Смысл мантры может быть явным, а может быть скрытым. Биджа-мантры, например аим, крим, хрим, не имеют смысла в обычном языковом понимании. Но посвященные знают, что каждая из этих мантр представляет то или иное божество и является дхвани, которая озвучивает все буквы и присутствует во всем, что мы говорим или слышим. Таким образом, всякая мантра — воплощение Брахмана. Хотя мантра и выражается в звуках и символах, шастра гласит, что тот, кто считает гуру всего лишь камнем, а мантру всего лишь набором букв, попадает в ад.
Манана, или размышление, приводит к настоящему пониманию монистической истины, что Брахман и брахманда имеют одну и ту же сущность. Первый слог слова «мантра» — ман — взят из слова «манана», а тра — от слова «трана», означающего освобождение от пут сансары, феноменального мира. Составленное из этих двух частей слово «мантра» означает нечто приводящее в действие (амантрана) чатурваргу — четыре задачи сознательного бытия. Таким образом, обычная молитва может быть просто звуком, но мантра — мощная движущая сила, слово силы (дающее мантра-сиддхи), и поэтому способствует осуществлению чатурварги, устранению двойственности восприятия и освобождению. Вот почему говорится, что джапа обязательно приводит к обретению сиддхи.
Мантра позволяет вступить в контакт с дэватой и подчинить его. С помощью заключенных в мантре сиддхи открывается видение трех миров. Хотя пуджа, чтение священных текстов и гимнов, жертвоприношение (хома), дхарана, дхьяна и самадхи преследуют ту же цель, что и дикша-мантра, они не так эффективны, поскольку опираются только на садхана-шакти садхаки, в то время как при практике мантры садхана-шакти работает вместе с мантра-шакти — самой могущественной силой, в которой проявляется стихия огня. Во время посвящения (дикши) садхака получает особую мантру — биджа-мантру, или мантру-семя. Биджа — это семя, посеянное в сердце садхаки. Сандхья, ньяса, пуджа и т.п. — ствол и ветви; гимны-восхваления (стути), молитвы и благоговение (вандана) — листья и цветы; а состоящая из мантры кавача — плод.
Мантры делятся на солнечные (саура) и лунные (саумья), а также мужские, женские и нейтральные. Солнечные мантры — мужские, а лунные — женские. Мужские и нейтральные формы называются мантра, а женские — видья. Считается, что в нейтральных мантрах, к которым относятся, например, пуранические мантры, оканчивающиеся на намах, жизненной силы меньше, чем в других мантрах. Мужские и женские мантры оканчиваются иначе. Так, хум и пхат — мужские окончания, а тхам или сваха — женские [См.: Шарадатилака, гл. 2, Нарада-панчаратра, гл. 7, Прайогасара и Пранатошини, с. 70. Может возникнуть вопрос, почему абстрактным ментальным образам приписывается пол. В тантре считается, что это необходимо самому садхаке.].
«Нитья-тантра» дает мантрам разные названия в зависимости от количества слогов. Односложная мантра называется пинда, трехсложная — картари, мантра от четырех до девяти слогов — биджа, от десяти до двадцати — мантра, более двадцати — мала. Но термин биджа часто применяется к односложной мантре. Тантрические мантры называются биджа (семя), потому что они подобны семени, из которого развивается плод сиддхи, и потому, что они составляют самую сущность мантры. Это слоги хрим, шрим, крим, хум, аим, пхат и т.п., которые разбросаны по всему тексту [См. также раздел Атхарваведы, посвященный мантрам. Тантра находится с ним в тесной связи.]. У каждого дэваты есть своя биджа [Крим (Кали), хрим (Майя), рам (Агни), ем (Йони) и т.д.]. Первичная мантра божества называется корневой мантрой (мула-мантра). Говорят также, что слово «мула» обозначает тонкое тело дэваты, которое называется кама-кала.