса, Маре отправился на алмазные месторождения Кимберли и вернулся в Кейп 21 год спустя богатым человеком. Маре стал одним из основателей яростной националистической ежедневной газеты De Burger, издававшейся De Nasionale Pers Beperkt. Инициаторами создания современной компании Naspers стала группа влиятельных бизнесменов, политиков и фермеров из Стелленбоша, которые так или иначе были связаны между собой либо бизнесом, либо браком, Возможно, это первая итерация того, что сегодня известно как мафия.
Когда Маре умер в 1915 году, он завещал 100 000 фунтов стерлингов (что сегодня эквивалентно более 100 миллионам рандов) из своего состояния университету через траст, который до сих пор носит его имя. Этот фонд позволил руководству колледжа противостоять попыткам правительства включить его в состав нового университета в Кейптауне, поскольку теперь он обладал финансовой независимостью. Статуя Маре до сих пор гордо возвышается в университетском кампусе. Его фонд, Het Jan Marais Nationale Fonds, также существует до сих пор. Его миссия, изложенная Маре в его последней воле и завещании, заключается в "продвижении национальных интересов африканоязычной части населения ЮАР на любой территории страны, но предпочтение отдается городу и району Стелленбош". В 2016 году капитал фонда составил 1,29 миллиарда рандов, что несколько меньше, чем в предыдущем году (1,39 миллиарда рандов), и все это на благо африкаанс. "Этот университет благодарен Яну Маре за свое существование; украшения этого города появились благодаря Яну Маре; один из экономических гигантов страны, компания Naspers, не существовала бы без Яна Маре, а эта страна и город были бы гораздо беднее в культурном и социальном плане без Яна Маре", - заявил в 2015 году профессор Андреас ван Вик, председатель Национального фонда имени Яна Маре.
Университет Стелленбоша неразрывно связан с формулированием и воплощением в жизнь идеологии апартеида. Его преподаватели сыграли важную роль в создании теоретической базы, в рамках которой система могла быть обоснована, аргументирована и функционировать на практике. Университет также наполнил содержанием африканерский национализм, в первую очередь за счет укрепления использования языка африкаанс в качестве языка науки и коммерции. Таким образом, развивающийся университет дал поддержку поколению африканеров, которые начали избавляться от господства англоговорящих южноафриканцев в политической и экономической жизни страны.
Один из самых ярких молодых умов университета, Вервурд стал профессором социологии в возрасте 31 года - по словам его биографа Генри Кенни, это был замечательный взлет для этого "блестящего студента и сильной личности". По словам Кенни, годы учебы Вервурда в Стелленбоше сыграли решающую роль в формировании его интеллектуального мировоззрения. Академическая карьера Вервурда не была продолжительной, но он использовал ее как трамплин для выхода на национальную сцену в качестве политического деятеля. Он стал известен в 1934 году, когда выступил с докладом в Фолксконгрессе в Кимберли, посвященным проблеме бедности среди белых. В своем выступлении Вервурд продемонстрировал мышление, которое впоследствии определит его как идеологически настроенного министра по делам коренных народов и премьер-министра. Его аргументы были откровенно сектантскими, он поддерживал расовую дискриминацию, которая благоприятствовала африканерам.