Но когда Джеймсу было семь лет, у его матери нашли рак брюшной полости. Фрэнсис подверглась хирургической операции, которая в то время проводилась без анестезии; вероятность успеха была мала, но она решила рискнуть, чтобы дольше пробыть со своим мужем и сыном. Однако фортуна отвернулась от нее, и после столь ужасного лечения женщина вскоре умерла; ей было 47 лет.
Фрэнсис словно была маяком, который направлял семью, так что когда ее не стало, Гленлэр показался своим обитателям холодным и опустошенным местом. Потеря еще сильнее сблизила отца и сына, но их жизнь нуждалась в переменах. Например, следовало ускорить окончание Джеймсом школы, которое они планировали на то время, когда ему исполнится 13 лет, после чего он должен был пойти в университет. Но Джон не мог заниматься образованием сына: заботы по хозяйству отнимали слишком много времени. Поскольку школы рядом не было, а Джон не хотел отсылать ребенка далеко, чувствуя, что не выдержит одиночества, он нанял в качестве наставника для сына молодого человека 16 лет, который получил прекрасные оценки в школе, но затянул с поступлением в университет; в глазах отца это был идеальный кандидат. Реальность оказалась совсем другой.
Нанятый юноша, не имевший никакого опыта в преподавании, учил так же, как учили его, следуя старому афоризму: «Без муки нет науки». Джеймс, одаренный мальчик, хотел порадовать отца, но не понимал, почему ему нужно запоминать бессмысленные цифры и слова. Надранные уши и подзатыльники не могли заставить его изменить мнение о таком способе обучения. Но наконец, после года мучений, он взбунтовался. Рядом с прудом для уток у Джеймса была старая ванна, которую он использовал как корабль. В середине урока он выбежал из дома и отплыл на середину пруда, не обращая внимания на крики и угрозы учителя. И там остался.
За актом бунта последовала взбучка от отца, но она, по крайней мере, заставила последнего задуматься. Тогда в дело вмешалась его свояченица Джейн, младшая сестра Фрэнсис, которая жила в Эдинбурге. Она поняла, что десятилетнему мальчику нужно ходить в школу. С помощью сестры Джона, Изабеллы Веддерберн, которая также жила в Эдинбурге, им удалось убедить неуступчивого отца в том, что Джеймсу необходимо получить формальное образование. Кроме того, Изабелла жила рядом с Эдинбургской академией, одной из лучших школ в Шотландии. Выбор был сделан.
К несчастью, первый класс уже был окончен, так что новичку Джеймсу пришлось пойти во второй и бороться — в странной одежде, придуманной отцом, и вооружившись деревенским акцентом — с 70 мальчишками, происходившими из лучших семей города. Его противники были закалены в обычных школьных конфликтах, обладали утонченными манерами и говором, а их одежду, помимо прочего, составляли аккуратные жакеты и узкие ботинки.
Благодаря участию теток, Джейн и Изабеллы, Джеймс начал одеваться как его товарищи, но, к огорчению Джейн, не вел себя как они. Он редко участвовал в спортивных мероприятиях, в которых, как ожидалось, должен участвовать мальчик его положения. Случалось, он играл на перемене с товарищами, однако чаще Джеймс уходил в угол двора, где было несколько деревьев и немного травы. Там он проводил время, наблюдая за жуками и пчелами или придумывая гимнастические упражнения, которые он отрабатывал на ветвях. Однако не отношения с одноклассниками (практически отсутствующие) заставляли мальчика с подозрением относиться к урокам, а бессмысленные повторения упражнений греческого и латыни, которые напоминали ему занятия с наставником. Кроме того, говоря на публике, он запинался, из-за чего шквал его слов чередовался с длинными периодами молчания. Этот недостаток сопровождал большую часть его жизни. Постепенно Джеймс начал демонстрировать ум: он быстро отличился в истории литературы и английском языке (чему способствовала его жизнь в Гленлэре), в то время как из-за отсутствия предыдущей подготовки по арифметике и латыни в этих дисциплинах он держался на втором плане.