Перетворення Шарика на людину супроводжується подіями, що загрожують не тільки звичному життєвому укладу професора Преображенського, який створив Поліграфа Поліграфовича, але й самому життю вченого. Професор опиняється в трагікомічному становищі, оскільки продукт його експерименту, ледве підвівшись із чотирьох кінцівок на дві, заявляє свої права на прописку в квартирі Преображенського, добуває всілякі «папери», влаштовується на роботу завідувачем підрозділу очищення міста від бродячих котів, намагається одружитися і, нарешті, пише донос на професора. Шариков проймається, так би мовити, класовою свідомістю завдяки відповідному впливу провокатора Швондера, якого заполонила ідея «ущільнити» Преображенського, котрий мешкає в семикімнатній квартирі.
Поступово фарсові картини життя набувають під пером Булгакова глибокого соціально-морального змісту. Адже насправді йдеться не про зазіхання на житлову площу професора, а про з’ясування того місця, яке має посісти інтелігенція, що її представляє в повісті Преображенський, у новій постреволюційній радянській реальності. Примітивний Шариков стає засобом наступу голови будкому на Преображенського. Швондера не бентежить та обставина, що Шариков демонструє найгірші риси свого донора, хулігана і п’яниці пролетарія Клима. Тупому та агресивному Поліграфу Поліграфовичу надається Швондером статус «товариша». Він переймається усвідомленням свого пролетарського походження і переваг, що від нього можна мати, і навіть робить спроби долучитися до науки, освоюючи листування Енгельса з Каутським. Швондер успішно прищеплює Шарикову думку про те, що він має право потіснити свого творця не тільки у квартирі, яку той займає, але і в житті. Преображенський переконується, що замість «нової людини» вийшла потвора, яка без жодної на те потреби розмахує револьвером. Професору не лишається нічого іншого, як повернути Шарикові попередній стан собаки.
Автор «Собачого серця» обґрунтовано передбачав, що Шариков легко зажене на той світ не тільки преображенських, але і швондерів. Поліграф Поліграфович абсолютно позбавлений совісті і зовсім незайманий у плані культури. Завбуд Швондер — похмуро-комічне уособлення нижчого рівня тоталітарної влади — рано чи пізно, за задумом Булгакова, також мав стати жертвою Шарикова, якого нацьковуватиме вже хтось інший.
Позиція автора в «Собачому серці» пояснюється непохитною відданістю Булгакова загальнолюдським і культурним цінностям. Професор Преображенський у знаменитому монолозі про розруху з пристрастю запитує: «Що таке ця ваша «розруха»? Баба з ключкою? Відьма, яка вибила всі шибки, погасила всі лампи? Та вона взагалі не існує! Що ви маєте на увазі під цим словом? Ось це що: якщо я, замість того щоб оперувати, щовечора почну в себе у квартирі співати хором, у мене настане розруха. Якщо я, коли ходжу в уборну, почну, даруйте на слові, мочитися мимо унітаза і те саме робитимуть Зіна і Дар’я Петрівна, в уборній відбудеться розруха». Радянська пропаганда робила з розрухи якусь міфічну силу, яка заважала щастю пролетарської родини, ретельно приховуючи, що справжня першопричина розрухи — в політиці більшовиків, у воєнному комунізмі, в тому, що люди відвикли чесно і якісно працювати і не мають стимулів до праці. Булгаков разом зі своїм професором Преображенським визнавали тільки один засіб проти розрухи: забезпечення порядку, за якого кожний може робити свою справу. Разом з тим, письменник не знімає провини з ученого, який ґрунтував свій експеримент на символічній наївній Шариковій готовності проміняти свою свободу на шматок ковбаси. Експеримент, що відбувся, привів до сміливо змальованої Булгаковим несамовитості народу. У цій ситуації, що загрожувала руйнуванням усіх культурно-моральних життєвих устоїв, письменник наполягає на праві інтелігента захищати себе і свій світ культурного існування. У суперечках з доктором Борменталем Преображенський стає на позицію «чистих рук», тобто спростовує право на насильство стосовно іншої людини. Борменталь же наполягає на необхідності самозахисту. Він — представник нового покоління інтелігенції — першим демонструє готовність до активних дій, наполягає на поверненні Шарикові собачого вигляду і відстоює таким чином свої права людини культури.
Фінал повісті свідчить про те, що Булгаков стверджує ідею сили інтелігенції, її головної ролі як у науковому, так і в суспільно-історичного прогресі. «Собаче серце», як і дві повісті, що примикають до нього, — «Дияволіада» І «Фатальні яйця», — є попередниками змалювання карнавального світу Москви в романі «Майстер і Марґарита».