Во время господства «пустынной» культуры в Мексике были окультурены все важнейшие пищевые растения Мезоамерики – маис, фасоль, тыква, перец чили и многие другие. Раскопки, которые проводились в сухих пещерах долины Техуакан и на плоскогорьях Пуэбло в Мексике, показали, что травянистое растение, являвшееся предшественником современного маиса, попало в сферу интересов человека еще до начала 5-го тысячелетия до н. э. Возможно, что выращивать культурные растения майя начали в доисторический период. Еще относительно недавно всерьез полагали, что именно майя впервые окультурили индейское зерно – маис, растение, по-латыни называемое Zea mays, но при этом исходили из ошибочной предпосылки, что диким предком маиса был теосинте, растение, носящее латинское название Euchlaena, – сорняк, который широко распространен в Гватемале. С тех пор было доказано, что на самом деле оно является простым гибридом культурного маиса и растения трипсакум, относящегося к роду Zea. Тем не менее именно то, что в небольшой Гватемале, территория которой примерно равна штату Огайо, существует больше сортов маиса, чем на всей территории Соединенных Штатов, является веским аргументом в пользу того, что именно там должен был располагаться один из тех древних центров, где под присмотром человека происходила эволюция этого растения.
Вполне вероятно, что вся область нагорий, от Южной Мексики и до горных областей Гватемалы, в том числе и горные области штата Чьяпас, участвовала в процессе, который привел к появлению современных сортов этого самого продуктивного из пищевых растений.
Вероятно, следует напомнить, что, согласно данным лексикостатистики, предки майя появились в горных зонах Чьяпаса и Гватемалы не позднее середины 3-го тысячелетия до н. э. По времени их появление укладывается в рамки доисторической эпохи, то есть это произошло еще до того, как сформировались самые древние из известных нам культур, которые использовали изделия из керамики. Возможно, что в пещере на территории штата Чьяпас найдены следы пребывания этих протомайя, хотя само это убежище расположено в Санта-Марте, то есть западнее границ области майя. К сожалению, из-за более влажных, чем в долине Техуакан, условий от древних обитателей этого убежища сохранилось немного, но камни для колки орехов с небольшими впадинами на поверхности, ручные мельницы, митейты, вместе с мано, камнями для растирания зерна, свидетельствуют о том, что зерно и другие растительные продукты уже входили в их рацион. В пещере были найдены и другие предметы: каменные наконечники для метательного оружия, каменные рубила и скребки, очень похожие на аналогичные предметы из пещер Техуакана и Тамаульпаса. Предположительно, все это накапливалось здесь в период времени с начала 6-го до середины 4-го тысячелетия до н. э. и принадлежит к «пустынной» культуре, а точнее, к доисторической эпохе Мексики.
Одна из стоянок, которая относится к этому периоду и находится в пределах территории майя, в Эль-Чайяле, представляет собой настоящую мастерскую по обработке обсидиана, разбросана по вершинам и склонам нескольких холмов к юго-востоку от города Гватемалы в районе, где имеются крупные естественные залежи обсидиана. Вся земля здесь усыпана тысячами больших, грубо обработанных каменных предметов, напоминающих ножи с неровной поверхностью. Возможно, что они являются заготовками для наконечников, для копий и дротиков, ножей.
Раскопки в этом месте не проводились. Некоторые предметы, доведенные до готовности, напоминают аналогичные им изделия из Мексики конца архаической эпохи: наконечник для метательного оружия, примитивные ножи и огромные скребки в форме дисков, назначение которых до сих пор неясно.
Если в горной области материалов, относящихся к культурам доисторической эпохи, найдено мало, то в равнинной зоне их еще меньше. Анализ ископаемой цветочной пыльцы, образцы которой были обнаружены в кернах породы, поднятых при бурении со дна озера Петенхиль, расположенного в самом сердце центральной области майя, дает некоторые знания о том, что тогда представляла собой культура, существовавшая в Петене. Раньше считали, что саванны, нарушавшие целостность тропических лесов региона, появились оттого, что майя классического периода слишком долго использовали эти участки под поля, которые затем зарастали сорняками. В наше время исследователи считают, что на рубеже 2-го и 3-го тысячелетий до н. э. территория Петена, с ее широкими саваннами, окруженными дубравами, напоминала парк. Площадь, занимаемая тропическими лесами, в то время была значительно меньше, чем сегодня. Все данные указывают на то, что территории, покрытые лесом, начали преобладать над саваннами только во время классического периода, в IV–X вв. н. э.